小島生物学御研究室 @ ウィキ

小島生物学御研究室 @ ウィキ内検索 / 「Treefinder」で検索した結果

• Treefinder
  Treefinder 最尤法を用いた系統解析プログラム。私の知る限りでは最速(あまり試してませんが)。何よりインストールと使い方が簡単なのでお勧めです。 無料でTreefinderから入手できる。 2007/07/06時点でのファイル名は、 tf-june2007-mac-intel-binary.zip 解凍するとマニュアルが入っているので、これに従って作業をする。 解凍したフォルダをアプリケーション(Applications)に移動。 ターミナルで $ cd /Applications $ chmod -R a=rx Treefinder $ cd Treefinder $ sudo ln -f ./tf /bin/tf $ sudo ln -f ./treefinder /bin/treefinder これでインストール終了。 実行はターミナ...
• トップページ
  ...ィタ 系統解析 Treefinder 最尤法による系統解析 ModelGenerator モデル推定 PAML 系統解析、祖先配列の推定、選択圧の検出等 環境設定 Ghostscript Postscript, PDFファイル等の出入力 bioruby BioRuby バイオインフォマティクス用のRubyのライブラリ集。 制作者情報 氏名 小島　健司　（こじま　けんじ） 所属 東京工業大学大学院生命理工学研究科 学位 博士（生命科学） 専門分野 転移因子、利己的遺伝子、分子進化 |所属学会|日本進化学会、日本遺伝学会、日本分子生物学会 論文検索 by PubMed/GoogleScholar
• RepeatMasker
  RepeatMasker ゲノム配列の反復配列マスキングの定番ソフトウェア。手法は単純で反復配列のデータベースに対して、cross_match(Smith-Waterman-Gotoh algolism)、WU-BLAST(blast algolism)、あるいは DeCypherで相同性検索をし、ヒットした部分をマスクする。 上記３つのソフトウェアのいずれかが入っていなければ動かない。 WU-BLASTのインストール方法は、WU-BLAST参照。(cross_matchの方が感度は高いが、WU-BLASTの方が速度が速くメモリ容量も少ないので、私はWU-BLASTを使用しています。MacBookProではcross_matchを使うとメモリー不足でエラーが出た。) 無料でRepeatMasker Home Pageから入手できる。 2007/06/26時点でのファ...
• ModelGenerator
  ModelGenerator 最尤法やベイズ法で系統解析をする際に必要になるモデルを推定するためのプログラム。Javaで書かれているのでインストールが簡単なのと、対応しているモデルが、Modeltest、Prottestと並んで最も多いので愛用しています。 無料でModelGenerator Homepageから入手できる。 2008/01/08時点でのファイル名は、 modelgenerator_v_84.zip Javaで書かれているのでOSが何でも共通で利用できる。 解凍後modelgenerator.jarを使いたいフォルダに移動させればすぐに利用可能。 実行はターミナルを立ち上げて、 $ java -jar modelgenerator.jar align_file num_gamma_categories メモリが足らない場合には、-Xmx...
• InterProScan
  InterProScan 蛋白質のモチーフをデータベースから検索するソフトウェア。データベースを含めたサイズが膨大なので注意。 無料でEBI Tools InterProScanから入手できる。 4つのファイルをダウンロードする必要がある。それぞれの2008/05/15時点でのファイルは、 InterProScan本体。 ftp //ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/RELEASE/latest/より iprscan_v4.3.1.tar.gz 各OS用のバイナリファイル（InterProScanが利用する外部プログラムのバイナリ）。 ftp //ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/interpro/iprscan/BIN/4.x/より iprscan_bin4.x_Darwi...
