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引越作業中内検索 / 「LaTeX」で検索した結果

研究ソフト/LaTeX
Latexの使い方 Latexの使い方 LaTeXの入手方法LaTeXの実行環境 bstファイルのカスタマイズ方法カスタマイズしたbstファイル群 bstファイルの置き場 jecon.bstについて入手方法カスタマイズ方法 makebstについて入手方法下準備カスタマイズ方法 1問目 Do you want a description of the usage? (NO) 2問目 Enter the name of the MASTER file (default=merlin.mbs) 3問目 Name of the final OUTPUT .bst file? (default extension=bst) 4問目 Give a comment line to include in the style file. Something like for which j...
統計解析ログ/Rパッケージ
... Rで得られた結果をLaTeX形式で出力するためのlatex()を含む。 labdsv 植生データ解析で使う。 lme4 lme4などが含まれる。lme4は階層を持ったエラーを持つ場合のGLMM（一般化線形混合モデル）を計算させることができる。 R2WINBUGS RからWinBUGSを動かすためのパッケージ。 scatterplot3d scatterplot3dが含まれる。3次元散布図が作れるようになる。実はe1071に含まれている。 survival 生存時間解析には欠かせない。 smatr II型の回帰分析、および関数関係の比較を行うパッケージ。 vegan これもlabdsv同様、植生データ解析で使う。 xtable Rで得られた結果をLaTeX形式で出力するためのxtable()を含む。
研究ソフト
... Meadow LaTeX MCMCサンプラー
研究ソフト/Meadow
...順について、特にRとLaTeXとの関係から示します。他のOperating Systemについては扱いません。 MeadowMeadowの利点 Meadowの入手方法 Meadowのインストール方法 .emacsの設定 Meadowの基本的な操作方法コマンドの強制終了ファイル操作カーソルの移動方法コピペ、選択ウィンドウに関する操作 Meadow本体の操作 YaTeXの導入.emacsへ加えるもの ESS（Rを使うため）の導入ESSの入手方法設定方法 .emacsへ加えるもの Meadowの利点様々なソフトをMeadow上で統一的に扱える。各種コマンドやかっこの補完機能がる。 Meadow用に種々のLispが用意されており、それぞれのソフト単体よりも拡張された機能が使える。 Meadowの入手方法 Meadow公式サイトで入手できます。 Me...
統計解析ログ/R作図
R作図このページでは、Rで作図する基本的な手順を紹介したいと思います。いい図はデータ解析を助けてくれますので、ぜひ自分の思い通りの図を描けるようになってください。 R作図 Rで作図するメリット・デメリットメリットデメリット Rにおける作図手順高水準作図低水準作図関数凡例を表示特殊なフォントを使う棒グラフにエラーバーを発生させるbarplot()の場合 barplot2()の場合散布図に直線を当てはめる対数軸で自由に軸幅設定軸目盛ラベルの角度変更カテゴリーごとにシンボルの異なる図を描くas.numeric()を使いこなす描画するシンボルや色を指定したい！複数の図を自動で描く図のレイアウトlayout()で自由な図の配置相性抜群のsplit()とfor()split()の動作 for()の動作例外処理図全体に対する装飾完成コード Rで作図するメリ...
Rゼミ/Bayes輪読2
輪読会Bayesian methods for ecology このページでは、2008-2009年に北大農学部で行われたMichael A. McCarthyの「Bayesian methods for ecology」の輪読会の様子を紹介します。今度は失敗しないぞ、と。で、この本ではWinBUGS単体で使うことを念頭において書かれているのですが、いまどきWinBUGSを単体で使うことは（特殊な事情がない限り）まずないでしょう。ということで、我々はR2WinBUGS経由でこのゼミは進めます（本文には全く記載はありません、要注意！）。アップされている資料に関しても、R2WinBUGSを使っての解析用のコードになっています。 R2WinBUGSの使い方に関しては別ページ（こことかこことか）で解説しています。このゼミは聞くだけでも構いませんし、途中参加も構いませ...
