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• 研究ソフト
  研究ソフト ここでは、私が研究に使っているソフトの導入紹介をします。再インストールのときなどに使うので。 Meadow LaTeX MCMCサンプラー
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  トップページ Rゼミ 統計解析ログ 研究ソフト 業績 研究紹介・略歴 検索
• 研究ソフト/Meadow
  Meadow Meadowはテキストエディタの一種です。たぶん「めどう」という発音でよいかと思われます。以下では、WindowXPに導入する際の手順について、特にRとLaTeXとの関係から示します。他のOperating Systemについては扱いません。 MeadowMeadowの利点 Meadowの入手方法 Meadowのインストール方法 .emacsの設定 Meadowの基本的な操作方法コマンドの強制終了 ファイル操作 カーソルの移動方法 コピペ、選択 ウィンドウに関する操作 Meadow本体の操作 YaTeXの導入.emacsへ加えるもの ESS（Rを使うため）の導入ESSの入手方法 設定方法 .emacsへ加えるもの Meadowの利点 様々なソフトをMeadow上で統一的に扱える。 各種コマンドやかっこの補完機能がる。 Meadow用に種々のLispが用...
• 研究ソフト/LaTeX
  Latexの使い方 Latexの使い方 LaTeXの入手方法LaTeXの実行環境 bstファイルのカスタマイズ方法カスタマイズしたbstファイル群 bstファイルの置き場 jecon.bstについて入手方法 カスタマイズ方法 makebstについて入手方法 下準備 カスタマイズ方法 1問目 Do you want a description of the usage? (NO) 2問目 Enter the name of the MASTER file (default=merlin.mbs) 3問目 Name of the final OUTPUT .bst file? (default extension=bst) 4問目 Give a comment line to include in the style file. Something like for which j...
• 研究ソフト/MCMCサンプラー
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• 研究ソフト/R2WinBUGS
  R2WinBUGSの使い方 このページは、R上からWinBUGSを操作することを可能にするパッケージ、R2WinBUGSの使い方を解説するページです。 モデル式の部分を加筆中 累積訪問者数（from 2008/12/17）： - 今日来てくれた人： - R2WinBUGSの使い方 はじめに 作業手順 モデル式を書き下ろす 今回のデータ構造とその解析目的 モデル式の書き方 BUGSコードの基本的なルール 決定論的指定 確率論的指定 実装例 Rにデータを読ませる 初期値・パラメータの設定 bugs()の仕様 結果の確認 要約値の出力 収束診断図 簡単な事後分布図 chainごとの事後分布図 ...
• 統計解析ログ/Ⅱ型の回帰分析
  Ⅱ型の回帰分析 2006年12月1日からこれまでの訪問者数 - ver 2.0に合わせて修正しました（2006/12/1） Ⅱ型の回帰分析 RMA回帰って？RMA回帰とは 2変量の関係を検討する 線形回帰：I型とII型が存在 II型の回帰 MAとRMAの違い これらの回帰直線を処理間で比較する方法 RMA回帰における回帰直線間の比較RMA回帰間の関係を検討する上で必要な仮定 SMATRの頭の中をのぞく -どのような計算をしているのか?- SMATRの使い方RMA回帰を処理間で比較したい貴方はコチラ! ソフトの入手方法 解析データの準備方法 解析方法 参考文献 引用文献 RMA回帰って？ RMA回帰とは Reduced Major Axisを用いた回帰。SMA (Standardised Major Axis) あるいはGM (Geometric Mean)...
• 研究紹介・略歴/ニホンジカによる植生への影響に関する研究
  ニホンジカによる植生への影響に関する研究 目的 ニホンジカが増加する中で、ニホンジカが摂食する植物には影響が生じます。ニホンジカを管理する目標は、この植生への影響の低減にあります。しかし、植生への影響度は、植物の種類だけでなく、植物のサイズやその植物が置かれた周囲の環境などの影響も受けます。また、植生への影響は広範囲に及ぶため、調査労力の観点からどのような植生の指標を調査すべきかも明らかにする必要があります。 以下では、この課題に関連して実施したいくつかの研究をご紹介します。 目次 ニホンジカによる植生への影響に関する研究目的 亜高山帯針葉樹林においてニホンジカによる影響が発生しやすい条件関連業績 調査地 調査項目 結果と考察 森林生態系におけるニホンジカによる影響として適切な指標関連業績 調査地 調査項目 結果と考察 亜高山帯針葉樹林においてニホンジカによる...
• 研究紹介・略歴/野外播種したエゾマツの発芽及び生残に影響する要因の解明
  野外播種したエゾマツの発芽及び生残に影響する要因の解明 目的 資源量が減少しつつあるエゾマツの個体群を維持、回復させるためには、植物の一生の中でも死亡率が高い発芽及びその後の生残に影響する要因を明らかにする必要があります。天然林でエゾマツ実生が大量に発生している場所は少ないため、天然更新したエゾマツを対象にすることも重要ですが、野外播種による研究も有効であると考えられます。 以下では、この課題に関連して実施したいくつかの研究をご紹介します。 目次 野外播種したエゾマツの発芽及び生残に影響する要因の解明目的 倒木上のエゾマツの発芽及び生残に適した条件の解明関連業績 倒木上のエゾマツ実生の水分生理に関する研究関連業績 調査地 結果と考察 エゾマツの発芽及び生残にコケの高さが与える影響関連業績 調査地 結果と考察 倒木上のエゾマツの発芽及び生残に適した条件の解明 関...
