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  • 研究ソフト/R2WinBUGS
    R2WinBUGSの使い方 このページは、R上からWinBUGSを操作することを可能にするパッケージ、R2WinBUGSの使い方を解説するページです。 モデル式の部分を加筆中 累積訪問者数(from 2008/12/17): - 今日来てくれた人: - R2WinBUGSの使い方 はじめに 作業手順 モデル式を書き下ろす 今回のデータ構造とその解析目的 モデル式の書き方 BUGSコードの基本的なルール 決定論的指定 確率論的指定 実装例 Rにデータを読ませる 初期値・パラメータの設定 bugs()の仕様 結果の確認 要約値の出力 収束診断図 簡単な事後分布図 chainごとの事後分布図 ...
  • 統計解析ログ/Rパッケージ
    Rパッケージ ここでは自分がこれまでにインストールしたパッケージを載せています。PCがクラッシュしたときのためです。 aod aodが含まれる。これも一般化線形混合モデルのときに使う。familyでnbinomとbetabin(成功,失敗)が使える。 car TypeIIやTypeIIIの分散分析が行える関数Anova()を含む。 coda lmer()の結果のオブジェクトを投入すると、経験ベイズ法による結果を算出してくれるmcmcsamp()を含む。 date 日付データを扱うのに必要な関数がそろっている。 e1071 skewness(歪度)やkurtosis(尖度)が計算できるようになる。実はscatterplot3dを含んでいる。 faraway Extending the linear model with Rの作者がオリジナ...
  • Rゼミ/Bayes輪読2
    輪読会Bayesian methods for ecology このページでは、2008-2009年に北大農学部で行われたMichael A. McCarthyの「Bayesian methods for ecology」の輪読会の様子を紹介します。今度は失敗しないぞ、と。 で、この本ではWinBUGS単体で使うことを念頭において書かれているのですが、いまどきWinBUGSを単体で使うことは(特殊な事情がない限り)まずないでしょう。ということで、我々はR2WinBUGS経由でこのゼミは進めます(本文には全く記載はありません、要注意!)。アップされている資料に関しても、R2WinBUGSを使っての解析用のコードになっています。 R2WinBUGSの使い方に関しては別ページ(こことかこことか)で解説しています。 このゼミは聞くだけでも構いませんし、途中参加も構いませ...
  • Rゼミ/R初心者ゼミ/Rと統計解析
    Rと統計解析 このページでは、Rでの統計解析を中心に解説します。 更新履歴:ページを作成(2011/1/29) 2011年1月29日からのアクセス数: - Rと統計解析 GLMMこんなときはGLMMだ! RにおけるGLMMの実行関数lmer()の推定結果は要注意 各種一般検定関数こんなときは検定だ! t検定 U検定対応のあるt検定 ANOVA(F検定) Kruskal Wallis検定 多重比較 ANOVA(N 元配置の分散分析) 相関 回帰 非線形回帰 各種クロス集計表の検定 GLMM GLMについては知っているものとして解説します。 こんなときはGLMMだ! 影響を検討したい変数以外に、応答変数に明らかに影響を与えている要因がある。 その要因に関して、要因として評価はしたくないが、無視もできない。 このような、「興味はないが応答変数に影...
  • 研究紹介・略歴/ニホンジカによる植生への影響に関する研究
    ニホンジカによる植生への影響に関する研究 目的 ニホンジカが増加する中で、ニホンジカが摂食する植物には影響が生じます。ニホンジカを管理する目標は、この植生への影響の低減にあります。しかし、植生への影響度は、植物の種類だけでなく、植物のサイズやその植物が置かれた周囲の環境などの影響も受けます。また、植生への影響は広範囲に及ぶため、調査労力の観点からどのような植生の指標を調査すべきかも明らかにする必要があります。 以下では、この課題に関連して実施したいくつかの研究をご紹介します。 目次 ニホンジカによる植生への影響に関する研究目的 亜高山帯針葉樹林においてニホンジカによる影響が発生しやすい条件関連業績 調査地 調査項目 結果と考察 森林生態系におけるニホンジカによる影響として適切な指標関連業績 調査地 調査項目 結果と考察 亜高山帯針葉樹林においてニホンジカによる...