研究紹介・略歴/ニホンジカの個体群動態の推定
ニホンジカの個体群動態の推定目的ニホンジカの個体数管理を進める上で、ニホンジカが「いつ」「どこに」「どれだけ」「どのような要因で」存在するのかを明らかにすることは重要です。しかし、野生のニホンジカの数を数えることは技術的に困難です。また、ニホンジカの数を数える調査を継続的に実施することは、予算面での困難も伴います。そのため、誤差が大きくかつ限られたデータからニホンジカの個体群動態やそれをもたらす要因を明らかにする必要があります。以下では、この課題に関連して実施したいくつかの研究をご紹介します。目次ニホンジカの個体群動態の推定目的ニホンジカ密度および捕獲率の時空間変動の推定関連業績用いたデータ開発したモデル結果と考察ニホンジカの環境収容力の空間異質性とその要因ニホンジカ密度および捕獲率の時空間変動の推定関連業績 Iijima, H., ...
研究紹介・略歴/野外播種したエゾマツの発芽及び生残に影響する要因の解明
野外播種したエゾマツの発芽及び生残に影響する要因の解明目的資源量が減少しつつあるエゾマツの個体群を維持、回復させるためには、植物の一生の中でも死亡率が高い発芽及びその後の生残に影響する要因を明らかにする必要があります。天然林でエゾマツ実生が大量に発生している場所は少ないため、天然更新したエゾマツを対象にすることも重要ですが、野外播種による研究も有効であると考えられます。以下では、この課題に関連して実施したいくつかの研究をご紹介します。目次野外播種したエゾマツの発芽及び生残に影響する要因の解明目的倒木上のエゾマツの発芽及び生残に適した条件の解明関連業績倒木上のエゾマツ実生の水分生理に関する研究関連業績調査地結果と考察エゾマツの発芽及び生残にコケの高さが与える影響関連業績調査地結果と考察倒木上のエゾマツの発芽及び生残に適した条件の解明関...
Rゼミ/輪読GLM赤本
輪読Extending the linear model with R このページでは、Julian J. Farawayの「Extending the linear model with R」の輪読会の様子を紹介します。発表ファイルやExerciseの回答、当日の議論の内容など。 Update! 7/4：9章と10章の発表ファイルを追加累積訪問者数（from 08/05/2007）： - 今日来てくれた人： - 輪読Extending the linear model with R ゼミの日時・場所 Introduction, Appendix A当日議論したこと線形モデルの結果を出力するsummary()における、各変数の有意確率って？線形モデルにおけるカテゴリカル変数の扱いについて重みつき最小二乗法で、具体的には、どのように重み付けをしているの...
Rゼミ/R初心者ゼミ/Rと統計解析
Rと統計解析このページでは、Rでの統計解析を中心に解説します。更新履歴：ページを作成（2011/1/29） 2011年1月29日からのアクセス数： - Rと統計解析 GLMMこんなときはGLMMだ！ RにおけるGLMMの実行関数lmer()の推定結果は要注意各種一般検定関数こんなときは検定だ！ t検定 U検定対応のあるt検定 ANOVA（F検定） Kruskal Wallis検定多重比較 ANOVA（N 元配置の分散分析）相関回帰非線形回帰各種クロス集計表の検定 GLMM GLMについては知っているものとして解説します。こんなときはGLMMだ！影響を検討したい変数以外に、応答変数に明らかに影響を与えている要因がある。その要因に関して、要因として評価はしたくないが、無視もできない。このような、「興味はないが応答変数に影...
Rゼミ/R初心者ゼミ
R初心者のためのR操作ゼミこのゼミでは、Rのまったくの初心者が、ある程度Rを使ってデータを見ることができるようになることを目的とします。このページでは、データを取った後に研究者が行うと思われる手順をRで実行する方法について解説します。より詳細な技術については、以下のページをご覧下さい。データハンドリング作図統計昔のゼミ資料【こちらからどうぞ】昔このページで公開していた資料などを置いておきます。 2008年4月8日からのアクセス数： - 目次 R初心者のためのR操作ゼミ昔のゼミ資料導入〜さあ、データをRで解析しよう！題材使うデータ下準備Rの導入データファイルの作り方作ったデータの置き場 Rでのデータ操作Rへのデータの読み込ませ方データを読み込むためのコマンドコピペでデータを読み込む方法（データファイルを作りたくな...
