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aspirin-marcov @ ウィキ内検索 / 「アーミテージ検定」で検索した結果

• アーミテージ検定
  原論文 Cochran WG. Biometrics 1954;10 417, Armitage P. Biometrics 1955;11 375. 下記テーブル NN NM MM Total Case r0 r1 r2 r Control s0 s1 s2 s Total n0 n1 n2 n において ここでであり、。xは、優性、加算的、劣性のそれぞれのモデルで、である。H0において、は自由度1の漸近的カイ二乗分布に従う。
• 遺伝統計学
  項目 アーミテージ検定 ベイズ因子による検定 確率統計 確率分布 Coalescent_theory 多重検定 FPRP 中立進化説 その他 Rybicki and Elston. AJHG 2000;66 593. はRisch 1990のレビュー三枚により使われるようになった。このとき、多重ローカスモデルではλは各ローカスのλの積で表される（)ことを示した。 またある状況では罹患同胞対連鎖解析の検出力を予測できることを示したが、これは否定されたよう 欠点 共有する遺伝子と同じくらい共有する環境因子の影響を受ける。 ジェノタイプ相対リスクをとする。ジェノタイプ相対リスクは、そのジェノタイプの人の発症率を、それ以外のジェノタイプの発症率で割ったものである。したがって、g+をsusceptible genotypeありの状態、g-を無しの状態とすると、 ...
• 多重検定
  多重検定について NEJM 2007;357のエディトリアル 偽陽性を抑えるには→Bonferroni補正 しかし補正後の有意水準を高い検出力で得られるサンプル数は膨大になる また、最近発見されたvariantsはまあまあのRR（ヘテロで1.3、ホモで1.6とか）で、真の関連も10-7を越えるp値を出さないものと思われる また、検出力の低い研究での統計学的に有意な関連は偽陽性であることが多い そのような偽陽性はシステマティックバイアス（たとえば集団の構造化など）のせい ゲノムワイド関連研究の結果の必須条件は最初の研究でのp値の高さではなくて、2つ以上の同じくらいの大規模研究での関連の一致性と強さである。
• ベイズ因子による検定
  ベイズ因子とは 古典的な仮説検定の代わりとなるベイジアンな方法 データベクトルxのもとで、二つの仮説M1とM2のいずれかのモデルを選択する際のベイズ因子Kは、 である。ここではモデルiの周辺尤度と呼ばれる。 尤度比検定と似て（最尤法とは異なり）、ベイジアンではこれをパラメータで平均を取る。一般にモデルM1、M2はパラメータベクトルでパラメータ化され、Kは と変形される。 Kの対数は、xを与えたときのM1のM2に対するweight of evidenceと呼ばれることがある。 K 1は、モデルM1がM2よりも強く支持されるということを示唆する。ハロルド・ジェフリーのKの解釈スケールはこうである K dB Strength of evidence 1 1 0 Negative (supports M2) 1 1...
• FPRP
  FPRP=False Positive Report Probability. 出典 Wacholder et al. JNCI 2004;96 434. オッズ比またはrelative risk (RR)について、帰無仮説H0において、対立仮説HAにおいてとする。 事前確率とする。 検定統計量TはH0が棄却されるときとすると は真を棄却するは偽 検出力はで、 は偽を棄却するは真 を厳しくし、が大きくなると、検出力は低下する。 FPRPを次のように定義する。 は真関連は統計学的に有意だと思うは真 αは帰無仮説が真であるときに統計学的に有意な結果を得る確率である FPRPは検定が統計学的に有意であったときに、帰無仮説が真である確率である 結合確率の表が以下のようになる 検定の有意性 対立仮説の真実性 有意 有意ではない　 ...
• 遺伝的関連研究における効率と検出力
  導入 研究者の決定すべきこと tagSNPsを選択し、優先順位をつける どの関連検定を行うか決める 予想される結果の統計学的有意さを評価する genotypingすることにより関連研究の検出力がどれくらいになるかの定量的な関連に関しては発表されていない。 multimarker haplotypeの使用により効率の改善が見られているが、欠点もある。 ハプロタイプ解析が自由度や検定の回数を増やすのであれば、検出力はむしろ減少してしまう。 異なったtag付けと検定アプローチの効率と検出力のトレードオフを検討した。 疾患関連研究における予測される検出力はthe most relevant measure of merit（たとえば、tag SNPsとタイプされていないバリアントとの相関係数の分布の比較）なので、関連研究を明示的にモデル化した。 tagSNPsの密度と検定の...