• 研究紹介・略歴/倒木上のエゾマツ・トドマツ実生群の更新動態と環境条件の影響
  倒木上のエゾマツ・トドマツ実生群の更新動態と環境条件の影響 目的 資源量が減少しつつあるエゾマツの個体群を維持、回復させるためには、植物の一生の中でも死亡率が高い発芽及びその後の生残に影響する要因を明らかにする必要があります。天然林でエゾマツが更新するのは主に倒木上ですが、倒木にはトドマツも更新します。エゾマツの個体群を維持、回復させる上では、比較的狭い立地である倒木で同所的に生育するトドマツとの違いを明らかにする必要があります。 以下では、この課題に関連して実施したいくつかの研究をご紹介します。 目次 倒木上のエゾマツ・トドマツ実生群の更新動態と環境条件の影響目的 エゾマツとトドマツの共存機構に関する研究関連業績 調査地 結果と考察 エゾマツとトドマツの発芽及び生残に影響する要因関連業績 調査地 結果と考察 エゾマツとトドマツの共存機構に関する研究 関連業績...
• 研究紹介・略歴/ニホンジカの個体群動態の推定
  ニホンジカの個体群動態の推定 目的 ニホンジカの個体数管理を進める上で、ニホンジカが「いつ」「どこに」「どれだけ」「どのような要因で」存在するのかを明らかにすることは重要です。しかし、野生のニホンジカの数を数えることは技術的に困難です。また、ニホンジカの数を数える調査を継続的に実施することは、予算面での困難も伴います。 そのため、誤差が大きくかつ限られたデータからニホンジカの個体群動態やそれをもたらす要因を明らかにする必要があります。以下では、この課題に関連して実施したいくつかの研究をご紹介します。 目次 ニホンジカの個体群動態の推定目的 ニホンジカ密度および捕獲率の時空間変動の推定関連業績 用いたデータ 開発したモデル 結果と考察 ニホンジカの環境収容力の空間異質性とその要因 ニホンジカ密度および捕獲率の時空間変動の推定 関連業績 Iijima, H., ...
• 研究紹介・略歴
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• Rゼミ/Bayes輪読
  Bayesian computation with R輪読会 このページでは、2007～2008年にかけて森林総合研究所北海道支所で実施された、Jim Albertの「Bayesian computation with R」の輪読会の発表ファイルを掲載します。ただし、あまり読むことをお勧めできる本ではありません（少なくとも初心者にとっては）。 累積訪問者数（from 12/09/2007）： - 今日来てくれた人： - Bayesian computation with R輪読会 発表ファイル 発表ファイル An introduction to R：ch1.pdf Introduction to bayesian thinking：この内容というか、ありがたいBayesの定理の説明ch2.pdf Single-parameter models：ch3....
• Rゼミ/R初心者ゼミ
  R初心者のためのR操作ゼミ このゼミでは、Rのまったくの初心者が、ある程度Rを使ってデータを見ることができるようになることを目的とします。 このページでは、データを取った後に研究者が行うと思われる手順をRで実行する方法について解説します。より詳細な技術については、以下のページをご覧下さい。 データハンドリング 作図 統計 昔のゼミ資料 【こちらからどうぞ】昔このページで公開していた資料などを置いておきます。 2008年4月8日からのアクセス数： - 目次 R初心者のためのR操作ゼミ昔のゼミ資料 導入〜さあ、データをRで解析しよう！題材 使うデータ 下準備Rの導入 データファイルの作り方 作ったデータの置き場 Rでのデータ操作Rへのデータの読み込ませ方データを読み込むためのコマンド コピペでデータを読み込む方法（データファイルを作りたくな...
• Rゼミ/輪読GLM赤本
  輪読Extending the linear model with R このページでは、Julian J. Farawayの「Extending the linear model with R」の輪読会の様子を紹介します。発表ファイルやExerciseの回答、当日の議論の内容など。 Update! 7/4：9章と10章の発表ファイルを追加 累積訪問者数（from 08/05/2007）： - 今日来てくれた人： - 輪読Extending the linear model with R ゼミの日時・場所 Introduction, Appendix A当日議論したこと線形モデルの結果を出力するsummary()における、各変数の有意確率って？ 線形モデルにおけるカテゴリカル変数の扱いについて 重みつき最小二乗法で、具体的には、どのように重み付けをしているの...
• 統計解析ログ/R作図
  R作図 このページでは、Rで作図する基本的な手順を紹介したいと思います。いい図はデータ解析を助けてくれますので、ぜひ自分の思い通りの図を描けるようになってください。 R作図 Rで作図するメリット・デメリットメリット デメリット Rにおける作図手順 高水準作図 低水準作図関数凡例を表示 特殊なフォントを使う 棒グラフにエラーバーを発生させるbarplot()の場合 barplot2()の場合 散布図に直線を当てはめる 対数軸で自由に軸幅設定 軸目盛ラベルの角度変更 カテゴリーごとにシンボルの異なる図を描くas.numeric()を使いこなす 描画するシンボルや色を指定したい！ 複数の図を自動で描く図のレイアウトlayout()で自由な図の配置 相性抜群のsplit()とfor()split()の動作 for()の動作 例外処理 図全体に対する装飾 完成コード Rで作図するメリ...
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