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モラン一派がヨコハマ各所から盗み出していた宝石には「シャーロック・ホームズの遺産が寄付されたもの」という共通点があった。そしてホームズの遺産の宝石を盗み集めていたのは「敗者復活の宝石」を手に入れるため。
敗者復活の宝石とはモリアーティ教授の義眼で、この宝石を手にした者は敗者の立場を脱し栄光の座を手にすることが出来るという。宝石は教授がライヘンバッハの滝に沈められた時にホームズによって回収され、遺品としてヨコハマの街のどこかへと消えた。
その宝石がヨコハマにあると知ったモラン一派は敗者復活の宝石を探してヨコハマ各所で盗みを繰り広げ、モリアーティの子孫である森・アーティは封印されたトイズの眠るパンドラの壺から目的のトイズを入手して姿を消した。

敗者復活の宝石はホームズの遺産として寄付されておらず、シャロの探偵服のブローチとして子孫に託されていた。それを知ったモラン一派はミルキィホームズを拘束して敗者復活の宝石を強奪。封印されたトイズ、森・アーティが発見した教授の遺体も揃え、ついに現代へモリアーティ教授が復活。
時空の滝がヨコハマに出現し、モリアーティの野望である探偵の居ない怪盗天国を生み出すべく時間遡行を開始。歴史改変が始まってしまう。
歴史改変の影響でヨコハマから主要な建築物は消え始め、ヨコハマ市民は避難を始めた。
ミルキィホームズもネロが荷物をまとめて逃げようとしたが、七転八倒の精神でモリアーティに立ち向かう決意を固める。

あたし、この世界が大好きです。ネロも、コーデリアさんも、エリーさんも、かまぼこも、小衣ちゃんも、平乃さんも、次子さんも、咲さんも、アンリエットさんも！
だからこの世界を守りたいんです！
変えられたくないんです！おじいちゃんの守った世界を、あたしも守ってみせます！！

アンリエット生徒会長を前に決意を顕にしたシャロ以下ミルキィホームズはアンリエットから託されたブローチを胸にモリアーティを倒すべく蜂起した！！

超ヨコハマPLAZAへ辿り着いたミルキィホームズはモリアーティの野望を阻止すべく配下の怪盗と対峙。目的が同じG4、アルセーヌ、フェザーズの協力の下配下を次々無力化し、ついに時空の滝内部でモリアーティとの直接対決！
時間を巻き戻すトイズを持つモリアーティ教授が一旦は勝利したかに思われたが、勝ったと思っていたのはアルセーヌの幻惑のトイズによるもの。
追い詰められたモリアーティ教授は最後の足掻きを見せるもトイズの復活したミルキィホームズを打ち破ることは出来ず敗北。ヨコハマの街に再び平和が戻ってきた。