• カプラン・マイヤー曲線
  生存率の計算法。 t 治療開始から死亡までの時間（生存期間） n その期間当初の生存数 r その期間の死亡数 n-r その期間終了時点での生存数 r/n その期間での死亡割合 その期間での生存割合 その期間での累積生存割合 したがって次のように書かれる 検定はログランク検定あるいは一般化ウイルコクソン検定で行い、ハザード比をCox比例ハザードモデルで出す。 Rで データ構造は time status x 生存時間、またはセンサーまでの時間 フラグ(0;打ち切り、1;イベント) 群名 で、 library(survial) myData$time2 - Surv(myData$time, myData$status) result - survfit(time2~x, dat...
• 遺伝学のベイズ的進化
  確率モデルを使用する意味 個体、集団、種の遺伝的属性（個体のジェノタイプ、集団の遺伝子頻度、DNA配列多型）は確率的に遺伝することにより生じるものだから、これらは確率モデルなしで研究することはできない。 たとえば遺伝子発現のパスウェイの研究などでは、現状では確率的解析は必要がない場合もある。しかしであっても他の観察的科学の領域と同様、確率的解析が必要となってきている。 ちょっとベイズの勉強・・・byベイズ統計学入門 統計学の分類 データ解析 記述統計学（ゴールトン、ピアソン） テューキーの探索的データ解析 推測統計学 区間推定 ベイズ推測 統計的決定理論 フィッシャーの最尤法 ネイマン・ピアソンの統計的仮説検定 サベジによるベイズ的意思決定理論 ベイズ推測の原理 観察データとモデルのパラメータがともに確率変数である 自分的解釈：確率変数とは...
• 遺伝用語
  囲みは、山田先生ページから拝借 カイ二乗 独立性の検定の統計量は、 2×2偶現表に限って変形すると、 coalescent あるDNA断片とあるDNA断片との関係がcoalescentというのは、2本のDNA断片を過去に遡ると、同一のDNAに癒合するという意味 Wright-Fisherモデル 繁殖モデルの１つ 有限個体数集団 Diploid集団を扱う 世代のオーバーラップなし 集団個体数は一定(N) Random matingとHardy-Weinberg平衡 次世代diploid個体の作成 親世代染色体数 2N のプールから２染色体をランダムサンプリングして１個体としそれをＮ回繰り返す(サンプリングされた染色体はプールに戻す) finite population size discrete generations multinom...
• 多点遺伝的関連研究に対する主成分回帰アプローチ
  背景 関連解析は家族ベースの連鎖解析より検出力が高い(Risch and Merikangas 1996) 密なSNP情報が利用可能であるため、連鎖不平衡構造に注目が集まっている。 Clark 2004によるハプロタイプ解析のメリット 特定のアミノ酸の組み合わせが、タンパク質折りたたみに影響している可能性がある ハプロタイプは、祖先から受け継がれる染色体上の断片そのものである ハプロタイプ解析は、単点解析よりも検出力が高い（いくつかのSNPを統合し、自由度を減らすため） しかしハプロタイプ解析には問題がある マーカー数が増えると指数関数的に次元が増大し、多点検定の問題が悪化する また、まれなハプロタイプをどう扱うかという問題もある もうひとつの方法は遺伝子型ベースの単点解析である ハプロタイプベースの方法より結果が理解しやすく、多く行われてきた 場合によっては単...
• プラグイン/アーカイブ
  アーカイブ @wikiのwikiモードでは #archive_log() と入力することで、特定のウェブページを保存しておくことができます。 詳しくはこちらをご覧ください。 ＝＞http //atwiki.jp/guide/25_171_ja.html たとえば、#archive_log()と入力すると以下のように表示されます。 保存したいURLとサイト名を入力して"アーカイブログ"をクリックしてみよう サイト名 URL
• ヒトゲノム配列の文脈における高解像度連鎖不平衡マッピング
  導入 Boehnke 1994によると、家族ベースのmutation mappingではどうがんばっても~1cMを越える解像度は得られないそうだ。 連鎖不平衡マッピングのアドバンテージ unrelated individualsから得られる染色体サンプルの背景となるgenealogyはきわめて大きくて、何百回の有糸分裂イベントを反映しているということである。 mutationは、特定のハプロタイプに発生し、当初疾患とハプロタイプはその集団で関連している。 時を経て関連は組換えにより、disease mutationからマーカーまでの距離によって決定されるrateに従いdecayする。 言い切っちゃってるが・・ LDマッピングは、候補領域を 0.1cMに絞り込むことができる。 完全で、99.9%正確なヒトゲノム配列がもうすぐ手に入る。 もはやポジショナルクローニングを行...
