| 話数 | 機体（搭乗パイロット） | |||||
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| プロローグ | ||||||
| 第1話 | ファルセイバー（ヨウタ、ユキ） ガオガイガー（凱） | |||||
| 第2話 | マジンガーZ（甲児） ビューナスA(さやか) | |||||
| 第3話 | ダブルオーライザー（刹那） | |||||
| 第4話 | YF-25プロフェシー（リオン） VF-19Eエクスカリバー（アイシャ） YF-29デュランダル（アルト） | |||||
| 第5話 | エステバリス アキト（アキト） エステバリス リョーコ（リョーコ） エステバリス ヒカル（ヒカル） エステバリス イズミ（イズミ） ナデシコ（ユリカ） | |||||
| 第6話 | ライジンオー（仁） | |||||
| 第7話 | YF-29デュランダル VF-25Fメサイア・TP（アルト） エステバリス リョーコ（リョーコ） エステバリス ヒカル（ヒカル） エステバリス イズミ（イズミ） エステバリス アカツキ（アカツキ） ナデシコ（ユリカ）※メグミはクリア後に復帰 | |||||
| ルート選択 | ナデシコと共に月へ向かう | オリバーノーツへ向かう | ||||
| 機動戦艦ナデシコ 劇場版マクロスF マクロス30～銀河を繋ぐ歌声～ |
勇者王ガオガイガー 真マジンガー 衝撃！Z編 マジンカイザーSKL | |||||
| 第8話 | エステバリス月面フレーム（アキト） ティエルヴァ（ジラード） エステバリス アキト（アキト） ※クリア後 |
ウイングル（由木） クランシェカスタム（セリック） クランシェ（シャナルア） ジェノアスOカスタム（オブライト） ディーヴァ（ナトーラ） ガンダムAGE-3（キオ） ※クリア後 | ||||
| 第9話 | ダブルオーライザー（刹那） ガンダムデュナメスリペア（ロックオン） プトレマイオス2改（スメラギ） ユニコーンガンダム（バナージ） デルタプラス（リディ） ネェル・アーガマ（オットー） 剣士ゼータ（剣士ゼータ） |
ライジンオー（仁） ガンダムAGE-3に武器「AGE-3フォートレス」追加 | ||||
| 第10話 | ビルバイン（ショウ） ※クリア後使用不能 ダンバイン（マーベル） グラン・ガラン（シーラ） マジンカイザーSKL（海動、真上） ボチューン ※クリア後 | |||||
| 第11話 | 騎士ガンダム（騎士ガンダム） ゴーグ（ゴーグ） | |||||
| 第12話 | デルタプラス（リディ） キャリア・ビーグル（船長） | |||||
| 第13話 | 騎士アレックス（騎士アレックス） ガリアン（ジョジョ） ゴーグに武器「改造180mm砲」追加 | |||||
| 第14話 | VF-25Sメサイア（オズマ） VF-25Gメサイア・TP（ミシェル） RVF-25メサイア（ルカ） クァドラン・レア（クラン） VB-6ケーニッヒモンスター（カナリア） マクロス・クォーター（ジェフリー） | |||||
| 第15話 | ||||||
| 第16話 | ガオガイガー スターガオガイガー（凱） 超竜神（超竜神） 撃龍神（撃龍神） ビッグボルフォッグ（ビッグボルフォッグ） マイクサウンダース13世（マイク） ボチューン（ニー） ボチューン（キーン） ゴラオン（エレ） キングジェイダー（J） 闘士ダブルゼータ（闘士ダブルゼータ） | |||||
| 第17話 | ユキ ファルセイバーに武器「エリアルスパーク」追加 デルタプラス（リディ） | |||||
| ルート選択 | ELS移送の護衛に協力する | 日本での防衛任務に就く | ||||
| 劇場版 機動戦士ガンダム00 機動戦士ガンダムAGE 劇場版マクロスF マクロス30～銀河を繋ぐ歌声～ 機動戦艦ナデシコ |