• Phred
  Phred Phredは高機能ベースコールソフトウェアである。 非商用利用ならば、無料でPhred, Phrap, Consedから入手できる。 入手方法は、 まず、Academic user agreementをダウンロード、保存し、必要事項を記入する。 記入したAcademic user agreementをe-mailで開発者にメール本文として送付する。 数日すると開発者Brent EwingからPhredとphd2fastaが添付ファイルで送付されてくる。 2007/06/20付けでは、ファイル名は、 phred-dist-020425.c-acd.tar.Z phd2fasta-acd-dist.tar.Z ダウンロードしたアーカイブファイルをフォルダを作成して移動させる。 ターミナルからそのフォルダに移動する。 Phredのインストール ...
• PAML
  PAML 系統解析用のソフトウェアだが、系統樹作成よりもpositive selectionの解析などの用途で用いられることが多い。 無料でPhylogenetic Analysis by Maximum Likelihood (PAML)から入手できる。 2008/05/21時点でのファイル名は、 paml4b.OSXintel.tar.gz 解凍後、フォルダに移動し、 $ cd src $ make -f Makefile.UNIX だと以下のエラーが出てコンパイルに失敗した。 ld64-62.1 failed library not found for -lcrt0.o collect2 ld returned 1 exit status make *** [baseml] Error 1 改めてWindows用の paml...
• WebLogo
  WebLogo マルチプルアラインメントの配列の相同性を視覚的に見ることができるSequence Logoを作成するソフトウェア。 WebLogoからダウンロードできる。 2007/06/28時点でのファイル名は、 weblogo.2.8.2.tar.gz 解凍はダブルクリックか、 ターミナルから $ gunzip weblogo.2.8.2.tar.gz $ tar xvf weblogo.2.8.2.tar 解凍の後、フォルダに移動して、 $ ./seqlogo -f globin.fasta globin.eps で実行可能。 EPSファイルが作成されるので、任意のグラフィックソフトで見ることができる。 (MacOSX標準のPreViewでも見ることが可能。) GhostscriptをインストールすればPDF, PNGファイル...
• Phrap
  Phrap 配列アセンブルの定番ソフトウェア。Phred, Consedと同じグループによる作成である。 非商用利用ならば、無料でPhred, Phrap, Consedから入手できる。 入手方法は、 まず、Academic user agreementをダウンロード、保存し、必要事項を記入する。 記入したAcademic user agreementをe-mailで開発者にメール本文として送付する。 数日すると開発者Phil GreenからPhrap/Cross_match/SWATがinstructionのメールとは別のメールで本文として送付されてくる。 このファイルはCのソースコードを圧縮したものである。 私はGmailで受け取ったのでwebmailの場合を記述するが、 メール本文をcopy pasteでエディタに貼付け、Unix改行コードにして保存する...
• GBLOCKS
  Gblocks あまり似ていない配列同士をアラインメントした場合、間違ったアラインメントをされていたり、多重置換が起こっていて系統解析に用いない方が良い座位が多数存在する。そのような座位を除外し、正しくアラインメントされているブロックだけを抽出するプログラム。 Castresana Research Group. Gblocksからダウンロードできる。 2008/01/07時点でのファイル名は、 Gblocks_Universal_0.91b.tar.Z (MacOSX Intel用) 解凍はダブルクリックか、 ターミナルから $ gunzip Gblocks_Universal_0.91b.tar.Z $ tar xvf Gblocks_Universal_0.91b.tar 解凍の後、フォルダに移動して、 Gblocksをダブルクリッックするこ...
• プラグイン/ニュース
  ニュース @wikiのwikiモードでは #news(興味のある単語) と入力することで、あるキーワードに関連するニュース一覧を表示することができます 詳しくはこちらをご覧ください。 ＝＞http //atwiki.jp/guide/17_174_ja.html たとえば、#news(wiki)と入力すると以下のように表示されます。 メトロイド ドレッド攻略Wiki - Gamerch(ゲーマチ) 【まおりゅう】最強パーティー編成とおすすめキャラ【転スラアプリ】 - Gamerch(ゲーマチ) 【グランサガ】リセマラ当たりランキング - グランサガ攻略wiki - Gamerch(ゲーマチ) Among Us攻略Wiki【アマングアス・アモングアス】 - Gamerch(ゲーマチ) マニュアル作成に便利な「画像編集」機能を提供開始！ - ナレッジ共...
