サムネイル作成にはコーデックがインストールされている必要があります。
作者のところでインストールしている（テストした）コーデックは以下です。

いろんなコーデックをいれるのが面倒な方は「Enjoy PC Life」を参考に

だけを入れておけばflvも含め、ほとんどの動画をサムネイル化できます。

◆ デフォルトは以下の拡張子のムービーファイルを検知して登録します。

avi, wmv, mpg, mpeg, asf, divx

コーデックFFD Showがあればサムネイル可。

mpeg1はffdshowでmpeg1をlibmpeg2にした方が成功率高いようです。
divxで黒いサムネイルが作られるとき、Haali Media Splitterをインストールしてみてください。

また、mpegのサムネイル生成にうまくいかないとき、
DirectShow Filter Toolで使用するコーデックのメリット値を変更してみることでうまく生成できるかもしれません。

rm, rmvb

コーデックReal Alternativeがあればサムネイル可。

コーデックLazy Man's MKVがあればサムネイル可。

Haali Media Splitterをインストールしていればサムネイル可。

コーデックFLV Splitterをインストールしていて、
かつ、ffdshow＞コーデック＞FLV1をlibavcodecにしていればサムネイル可。
また、ffdshow＞出力＞"ピクセルのアスペクト比を出力メディアタイプに設定する"のチェックが入っているとうまくサムネイルできないのようです。

機能拡張のAviSynthを参照ください。
swf.vfpは不安定なので、ファイルパスに濁音や半濁音など、日本語が含まれていると
サムネイルがうまく生成されない事があります。

SourceMovieに依存。

◆ デフォルトではないが、次の拡張子のサムネイル化もサポートします。

音楽ファイル内にジャケット画像が埋め込まれていれば、
そのジャケット画像を使ってサムネイルを作成。
ツールメニュー＞ファイル別の設定＞フォーマット設定で拡張子の追加が必要。

内部デコーダーでサムネイルを作成。
ツールメニュー＞ファイル別の設定＞フォーマット設定で拡張子の追加が必要。

画像書庫であれば内部アーカイバでサムネイルを作成。
動画と同じように「等間隔サムネイル作成」、「ランダムサムネイル作成」、「画像からサムネイル作成」を利用可能。
ツールメニュー＞ファイル別の設定＞フォーマット設定で拡張子の追加が必要。

◆ これ以外のフォーマットを登録したいときは、
ツールメニュー＞ファイル別の設定＞フォーマット設定で追加してください。

また、サムネイルの生成がうまくいかないときはこのWIKIの困ったときを参照ください。