勇者王ガオガイガー 真マジンガー 衝撃！Z編 マジンカイザーSKL 聖戦士ダンバイン 機甲界ガリアン 巨神ゴーグ SDガンダム外伝 絶対無敵ライジンオー | |||||
| 第18話 | ダブルオーライザー（刹那） ガンダムサバーニャ（ロックオン） ガンダムハルート（アレルヤ） プトレマイオス2改（スメラギ） 剣士ゼータ（剣士ゼータ） ガンダムAGE-3に武器「AGE-3オービタル」追加 |
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| 第19話 | ユニコーンガンダム（バナージ） | ビルバイン | ||||
| 第20話 | デルタプラス（リディ） | キングジェイダー（J） 闘士ダブルゼータ（闘士ダブルゼータ） | ||||
| 第21話 | ボスボロット（ボス） ドナウα1（ドナウα1） ウイングルに武器「サイコギア総攻撃」追加 | |||||
| 第22話 | バクリュウドラゴン（マリア） | |||||
| 第23話 | ファルセイバー（ヨウタ） ゴーグ（ゴーグ） | |||||
| 第24話 | ガリアン ガリアン 重装改（ジョジョ） プロマキス・ヴィー（ヒルムカ） スカーツ（スラーゼン） ファルセイバー（ヨウタ） ゴーグ（ゴーグ） ゴーグに武器「ウイングブーメラン」追加 | |||||
| 第25話 | ティエルヴァ（ジラード） ネェル・アーガマ（オットー） ※クリア後 ダブルオーライザーが「トランザムバースト」使用不能になる ※クリア後 | |||||
| 第26話 | 騎士ガンダムに武器「フルアーマー騎士ガンダム」追加 クリア後、10段階改造解禁 戦術指揮が「戦術指揮／応援」に変化 | |||||
| 第27話 | VF-25各機に武器「反応弾」追加 マイクサウンダース13世に武器「マイク部隊ディスクX」「マイク部隊ディスクX(MAPW)」追加 超竜神（超竜神） ファルセイバー | |||||
| 第28話 | キングジェイダー（J） 闘士ダブルゼータ（闘士ダブルゼータ） ブルーヴィクター（ヨウタ） キングジェイダーに武器「ジェイダーヘルアンドヘブン」追加 | |||||
| 第29話 | ナデシコ ガンダムAGE-3（キオ） ダブルオーライザー（刹那） ラファエルガンダム（ティエリア） ブレイヴ指揮官用試験機（グラハム） ナデシコ(Yユニット装備) ※クリア後 | |||||
| ルート選択 | キオ達の救出作戦に同行する | ボストンの解放作戦に同行する | ||||
| SDガンダム外伝 機動戦士ガンダムAGE 機動戦士ガンダムUC 勇者王ガオガイガー 機動戦艦ナデシコ 劇場版マクロスF マクロス30銀河を繋ぐ歌声 |
劇場版 機動戦士ガンダム00 機甲界ガリアン 聖戦士ダンバイン 絶対無敵ライジンオー 巨神ゴーグ 真マジンガー 衝撃！Z編 マジンカイザーSKL | |||||
| 第30話 | YF-29デュランダル（アルト） YF-30クロノス（リオン） VF-25Fメサイア・TP YF-25プロフェシー VF-25Sメサイア・AP（オズマ） ※クリア後 |
ザウエル（ランベル） GN-XIV（アンドレイ） GN-XIV（パトリック） ライネック（トッド） ※クリア後 | ||||
| 第31話 | YF-29デュランダル（アルト） VF-25Sメサイア・AP（オズマ） VF-27γルシファー・SP（ブレラ） ガンダムAGE-3（キオ） ガンダムAGE-2 ダークハウンド（アッシュ） クランシェ（シャナルア） |
ビューナスAに武器「マジンガー軍団一斉攻撃」追加 マジンガーZ マジンガーZ(ゴッドスクランダー)（甲児） マジンカイザーSKLがウイングクロス可能になる マジンガーZ(ゴッドスクランダー)に武器「ビッグバンパンチ」追加 マジンカイザーSKL(ウイングクロス)に武器「SKL-RR」追加 | ||||
