プレイヤー
| 名前 | 外見 |
| プレイヤー | 赤い帽子を目深にかぶった男 |
D1:登場キャラ
| 名前 | ver | 出現条件 |
| 不動遊星 | ノーマル | 最初から |
| ポンチョ | TF1連動特典 or不動遊星(NO)に50勝 以上の条件を満たした後、不動遊星(NO)を引き連れてマーサと話す | |
| ジャック・アトラス | 最初から | |
| クロウ・ホーガン | 最初から | |
| 十六夜アキ | ノーマル | 最初から |
| アカデミア制服 | TF2連動特典 or十六夜アキ(NO)に50勝 以上の条件を満たした後、十六夜アキ(NO)を引き連れてマーサと話す | |
| 龍亞 | ノーマル | 最初から |
| アカデミア制服 | TF4連動特典 or龍亞(NO)に50勝 以上の条件を満たした後、龍亞(NO)を引き連れてマーサと話す | |
| 龍可 | ノーマル | 最初から |
| アカデミア制服 | TF3連動特典 or龍可(NO)に50勝 以上の条件を満たした後、龍可(NO)を引き連れてマーサと話す | |
| カーリー渚 | 最初から | |
| 狭霧深影 | 牛尾哲のクリア | |
| 牛尾哲 | 最初から | |
| イェーガー | クロウ・ホーガンのクリア | |
| 謎のＤ・ホイーラー | 不動遊星(NO)のクリア | |
| シェリー・ルブラン | 十六夜アキ(NO)のクリア | |
| 鬼柳京介 | 龍亞(NO)のクリア | |
| プラシド | 謎のＤ・ホイーラーのクリア | |
| ルチアーノ | 龍亞(NO)、龍可(NO)のクリア | |
| ホセ | ジャック・アトラス、龍亞(NO)、 謎のＤ・ホイーラー、シェリー・ルブランのクリア | |
| 偽ジャック | ジャック・アトラス、カーリー渚、イェーガーのクリア |
D2:一般キャラクター
◎:新規キャラ、○TF4からの新規キャラ、★:TF-TF3からの続投キャラ、☆:TF-TF3からの後継キャラ
セキュリティ（6人）
| 名前 | 勤務地域 | 【使用デッキ】 |
| ★茂野間ネオ | シティ内陸部 | 【メタビート】・【苦痛ワンフー】 |
| ○伊東拓也 | シティ内陸部 | 【レスキューシンクロ】・【猫姫】 |
| ○鈴木泰斗 | シティ沿岸部 | 【ダーク・ガイア】・【クリボー帝】 |
| ◎サージャント相川 | シティ沿岸部 | 【マシンナーズ】・【サイバー・ドラゴン】 |
| ★沢中国正 | 旧サテライト地区 | 【剣闘獣】 |
| ★矢ヵ城利之 | 旧サテライト地区 | 【エンジェル・パーミッション】・【神の居城－ヴァルハラ】 |
シティ内陸部（15人）
大人6人（男2、女4）、学生5人（男0、女5）、子供4人（男2、女2）
| 名前 | 外見 | 【使用デッキ】 |
| ★清水剛 | 大人男性 | 【最終突撃命令】・【つまづき】 |
| ★三田川たくや | 大人男性 | 【バウンス・コントロール】・【スフィンクス】 |
| ★宇佐美彰子 | 大人女性 | 【恐竜族】・【ジュラック】 |
| ★山本百合 | 大人女性 | 【エクゾディア】・【ウィジャ盤】 |
| ○シーサイド村本 | 大人女性 | 【海竜族】・【アビス・コントロール】 |
| ○マー・ムー | 大人女性 | 【ビークロイド】 |
| ★海野幸子 | アカデミア女子学生 | 【魚族ビート】・【伝説の都 アトランティス】 |
| ★藤原雪乃 | アカデミア女子学生 | 【儀式天魔神】・【デミスドーザー】 |