• eigenstrat
  eigenstratは、principal components analysis（主成分解析）の手法をもちいて集団の構造化を解析し、関連検定の結果を補正するソフトウェア。 convertfプログラムでファイル形式をEIGENSTRAT形式とし、smartpca.perlプログラムで構造化の解析を図示するところまで解説する。 ファイル構成 おおまかにはbinとEIGENSTRATとCONVERTFのディレクトリが重要。作業はCONVERTFまたはEIGENSTRATのディレクトリ内で行う。まずはCONVERTFディレクトリに移動しておく。 cd CONVERTF convertf 入力ファイル形式は5つが許されている。linkage関連のソフトの標準的な入力フォーマットであり、Haploviewの入力にも使用可能なPED形式がやりやすいと思われる。convertfプログラムを...
• トップページ
  @wikiへようこそ ウィキはみんなで気軽にホームページ編集できるツールです。 このページは自由に編集することができます。 メールで送られてきたパスワードを用いてログインすることで、各種変更（サイト名、トップページ、メンバー管理、サイドページ、デザイン、ページ管理、等）することができます まずはこちらをご覧ください。 @wikiの基本操作 用途別のオススメ機能紹介 @wikiの設定/管理 おすすめ機能 気になるニュースをチェック 関連するブログ一覧を表示 その他にもいろいろな機能満載！！ @wikiプラグイン @wiki便利ツール @wiki構文 バグ・不具合を見つけたら？ お手数ですが、こちらからご連絡宜しくお願いいたします。 ⇒http //atwiki.jp/guide/contact.html 分からないことは？ @wiki ご利用ガイド よくある質問 @wi...
• R覚え書き
  データテーブルの取扱 マージ z -(x,y,by= ID ) で、xとyをカラム ID のデータに従ってマージ。この場合IDがあっていないデータは捨てられる。捨てないためには z -(x,y,by= ID ,all=T) 違う名前のカラムのデータであわせたいときは z -(x,y,by.x= ID ,by.y= num ) 文字列処理関数 置換 sub(pattern, replacement, x, ignore.case = FALSE, extended = TRUE, perl = FALSE) gsub(pattern, replacement, x, ignore.case = FALSE, extended = TRUE, perl = FALSE) 文字列ベクトルxにおいてpatternとマッチするものをreplacementにおきかえる。s...
• プラグイン/ニュース
  ニュース @wikiのwikiモードでは #news(興味のある単語) と入力することで、あるキーワードに関連するニュース一覧を表示することができます 詳しくはこちらをご覧ください。 ＝＞http //atwiki.jp/guide/17_174_ja.html たとえば、#news(wiki)と入力すると以下のように表示されます。 【グランサガ】リセマラ当たりランキング - グランサガ攻略wiki - Gamerch(ゲーマチ) マニュアル作成に便利な「画像編集」機能を提供開始！ - ナレッジ共有・社内wikiツール「NotePM」 (2021年12月6日) - エキサイトニュース マニュアル作成に便利な「画像編集」機能を提供開始！ - ナレッジ共有・社内wikiツール「NotePM」 - PR TIMES 「Wiki」創設者のPC 競売に - ...