• bioruby
  BioRuby バイオインフォマティクス用のRubyのライブラリ集。 無料でhttp //bioruby.org/archive/から入手できる。 最も新しい数字のついたファイルをダウンロードする。 2008/07/16時点でのファイル名は、 bioruby-1.2.1.tar.gz 解凍して出来たフォルダを適当な場所に移動して、ターミナルからそのフォルダに入る。 $ ruby install.rb config $ ruby install.rb setup $ sudo ruby install.rb install パスワードを聞かれるので入力する。 Rubyのプログラミングには、 http //www.ruby-lang.org/ja/man/html/index.html が非常に有用である。 Citations
• UNAFold
  UNAFold RNAやDNAの二次構造を予測するプログラムとして代表的なmfoldの後継ソフトウェア。 無料でUNAFoldから入手できる。 2008/04/11時点でのファイル名は、 unafold-3.5.tar.gz perlで書かれていてソースコードからコンパイルする必要がある。 解凍後 unafold-3.5フォルダに移動して $ ./configure $ make $ make install で/usr/local/binにインストールされる。 Citations Markham, N. R. Zuker, M. (2005) DINAMelt web server for nucleic acid melting prediction. Nucleic Acids Res., 33, W577-W581.
• Ghostscript
  Ghostscript PostscriptファイルやPDFファイルを加工、生成するソフトウェア。 WebLogoでPDFファイルを出力するためにインストールした。 Ghostscript, Ghostview and GSViewからダウンロードできる。 2007/07/06時点でのファイル名は、 ghostscript-8.56.tar.gz 同時にフォントライブラリ ghostscript-fonts-std-8.11.tar.gz もダウンロードする。 解凍はダブルクリックか、 ターミナルから $ gunzip filename.tar.gz $ tar xvf filename.tar 解凍の後のフォルダに移動して、 $ ./configure $ make $ sudo make install でGhosts...
• lftp
  lftp FTPクライアント。 無料でhttp //lftp.yar.ru/から入手できる。 2008/10/22時点でのファイル名は、 lftp-3.7.3.tar.gz 解凍して出来たフォルダを適当な場所に移動して、ターミナルからそのフォルダに入る。 $ ./configure $ make makeがうまく行かなかったので別のバージョンをダウンロード。 lftp-3.5.10.tar.gz 解凍して出来たフォルダを適当な場所に移動して、ターミナルからそのフォルダに入る。 $ ./configure $ make $ sudo make install（sudoが必要かどうかは知りません） パスワードを訊かれるので入力する。 とりあえずインストールまで。 Citations
• AppDelete
  AppDelete MacOSXのアプリケーションをアンインストールするソフト。 無料でhttp //reggie.ashworth.googlepages.com/appdeleteから入手できる。 2008/10/28時点でのファイル名は、 AppDelete2.1.dmg ダブルクリックして出来たディスクイメージAppDelete内のAppDeleteファイルをアプリケーションにドラッグ ドロップするとインストール完了。 継続使用には$5の寄付が必要なようです。 Citations
• Jalview
  Jalview JAVAを用いた配列アラインメントエディター。JAVAを使っているのでプラットフォームに関わらず使用可能。 無料でJalview - Java alignment editor から入手できる。 インストールには、Java version 1.4以上が必要。自分のコンピュータのJavaのversionは ターミナルから java -version で確認できる。 ダウンロードページで Start with Java Web Start ボタンをクリックすると、jalview.jnlpがダウンロードされ、残りの必要なファイルも自動的にダウンロードされ、使用可能になる。 Citations Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. The Jalview Java Alignm...