| ★原麗華 | アカデミア女子学生 | 【フルバーン】・【チェーンバーン】 |
| ○紬紫 | アカデミア女子学生 | 【除去ガジェット】 |
| ○大庭ナオミ | アカデミア女子学生 | 【ライトロード】 |
| ○寺師庸佑 | 子供男子 | 【グリードバーン】・【ライトニングパニッシャー】 |
| ○山本耕司 | 子供男子 | 【超時空戦闘機】・【巨大戦艦】 |
| ○龍剛院嬢 | 子供女子 | 【ドラグニティ】・【未来龍】 |
| ○安田宇里亜 | 子供女子 | 【神炎皇ウリア】 |
シティ沿岸部（30人）
大人11人（男4、女7）、学生9人（男0、女9）、子供10人（男5、女5）
| 名前 | 外見 | 【使用デッキ】 |
| ☆スライダー瓶田 | 大人男性 | 【亀ビート】・【亀バーン】 |
| ◎西野浩三 | 大人男性 | 【サイレント・ソードマン】・【サイレント・マジシャン】 |
| ○窪田修司 | 大人男性 | 【凡骨ビート】・【デュアル】 |
| ★田中康彦 | 大人男性 | 【ハイランダー】・【サイカリバー】 |
| ★石原法子 | 大人女性 | 【次元帝】・【黄泉帝】 |
| ★石原周子 | 大人女性 | 【お触れホルス】・【フロフレホルス】 |
| ○ペタ・ケルビン | 大人女性 | 【ヴァイロン】・【インヴェルズ】 |
| ★加藤友紀 | 大人女性 | 【戦士ビート】・【アサイバー】 |
| ★吉澤由美 | 大人女性 | 【ハンデス】・【デッキ破壊】 |
| ○ケイト・モヘア | 大人女性 | 【Ｄ－ＨＥＲＯ Ｂｌｏｏ－Ｄ】・【Ｄｒａｇｏｏｎ Ｄ－ＥＮＤ】 |
| ○成田伸子 | 大人女性 | 【トゥーン】・【侍ＢＯＸ】 |
| ★樋口桜 | アカデミア女子学生 | 【光のピラミッド】・【死皇帝の陵墓】 |
| ★宮田ゆま | アカデミア女子学生 | 【Ｅ・ＨＥＲＯ】・【ネオスビート】 |
| ○青葉あげは | アカデミア女子学生 | 【チューナー】 |
| ○ツァン・ディレ | アカデミア女子学生 | 【六武衆】・【ベンケイ1キル】 |
| ○嶺開花 | アカデミア女子学生 | 【魔力カウンター】 |
| ○夏乃ひなた | アカデミア女子学生 | 【暗黒界】・【暗黒魔轟神】 |
| ○レイン恵 | アカデミア女子学生 | 【アンデットシンクロ】・【アンデットワールド】 |
| ○メイ喜多嬉 | アカデミア女子学生 | 【ブラック・マジシャン】・【魔法族の里】 |
| ○長谷部遥 | アカデミア女子学生 | 【フレムベル】・【ラヴァル】 |
| ○山根章裕 | 子供男子 | 【ワーム】・【ヴェノム】 |
| ○マーク・フリーダム | 子供男子 | 【宝玉獣】・【レインボー・ネオス】 |
| ○成田山司 | 子供男子 | 【ユニオン】 |
| ○伊藤泰久 | 子供男子 | 【雲魔物】・【アルカナフォース】 |
| ○中本尊司 | 子供男子 | 【霞の谷】・【ガスタ】 |
| ○ハル・スプリングス | 子供女子 | 【ガエル】・【氷結界】 |
| ○夏乃こかげ | 子供女子 | 【魔轟神】 |
| ○Ｍ．Ａ．イングリット | 子供女子 | 【ナチュル】 |
| ○大久保香澄 | 子供女子 | 【もけもけ】・【おジャマ】 |
| ○姫美銀鏡 | 子供女子 | 【サイバー・ダーク】・【ジェネクス】 |
旧サテライト地区（15人）
大人8人（男4、女4）、学生1人（男0、女1）、子供6人（男3、女3）
