情報裏技等
ストーリー
見つけ難いキャラ
パック「トリシューラの鼓動」を出すには全てのキャラとデュエルする必要がある。（タッグやライディングなど複数の方式がある場合、全てやる必要がある）
ストーリーの途中で戦えなかったキャラでもストーリークリア後に戦えるようになっている場合がある。
また、一部のキャラはサブイベントをクリアしないとデュエルできない。
セルジオ
グラトン＆モリソン
ライディングロイド
サブイベント20の後、セキュリティ保管庫前に出現。
ミニゲーム
ルール関係
起動効果のルール
開発・発売時期の関係から2011年3月19日に変更される以下のルールは旧裁定のままである。
●変更前
モンスターの起動効果を、モンスターの召喚（反転召喚・特殊召喚）に成功したタイミングに発動する事ができる。
●変更後
モンスターの起動効果を、モンスターの召喚（反転召喚・特殊召喚）に成功したタイミングでは発動できない。
フェイズの移行確認の処理
フェイズの移行に処理において、既存のゲームでは行われなかった確認が追加され、ターン側のプレーヤーの意思でフェイズ移行を中止する場合がある。
◆例
１ ターンプレーヤーAのメインフェイズ終了操作
２ 非ターンプレイヤーBが《アポピスの化神》発動
この後
- 既存作品
- 次のフェイズに移行する。
- 今作
- ターンプレーヤーAがメインフェイズを継続するかどうか選択できる。
複数の効果が同時に発動される場合
OCGでは任意で発動する順番を決められるが、ゲームでは勝手に決められてしまう。なんらかの法則はあるようである。
強制効果と任意効果
強制効果→任意効果の順で発動。
剣闘獣
コアキメイル
《鋼核合成獣研究所》と維持コストのあるコアキメイルモンスターがフィールドに存在する場合
- 《コアキメイルの鋼殻》が手札にある場合
- 《鋼核合成獣研究所》→コアキメイルモンスターの順で維持コスト支払い確認
- 《コアキメイルの鋼殻》が手札にない場合
- コアキメイルモンスターの自壊を先に処理
《ＢＦ－二の太刀のエテジア》
FAQでは戦闘を行ったモンスターがフィールドに存在しない場合、《ＢＦ－二の太刀のエテジア》の効果は発動できないとなっているが、このゲームでは発動できる。
《黒炎弾》
《絶対魔法禁止区域》と併用するとダメージ効果が発生し《真紅眼の黒竜》で攻撃できる
遊戯王Wikiなどによると《絶対魔法禁止区域》発動中はダメージ効果、《真紅眼の黒竜》攻撃不可の両方が無効になるとのこと
バグ
【重要なお知らせ】DS本体の言語設定の変更について(公式より)
ゲームを初めてプレイした後、DS本体の言語設定を変更しないようお願いいたします。
Wi-Fiでの自分のランキングデータが正常に表示されなくなり、ランキング対象から外れる場合があります。
【お知らせ】罠カード「連鎖旋風」について(公式より)
罠カード「連鎖旋風」の効果の発動ができない不具合が判明いたしました。
大変ご迷惑をおかけいたしますことをお詫び申し上げます。
ガスタの疾風 リーズ
効果で自分のフィールドから選択できるのは本来「表側表示で存在する『ガスタ』と名のついたモンスター１体」であるが、条件設定に不備があるらしく、裏側モンスターや「ガスタ」でないモンスターでも選択できる。
ヴァイロン・エレメントと静寂のロッド－ケーストのコンボ
「静寂のロッド－ケースト」を装備したモンスターに「ヴァイロン」と名のついた装備魔法を装備してそのカードが破壊されたとき、「ヴァイロン・エレメント」の効果が発動せず、タイミングを逃すというバグがある。(OCGではタイミングを逃さず「ヴァイロン・エレメント」の効果を使用できる。)
【BGM】
たまに、BGMが無くなる時がある（例；デッキ編成時等）
コイン、サイコロを使用するカード
チェーン2以降で発動させるとコイントス、サイコロを振る場面で鎖の表示がおかしくなる
マジカルシルクハットで召喚された魔法、罠カード
エネミーコントローラーなどでコントロールを奪いモンスターが存在していた場所に設置すると攻守の表示がもといたモンスターのものになっている。
たとえば攻撃表示の青眼の白龍をリリースしてモンスター扱いの魔法、罠をブルーアイズのいた場所に設置すると攻撃力3000と表示される。
モンスターのどかす手段はなんでもよくシンクロ素材にされたり破壊されたモンスターのいた場所に移しても表示はおかしくなる。ただしコントロール奪取効果と同一チェーンでッフィールドを離れた場合に限られる。
ちなみに下画面での表示がおかしいだけで上画面では0のまま。
処刑人−マキュラ
カードを二枚以上選択して捨てる、墓地へ送る効果で墓地へ送る（捨てる）と墓地へ捨てて（送って）くださいといったメッセージの枠が消えさらに相手の思考中に出る吹き出しが出る。
D-HERO ダイヤモンドガイ
氷結界の三方陣を墓地に送り、次ターンにダイヤモンドガイの効果で発動すると、ゲームが進行しなくなる。
本来（ダイヤモンドガイで無視できる）コスト扱いの氷結界の公開処理を、手札に氷結界が３体存在しなくても行おうとしたためのバグな模様
デュアルモンスターと強欲で謙虚な壺