• WU-BLAST
  WU-BLAST ワシントン大学のBLASTソフトウェア。ncbiのものとは若干違うらしい。 通常はncbi-blastで十分なのだが、ソフトウェアによっては、WU-BLASTを要求するものがある。私はRepeatMaskerから呼び出すためにインストールした。 非商用利用ならば無料でWU-BLASTから入手できる。 Academic licenseに同意する必要があり、フォームに入力して送信するとe-mailが送られてくるのでそこに書かれているページにWebブラウザでアクセスしてダウンロードする。 注：時間制限があり、２４時間以内にダウンロードしないとアクセスできなくなるので、できなくなったらフォームの入力からやり直す。 2007/06/15時点でのファイル名は、 blast2.macosx-x64.tar.Z (MacBookPro MacOSX 10...
• プラグイン/編集履歴
  更新履歴 @wikiのwikiモードでは #recent(数字) と入力することで、wikiのページ更新履歴を表示することができます。 詳しくはこちらをご覧ください。 ＝＞http //atwiki.jp/guide/17_117_ja.html たとえば、#recent(20)と入力すると以下のように表示されます。 取得中です。
• NCBI-BLAST
  NCBI-BLAST+ NCBIのBLASTソフトウェア。 無料でNCBI-BLAST+から入手できる。 2010/01/22時点でのファイル名は、 ncbi-blast-2.2.22+.dmg マニュアルも同じページからダウンロードできる。 ftp //ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/user_manual.pdf ダブルクリックすると、フォルダが出来る。中のncbi-blast-2.2.22+.pkgをダブルクリックするとインストーラが起動する。 指示に従ってインストールすると、 デフォルトでは、プログラム達は、 　/usr/local/ncbi/blast/bin/ に入れられる｡ パスを通せば使えるはず｡ "+"になったためか、以前の...
• CLC
  CLC Sequence Viewer 配列解析の統合ソフトウェア。 無料でCLC Sequence Viewerから入手できる。 まずはインストーラがダウンロードされる。 2008/07/14時点でのファイル名は、 CLCSequenceViewer_5_0_1.dmg Javaで書かれている。 解凍後、ディスクイメージをダブルクリック。 インストーラが起動するのでNext等のボタンを押してインストールを実行。 終わると、CLC Sequence Viewer 5という名前のファイルが作成されている。 これをダブルクリックでアプリケーションが起動。 Citations
• プラグイン/動画(Youtube)
  動画(youtube) @wikiのwikiモードでは #video(動画のURL) と入力することで、動画を貼り付けることが出来ます。 詳しくはこちらをご覧ください。 ＝＞http //atwiki.jp/guide/17_209_ja.html また動画のURLはYoutubeのURLをご利用ください。 ＝＞http //www.youtube.com/ たとえば、#video(http //youtube.com/watch?v=kTV1CcS53JQ)と入力すると以下のように表示されます。
• プラグイン
  @wikiにはいくつかの便利なプラグインがあります。 アーカイブ コメント ニュース 動画(Youtube) 編集履歴 関連ブログ これ以外のプラグインについては@wikiガイドをご覧ください = http //atwiki.jp/guide/
• プラグイン/関連ブログ
  関連ブログ @wikiのwikiモードでは #bf(興味のある単語) と入力することで、あるキーワードに関連するブログ一覧を表示することができます 詳しくはこちらをご覧ください。 ＝＞http //atwiki.jp/guide/17_161_ja.html たとえば、#bf(ゲーム)と入力すると以下のように表示されます。 #bf
• プラグイン/コメント
  コメントプラグイン @wikiのwikiモードでは #comment() と入力することでコメントフォームを簡単に作成することができます。 詳しくはこちらをご覧ください。 ＝＞http //atwiki.jp/guide/17_60_ja.html たとえば、#comment() と入力すると以下のように表示されます。 名前 コメント
• プラグイン/アーカイブ
  アーカイブ @wikiのwikiモードでは #archive_log() と入力することで、特定のウェブページを保存しておくことができます。 詳しくはこちらをご覧ください。 ＝＞http //atwiki.jp/guide/25_171_ja.html たとえば、#archive_log()と入力すると以下のように表示されます。 保存したいURLとサイト名を入力して"アーカイブログ"をクリックしてみよう サイト名 URL
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