| 名前 | 外見 | 【使用デッキ】 |
| ◎丸山修二 | 大人男性 | 【アロマハーピィ】・【アロマ・コントロール】 |
| ☆ＫＥＮＹｏＵ | 大人男性 | 【コントロール転移】 |
| ★高橋秀行 | 大人男性 | 【エーリアン】 |
| ☆吉光誠一郎 | 大人男性 | 【アルティメット王虎】・【アームド・ドラゴン】 |
| ★田中奈津代 | 大人女性 | 【ネフライダー】・【ネフロード】 |
| ★風見吹子 | 大人女性 | 【ダーク・シムルグ】・【儀式シムルグ】 |
| ○ノーマネー弥生 | 大人女性 | 【アマゾネス】・【ミーネ・ウイルス】 |
| ○マリア・アン | 大人女性 | 【終焉のカウントダウン】 |
| ○ジャッカル岬 | アカデミア女子学生 | 【門前払い光神機】・【スキドレバルバ】 |
| ○宮崎健太朗 | 子供男子 | 【ネクロフェイス】・【デーモン】 |
| ○戦士手島 | 子供男子 | 【Ｘ－セイバー】・【カラクリ】 |
| ○角井敏行 | 子供男子 | 【ジェムナイト】・【リチュア】 |
| ○河合都 | 子供女子 | 【ビースト】 |
| ○ミント・ロケット | 子供女子 | 【ロケット】・【ヴォルカニック】 |
| ○瀬良あゆみ | 子供女子 | 【ワイト】・【アンデットデッキデス】 |
イベント限定（1人？）
| 名前 | 外見 | 【使用デッキ】 |
| ？ディアブロ | 大人男性 | 【Ａ・Ｏ・Ｊ】 |
カリスマデュエリスト
ストーリーモードを4キャラ以上クリアで出現
| 名前 | 外見 | 【使用デッキ】 |
| ジャンボ牛尾 | 牛尾モドキ | 【エンジェル・パーミッション】・【ダークモンスター】 |
| 流星 | 遊星モドキ | 【シンクロ召喚】・【Ｅ・ＨＥＲＯ】 |
| キング・ジャアク | ジャックモドキ | 【 ドラゴン族】・【／バスター】 |
| デュエ・ルア | 龍亞モドキ | 【ディフォーマー】・【ＢＦ】 |
| デュエ・ルカ | 龍可モドキ | 【シモッチバーン】・【ライトロード】 |
| カーリー・なのさ | カーリーモドキ | 【雑貨貪欲ターボ】+【魔轟神】 |
デュエルしない人たち
イベントに関する詳細はランダムイベントで
| 名前 | 備考 |
| 胡桃沢 | シティ繁華街にあるショップの店員。 TF3までのセイコさんやトメさんと違ってボイスはない。 |
| 雑賀 | マーサハウスにいる。情報屋。 今回はD2のキャラに発信機をつけてくれるようになった。 |
| ハイトマン教頭 | デュエルアカデミアにいる。1日1回、絵違いのカードのクジを引ける。 前作の矢薙じーちゃんポジション。 |
| MC | 出現場所はランダム。居場所は1日固定。 1日1回、5つの箱から1つを貰える。中身はレアカードやレアアイテム等。ハズレあり。 |
| レースクイーン | スタジアムにいる。各種トーナメントの受付係。 残念ながら真ん中の女の子としか話せない。 |
| マーサ | マーサハウスにいる。 タッグ相手のデッキやキャラを変更できる。 前作の志崎ポジション。 |
| ステファニー | 噴水広場にいる。1日1回、パートナーの機嫌を1段階良くしてくれるかも。 前作のブリッツポジション。 |
| ゾラ | ポッポタイムにいる。1日1回、200DPかアイテムをくれるかも。 前作のナーヴポジション。 |
イベントにのみ登場するキャラクター
| 名前 | 備考 |