統計解析ログ/Ⅱ型の回帰分析
Ⅱ型の回帰分析 2006年12月1日からこれまでの訪問者数 - ver 2.0に合わせて修正しました（2006/12/1） Ⅱ型の回帰分析 RMA回帰って？RMA回帰とは 2変量の関係を検討する線形回帰：I型とII型が存在 II型の回帰 MAとRMAの違いこれらの回帰直線を処理間で比較する方法 RMA回帰における回帰直線間の比較RMA回帰間の関係を検討する上で必要な仮定 SMATRの頭の中をのぞく -どのような計算をしているのか?- SMATRの使い方RMA回帰を処理間で比較したい貴方はコチラ! ソフトの入手方法解析データの準備方法解析方法参考文献引用文献 RMA回帰って？ RMA回帰とは Reduced Major Axisを用いた回帰。SMA (Standardised Major Axis) あるいはGM (Geometric Mean)...
統計解析ログ/GLM
GLMについて GLMについてGLM概論GLMで扱う代表的な分布系平均値と分散 GLMがいつ必要か？ GLMで事前に指定しなければならないもの誤差構造線形予測子リンク関数各誤差構造に対して最も一般的に用いられるリンク関数 GLMにおけるパラメータ推定方法モデル選択AICについて RでのGLMのかけ方一般的な式の形結果の見方モデル選択説明変数の相対的な重要度（IOV relative Importance Of Variable） GLM概論 GLMはGeneralised Linear Model（一般化線形モデル）の略。General Linear Model（一般線形モデル）の略として使われることもある。General Linear ModelはANOVAと回帰分析が似たような誤差分解方法を取ることから、ANOVAと回帰分析の総称として使われる言葉である。 G...
Rゼミ/R初心者ゼミ/作図
Rで作図このページでは、Rでの作図方法について掲載します。データハンドリングともかぶるところがあるかも。更新履歴：とりあえず移転 2011年2月13日からのアクセス数： - R でのグラフの作り方は、（一つの画面に何枚の図を描くかの指定）→ 高水準作図→ 低水準作図という順番に行います。よく使う作図関数 hist() ヒストグラム。一変量の分布の形を見るのに使う。 d - read.csv("data.csv") hist(d$omosa) #omosaのヒストグラムが表示される。 boxplot() 箱ひげ図。カテゴリーごとの一変量の分布を見るのに使う。カテゴリーは何層にも階層化できる。 boxplot(ha ~ syori, d) #(描画する値 ~ カテゴリー, データフレーム名) #二重カテゴ...
研究紹介・略歴/ニホンジカによる植生への影響に関する研究
ニホンジカによる植生への影響に関する研究目的ニホンジカが増加する中で、ニホンジカが摂食する植物には影響が生じます。ニホンジカを管理する目標は、この植生への影響の低減にあります。しかし、植生への影響度は、植物の種類だけでなく、植物のサイズやその植物が置かれた周囲の環境などの影響も受けます。また、植生への影響は広範囲に及ぶため、調査労力の観点からどのような植生の指標を調査すべきかも明らかにする必要があります。以下では、この課題に関連して実施したいくつかの研究をご紹介します。目次ニホンジカによる植生への影響に関する研究目的亜高山帯針葉樹林においてニホンジカによる影響が発生しやすい条件関連業績調査地調査項目結果と考察森林生態系におけるニホンジカによる影響として適切な指標関連業績調査地調査項目結果と考察亜高山帯針葉樹林においてニホンジカによる...
Rゼミ
Rゼミ Rに関するゼミをしたときのページ。現在進行中なし。最近はあまり時間が取れません... 終了したもの R初心者ゼミ Hierarchical modeling and inference in ecoiogy輪読会 Bayesian methods for ecology輪読会 Bayesian computation with R輪読会 Extending the linear model with R輪読会
統計解析ログ/GLMM
GLMM ここでは、一般化線形混合モデル（GLMM）について解説します。 GLMMGLMM概論 GLMMを行うRパッケージglmmML特徴 Random effectの指定方法 aod特徴 Random effectの指定方法 lme4特徴 Random effectの指定方法 GLMM概論 GLMMを行うRパッケージ glmmML aod lme4 glmmML glmmMLパッケージ内にあるglmmML()という関数を使う。特徴 familyはbinomialとpoissonが使える Random effectは一個しか指定できない Random effectの指定方法 result - glmmML(formula, family=**, cluster=**, data=**) ように書き、cluster=**に、Random...