• プラグイン
  @wikiにはいくつかの便利なプラグインがあります。 アーカイブ コメント ニュース 動画(Youtube) 編集履歴 関連ブログ これ以外のプラグインについては@wikiガイドをご覧ください = http //atwiki.jp/guide/
• screen
  エスケープをZにする。~/.screenrcに以下記載 escape ^z^z セッション操作 ^z+cで新しいセッションを作成。セッション間は^z+spaceか、^z+n, ^z+pで移動 リージョン操作 ^z+Sでリージョンを分割。分割したリージョン間の移動は^z+tab。 empty regionでは、再び^z+cでセッションを作成する、などする。 ^z+Qで現在のリージョン以外を閉じる、^z+Xで現在のリージョンを閉じる
• プラグイン/編集履歴
  更新履歴 @wikiのwikiモードでは #recent(数字) と入力することで、wikiのページ更新履歴を表示することができます。 詳しくはこちらをご覧ください。 ＝＞http //atwiki.jp/guide/17_117_ja.html たとえば、#recent(20)と入力すると以下のように表示されます。 取得中です。
• TOBIRA
  メディカル備忘録 現在鋭意研究中のMDが、臨床を忘れないための備忘録ページ。 診断学 Diagnostics 領域別 消化器 血液 Hematology 腎臓 Nephrology 感染症 Infectious disorders 膠原病 Rheumatology 代謝・内分泌 Endocrinology/ Metabolism 循環器 Cardiology 呼吸器 Pulmonology 神経 Neurology 癌 Oncology 精神科 Mnemonics 疫学 To_Do その他 PC関連 英語 フィンランド語 スウェーデン語 フランス語 論文抄読 論文英語 統計学 遺伝統計学 数学メモ バイオインフォマティクス 遺伝統計ソフトウェア
• 共線性
  collinearity、またはmulticollinearity。 青木先生サイトより 通称「マルチコ」。独立変数間に非常に強い相関があったり，一次従属な変数関係がある場合には，解析が不可能（「逆行列が求まりません」というエラーメッセージが出力される）であったり，たとえ結果が求まったとしてもその信頼性は低い。このような場合に多重共線性があると言われる。 そのた つぎのとき、多重共線性をうたがう。 推定値の符号が理論と合わない． 決定係数は大きいのに，個別のｔ値は低い． 観測値を増加させるたびに，推定値が大きく変動する． 説明変数を増減すると，推定値が大きく変動する．
• BLAST
  BLAST導入奮戦期 複数の配列にバッチ処理してBLASTやらせたい～。ついでに結果を比較したい。 初日 スタンドアロンBLASTの導入を計画しNCBI-BLASTはインストールしたが、どうやら相当遅いらしいという情報があったので挫折。 bioperlからやれるという情報あり。 ppm install BioPerl Note Package bioperl is already installed. ・・・あれっもうインストールされているらしい。そういえば昔やってみたような気が・・・ ncbiからサンプルのperlコードをダウンロード、コマンドプロンプト上でBLASTに成功！しかしかなり汎用性が低く作られたコードで、バッチ処理に持っていけない・・・ そこから実際に取り出すところまでなぜか行けず、挫折。 どうもWU-BLASTというワシントン大学のB...
• genealogy
  語源は、ギリシャ語のgenea= family と、logos= knowledge 日本語では家系学？？よく系図と訳されているようだがなんかヘンだ。 そもそも古きよきgenealogyは言い伝えなどによる家系を研究していたのだそうだ ここで言うのはgenetic genealogy そもそもチャールズ・ダーウィンの子ジョージが姓の情報を元にfirst-cousin marriageの頻度を推定したのが最初。 その次の進歩は1990年代、Y染色体を使ったもの。Karl Skoreckiは、一人の聖者Aaronの末裔だとされるKohenについて、本当に全員が一人の人の血をひいているのであればY染色体になんらかの共通性があるものと考えた。実際にKohenに特有で、他のユダヤ人集団にはあまり見られない遺伝的マーカーが発見された。
• 空間クラスタリング手法による多重突然変異のある疾患遺伝子のファインマッピング
  方法 I人の個体より構成されるディプロイドデータにおいて表現型で、ハプロタイプである。で、はunique haplotypeの総数。 連続的表現型について、次のモデルを使用する。 バイナリの表現型について、次のモデルを使用する。 ここでで、Cはクラスターの総数。(1-1)式はadditive modelである。dominant modelとしたいときには、 とすればよいだろう。 クラスターcのリスクとモデル化する。プライアーをあてはめてよいが、今回著者らは全ての場合でとしている。これはつまりプロビットの式が となるが、ケースコントロールスタディではこれが適切なモデルであると思われる。 これの証明 正規分布の累積分布関数をとする。(1-1)式は 両辺にFをかけて 累積分布関数の定義より、より さらには、次のように書ける。...
• 太平洋戦争とは何だったのか
  『太平洋戦争とは何だったのか(The issue of war)』クリストファー・ソーン 年表 前書き 極東戦争という呼称の理由 太平洋戦争、では地理的・地政学的側面の性格付けがなされない 極東、であれば東アジア、東南アジア、西太平洋、オーストラリアを含むことができる（ほんとかね？） 第1章　最初の反応 特になし。開戦当時の世界の反応を述べている。 第2章　国際的状況 イギリスと日本の戦い 極東戦争の起点 いくつか説がある。1931年の満州事変、1937年の中国に対する日本の攻撃、1928年の張作霖爆殺事件 著者は明確な起点をあえて挙げず、衝突が不可避となったのは真珠湾攻撃までの2年間であったとだけ指摘 この間にナチスドイツがヨーロッパで軍事的勝利を挙げ、(このようなドイツの1870年代からの動きにより）ヨーロッパ体勢の均衡が完全に破壊された フランスが敗れ、極...
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