| 第32話 | クシャトリヤ（マリーダ） ※条件を満たさなかった場合 ラファエルガンダム（ティエリア） ダブルオークアンタ（刹那） 騎士ガンダム（騎士ガンダム） ガランシェール（ジンネマン） ※クリア後 | |||||
| 第33話 | バーサル騎士ガンダム（バーサル騎士ガンダム） トルストール ビルバイン(夜間迷彩)（ショウ） ※クリア後 | |||||
| 第34話 | ライジンオーとバクリュウオーが超無敵合体可能になる ガンダムAGE-FX（キオ） ※クリア後 | |||||
| 第35話 | ファルセイバー（ヨウタ） ファルセイバーとブルーヴィクターが輝煌合体可能になる 超竜神（超竜神） ※クリア後 | |||||
| 第36話 | GAIL戦闘ヘリ（ロッド） GAIL戦車（ベーム） ゴーグに武器「ゴーグフルパワー」追加 マノン・ガーディアン（マノン） サーバイン | |||||
| 第37話 | マジンガーZ(ゴッドスクランダー)に武器「ロケットパンチ100連発」追加 ボスボロットに武器「くろがね屋軍団一斉攻撃」追加 グリッターファルセイバーに武器「エリアルフェアスパーク」追加 ダブルマジンガーに合体攻撃「ダイナミックコンビネーション」追加 | |||||
| 第38話 | ガンダムAGE-2 ダークハウンド（アッシュ） クランシェ（シャナルア） VF-27γルシファー・SP（ブレラ） バンシィ・ノルン（リディ） ユニコーンガンダムがフルアーマーに換装可能になる ユニコーンガンダムが覚醒可能になる ユニコーンガンダム(覚醒)に武器「NT-D覚醒攻撃」追加 デルタプラス ※クリア後 | |||||
| 第39話 | ティエルヴァ（ジラード） ガンダムAGE-1 グランサ（フリット） ※クリア後 | |||||
| 第40話 | ガンダムAGE-FXに武器「バーストモード」追加 エステバリスに月面フレームが追加 | |||||
| 第41話 | 法術士ニュー（法術士ニュー） ディーヴァに武器「フォトンリングレイ」「フォトンリングレイ(MAPW)」追加 クランシェカスタム（セリック） ※条件を満たさなかった場合 ダイテツジン（九十九） ダイマジン（元一朗） テツジン（源八郎） デンジン（三郎太） ※3人とも条件を満たさなかった場合 ガンダムAGE各機に合体攻撃「トリプルジェネレーション」追加 ガンダムレギルス（ゼハート） フォーンファルシア（フラム） ギラーガ改（レイル） ガンダムAGE-2とレギルスに合体攻撃「メモリー・オブ・エデン」追加 ガンダムAGE-1 グランサに武器「プラズマダイバーミサイル」「プラズマダイバーミサイル(MAPW)」追加 ※クリア後 | |||||
| 第42話 | YF-29デュランダル YF-29デュランダル・SP（アルト） YF-29デュランダルF・SPに特殊行動「翼の舞」追加 超竜神・撃龍神に合体攻撃「幻竜神・強龍神アサルト」追加 Xエステバリス ※クリア後 | |||||
| 第43話 | ガンダムサバーニャとガンダムハルートが最終決戦仕様に マクロス・クォーター強攻型に武器「マクロスキャノン（一斉発射）」追加 ダブルオークアンタに特殊行動「クアンタムバースト」追加 | |||||
| 第44話 | バーサル騎士ガンダムに武器「騎士スペリオルドラゴン」追加 ドラゴンベビー ズワウス（黒騎士） | |||||
| 第45話 | 円盤（ウーズベン） ※条件を満たさなかった場合 ウインガル・ジー（ハイ） キングジェイダー（J） | |||||
| 第46話 | キングジェイダー（J） | |||||
| 第47話 | グレートジャークサタン（ベルゼブ） ゴッドライジンオーに武器「ゴッドライジンオーフルパワー」追加 ユキ | |||||
| 最終話分岐 | グレートジャークサタン（ベルゼブ） | |||||
| 君と共に | ？ | |||||
| 最終話 | ユキ | |||||