| ブルーノ | モブキャラをパートナーにした時の大会のギャラリー。 狭霧深影のハート3イベントで出番あり。 クロウ・ホーガンとの数字の話でも名前のみ出てくる。 |
| 早野天兵 | モブキャラをパートナーにした時の大会のギャラリー。 龍亞(NO)のイベントで出番あり。 |
| ミゾグチ | シェリー・ルブランのハート1のイベントにて立ち絵あり。 |
| ディアブロ | 立ち絵のみで、イベント時にはカタコトで会話する。 デュエルは誰かになりすまして行う設定のため、固有ポリゴンは存在しない。 声もなりすましたキャラの流用だが、エフェクトがかかっている。 使用デッキは【Ａ・Ｏ・Ｊ】で固定。 |
| チアガール | スタジアムの大会で登場、自分とタッグ相手の名を呼び応援してくれる。 D2のイベントでも登場する。 アニメではチームユニコーン戦で初登場後、よく顔を見せる。 |
| レグルス | 龍可(NO)やルチアーノのイベントで登場。当然デュエルはしない。カードの精霊の立ち絵はTF3以来。 |
未参加
| ミスティ | シティ中央広場の背景の広告に映っている。 シーサイド村本のイベントでは名前が登場。 前作ではデュエリストとして参加したが今作では残念ながら未登場。 |
| ボマー | 偽ジャックイベントなどで名前が挙がる。 ダークシグナー時に使用したダーク・フラット・トップがオリジナルカードとして収録された。 |
| レクス・ゴドウィン | カーリー渚、謎のＤ・ホイーラーなどのイベントに名前のみ。 アニメではダークシグナー編のラスボスを務め、前作では立ち絵のみの登場だったが残念ながら未登場。 |
| ディヴァイン | ルチアーノのイベントで名前が登場。 |
| 屑山鉄蔵 | マーサハウスに彼の作った「スターダスト・ドラゴン」の像がある。 また、龍亞(NO)のイベント3で龍亞が彼のように罠カードを模したトラップを作っている。 |
| ボルガー | レイン恵のイベントで彼の会社の話が出る。 |
| ピアスン | クロウ・ホーガンのイベントで名前のみ登場。 |
| チーム・カタストロフ | 宮田ゆまのイベントで彼ららしき人物を見たという会話がある。 |
| ミシェル、クレア | 龍亞(NO)のイベント1にて彼ら兄妹が住んでいた屋敷が登場。 そしてイベントが進むと予想外の形で彼らの名前が挙がる。立ち絵は無い。 |
| ラモン | 本人は登場せず、ストーリーでは吉光誠一郎がそのポジションに就いている。 吉光誠一郎は不動遊星(PO)、鬼柳京介のどちらのストーリーでも改心する素振りを見せる。 |
| マルコム | 本人は登場せず、ストーリーでは高橋秀行がそのポジションに就いている。 ラモン担当の吉光誠一郎に比べると若干扱いが悪い。 |
| バーバラ | 本人は登場せず、ストーリーではノーマネー弥生がそのポジションに就いているが、 遊星に手紙を送った事以外は全く異なる設定になっている。 丸山修二を捨てて逃げようとした場面などはロットンの要素である。 |
| ロットン | ラモン、マルコム、バーバラと違い、該当する代役キャラは登場しなかった。 その代わりか彼が使用したガトリング・オーガがオリジナルカードとして収録されている。 その後、彼が使うガトリング・オーガ軸のバーンデッキもダウンロードレシピとして登場した。 |
| ニコ、ウェスト | 彼ら姉弟は登場せず、代わりに河合都と宮崎健太朗が鬼柳と交流を深める。 |
| ディック・ピット | 名前すら登場しないが、ブリザードリザードなど使用カードが登場。 |
パートナーイベント
キャラの個別ページまたはパートナーイベント参照。