  • Rゼミ/輪読GLM赤本
    輪読Extending the linear model with R このページでは、Julian J. Farawayの「Extending the linear model with R」の輪読会の様子を紹介します。発表ファイルやExerciseの回答、当日の議論の内容など。 Update! 7/4:9章と10章の発表ファイルを追加 累積訪問者数(from 08/05/2007): - 今日来てくれた人: - 輪読Extending the linear model with R ゼミの日時・場所 Introduction, Appendix A当日議論したこと線形モデルの結果を出力するsummary()における、各変数の有意確率って? 線形モデルにおけるカテゴリカル変数の扱いについて 重みつき最小二乗法で、具体的には、どのように重み付けをしているの...
  • 統計解析ログ/R作図
    R作図 このページでは、Rで作図する基本的な手順を紹介したいと思います。いい図はデータ解析を助けてくれますので、ぜひ自分の思い通りの図を描けるようになってください。 R作図 Rで作図するメリット・デメリットメリット デメリット Rにおける作図手順 高水準作図 低水準作図関数凡例を表示 特殊なフォントを使う 棒グラフにエラーバーを発生させるbarplot()の場合 barplot2()の場合 散布図に直線を当てはめる 対数軸で自由に軸幅設定 軸目盛ラベルの角度変更 カテゴリーごとにシンボルの異なる図を描くas.numeric()を使いこなす 描画するシンボルや色を指定したい! 複数の図を自動で描く図のレイアウトlayout()で自由な図の配置 相性抜群のsplit()とfor()split()の動作 for()の動作 例外処理 図全体に対する装飾 完成コード Rで作図するメリ...
  • 研究ソフト/LaTeX
    Latexの使い方 Latexの使い方 LaTeXの入手方法LaTeXの実行環境 bstファイルのカスタマイズ方法カスタマイズしたbstファイル群 bstファイルの置き場 jecon.bstについて入手方法 カスタマイズ方法 makebstについて入手方法 下準備 カスタマイズ方法 1問目 Do you want a description of the usage? (NO) 2問目 Enter the name of the MASTER file (default=merlin.mbs) 3問目 Name of the final OUTPUT .bst file? (default extension=bst) 4問目 Give a comment line to include in the style file. Something like for which j...
  • 統計解析ログ/GLM
    GLMについて GLMについてGLM概論GLMで扱う代表的な分布系 平均値と分散 GLMがいつ必要か? GLMで事前に指定しなければならないもの 誤差構造 線形予測子 リンク関数各誤差構造に対して最も一般的に用いられるリンク関数 GLMにおけるパラメータ推定方法 モデル選択AICについて RでのGLMのかけ方一般的な式の形 結果の見方 モデル選択 説明変数の相対的な重要度(IOV relative Importance Of Variable) GLM概論 GLMはGeneralised Linear Model(一般化線形モデル)の略。General Linear Model(一般線形モデル)の略として使われることもある。General Linear ModelはANOVAと回帰分析が似たような誤差分解方法を取ることから、ANOVAと回帰分析の総称として使われる言葉である。 G...
  • Rゼミ/R初心者ゼミ
    R初心者のためのR操作ゼミ このゼミでは、Rのまったくの初心者が、ある程度Rを使ってデータを見ることができるようになることを目的とします。 このページでは、データを取った後に研究者が行うと思われる手順をRで実行する方法について解説します。より詳細な技術については、以下のページをご覧下さい。 データハンドリング 作図 統計 昔のゼミ資料 【こちらからどうぞ】昔このページで公開していた資料などを置いておきます。 2008年4月8日からのアクセス数: - 目次 R初心者のためのR操作ゼミ昔のゼミ資料 導入〜さあ、データをRで解析しよう!題材 使うデータ 下準備Rの導入 データファイルの作り方 作ったデータの置き場 Rでのデータ操作Rへのデータの読み込ませ方データを読み込むためのコマンド コピペでデータを読み込む方法(データファイルを作りたくな...
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