研究紹介・略歴/倒木上のエゾマツ・トドマツ実生群の更新動態と環境条件の影響
倒木上のエゾマツ・トドマツ実生群の更新動態と環境条件の影響目的資源量が減少しつつあるエゾマツの個体群を維持、回復させるためには、植物の一生の中でも死亡率が高い発芽及びその後の生残に影響する要因を明らかにする必要があります。天然林でエゾマツが更新するのは主に倒木上ですが、倒木にはトドマツも更新します。エゾマツの個体群を維持、回復させる上では、比較的狭い立地である倒木で同所的に生育するトドマツとの違いを明らかにする必要があります。以下では、この課題に関連して実施したいくつかの研究をご紹介します。目次倒木上のエゾマツ・トドマツ実生群の更新動態と環境条件の影響目的エゾマツとトドマツの共存機構に関する研究関連業績調査地結果と考察エゾマツとトドマツの発芽及び生残に影響する要因関連業績調査地結果と考察エゾマツとトドマツの共存機構に関する研究関連業績...
研究ソフト/R2WinBUGS
R2WinBUGSの使い方このページは、R上からWinBUGSを操作することを可能にするパッケージ、R2WinBUGSの使い方を解説するページです。モデル式の部分を加筆中累積訪問者数（from 2008/12/17）： - 今日来てくれた人： - R2WinBUGSの使い方はじめに作業手順モデル式を書き下ろす今回のデータ構造とその解析目的モデル式の書き方 BUGSコードの基本的なルール決定論的指定確率論的指定実装例 Rにデータを読ませる初期値・パラメータの設定 bugs()の仕様結果の確認要約値の出力収束診断図簡単な事後分布図 chainごとの事後分布図 ...
Rゼミ/Bayes輪読
Bayesian computation with R輪読会このページでは、2007～2008年にかけて森林総合研究所北海道支所で実施された、Jim Albertの「Bayesian computation with R」の輪読会の発表ファイルを掲載します。ただし、あまり読むことをお勧めできる本ではありません（少なくとも初心者にとっては）。累積訪問者数（from 12/09/2007）： - 今日来てくれた人： - Bayesian computation with R輪読会発表ファイル発表ファイル An introduction to R：ch1.pdf Introduction to bayesian thinking：この内容というか、ありがたいBayesの定理の説明ch2.pdf Single-parameter models：ch3....
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Rゼミ/R初心者ゼミ/データハンドリング
Rでのデータハンドリングこのページでは、Rでのデータの整形・加工・プログラミング（少しだけ）方法について説明します。更新履歴：とりあえず移転（2011/2/13） 2011年2月13日からのアクセス数： - Rでのデータハンドリングデータの構造1個のデータの種類データの塊の種類個々のデータの変換データの生成種類の変換 NA処理データフレームの整形・加工データフレーム同士の結合データフレームの横または縦展開プログラミング繰り返し命令文字列処理データの構造 1個のデータの種類ちょっとイメージしにくいかも知れませんが、1個のデータを取ってみても種類がいくつかあります。具体的には以下のようです。数字：numeric。1、3.5、-10など文字列：character。"Tekito"、"Darui&q...
Rゼミ/R初心者ゼミ/過去のR初心者ゼミ資料
過去のR初心者ゼミ資料このページでは、過去のR初心者ゼミの資料を置いておきます。資料通りに入力して動かない所がある場合は、ご一報ください。可能な範囲で修正します。使用データ使用データその2 最尤推定実践ファイル講義資料本体実習（作図）特殊操作編 2013年1月R作図・データ操作講習会（130124graphics.pdf、130124data.csv、130124data0.csv、130124other.csv、130124array.RData←csvファイルは、ファイル名の日付の部分を削除してお使いください）
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