aspirin-marcov @ ウィキ

aspirin-marcov @ ウィキ内検索 / 「FPRP」で検索した結果

• FPRP
  FPRP=False Positive Report Probability. 出典 Wacholder et al. JNCI 2004;96 434. オッズ比またはrelative risk (RR)について、帰無仮説H0において、対立仮説HAにおいてとする。 事前確率とする。 検定統計量TはH0が棄却されるときとすると は真を棄却するは偽 検出力はで、 は偽を棄却するは真 を厳しくし、が大きくなると、検出力は低下する。 FPRPを次のように定義する。 は真関連は統計学的に有意だと思うは真 αは帰無仮説が真であるときに統計学的に有意な結果を得る確率である FPRPは検定が統計学的に有意であったときに、帰無仮説が真である確率である 結合確率の表が以下のようになる 検定の有意性 対立仮説の真実性 有意 有意ではない　 ...
• 遺伝統計学
  ...ry 多重検定 FPRP 中立進化説 その他 Rybicki and Elston. AJHG 2000;66 593. はRisch 1990のレビュー三枚により使われるようになった。このとき、多重ローカスモデルではλは各ローカスのλの積で表される（)ことを示した。 またある状況では罹患同胞対連鎖解析の検出力を予測できることを示したが、これは否定されたよう 欠点 共有する遺伝子と同じくらい共有する環境因子の影響を受ける。 ジェノタイプ相対リスクをとする。ジェノタイプ相対リスクは、そのジェノタイプの人の発症率を、それ以外のジェノタイプの発症率で割ったものである。したがって、g+をsusceptible genotypeありの状態、g-を無しの状態とすると、 と書ける。一方はaffected relativeをARと書くことにより、 と書ける。こ...
• 安倍ちゃん困っちゃった
  安倍ちゃん困っちゃった Elections in Japan 日本の選挙 Vaalit Japanissa かな？ Abe agonises Jul 27th 2007 | TOKYO From Economist.com Japan s ruling party is set for a drubbing AFP THE elections on Sunday July 29th for half of the seats in the upper house of the Diet (parliament) in theory have only an indirect impact on who governs Japan. In practice they are crucial test, and not just for the ruling coalition...
• プラグイン/ニュース
  ニュース @wikiのwikiモードでは #news(興味のある単語) と入力することで、あるキーワードに関連するニュース一覧を表示することができます 詳しくはこちらをご覧ください。 ＝＞http //atwiki.jp/guide/17_174_ja.html たとえば、#news(wiki)と入力すると以下のように表示されます。 【グランサガ】リセマラ当たりランキング - グランサガ攻略wiki - Gamerch(ゲーマチ) マニュアル作成に便利な「画像編集」機能を提供開始！ - ナレッジ共有・社内wikiツール「NotePM」 (2021年12月6日) - エキサイトニュース マニュアル作成に便利な「画像編集」機能を提供開始！ - ナレッジ共有・社内wikiツール「NotePM」 - PR TIMES 「Wiki」創設者のPC 競売に - ...
• ヒトMHC領域の高解像度連鎖不平衡マップと、第一世代のtagSNPs
  Introduction LDの強い領域ではハプロタイプの多様性が低いことが知られている haplotype tagSNPsによる効率的なtaggingが期待できる tagSNPsの使用は、完全に相関したマーカーでない限り、検出力の低下を伴う linkage scan、association mappingでは次の疾患においてMHC領域に強いシグナルを発している 自己免疫疾患：T1DM、MS、SLE 感染症：マラリア、AIDS MHCについてのSNPを用いたLDパターン構造の報告が出てきている recombination hotspotが、HLA-DNA、BRD2 (RING3)、HLA-DQB1、TAP2遺伝子内に報告された。 200kbセグメントごとにhot spotがあるとする報告もある ...
• 遺伝学のベイズ的進化
  確率モデルを使用する意味 個体、集団、種の遺伝的属性（個体のジェノタイプ、集団の遺伝子頻度、DNA配列多型）は確率的に遺伝することにより生じるものだから、これらは確率モデルなしで研究することはできない。 たとえば遺伝子発現のパスウェイの研究などでは、現状では確率的解析は必要がない場合もある。しかしであっても他の観察的科学の領域と同様、確率的解析が必要となってきている。 ちょっとベイズの勉強・・・byベイズ統計学入門 統計学の分類 データ解析 記述統計学（ゴールトン、ピアソン） テューキーの探索的データ解析 推測統計学 区間推定 ベイズ推測 統計的決定理論 フィッシャーの最尤法 ネイマン・ピアソンの統計的仮説検定 サベジによるベイズ的意思決定理論 ベイズ推測の原理 観察データとモデルのパラメータがともに確率変数である 自分的解釈：確率変数とは...
• 神経
  アルツハイマー病 ADAPT試験によると、NSAIDsはアルツハイマー病の進行を予防しない。(ADAPT Research Group. Neurology 2007 May 22; 68 1800-8.) デザイン 患者 認知症または認知障害の所見はないが、1人以上の一親等の血縁者がアルツハイマー様の認知症である、70歳以上の人。中止時点(celecoxibの心血管リスクの確認)で2528人の参加者 介入 celecoxib群（200mgを1日2回投与）、naproxen群（220mgを1日2回投与）、またはプラセボ群にランダム化 結果 標準化された認識に関する検査と、その検査結果が異常であった対象者の精査によると、celecoxibと naproxenはいずれもADまたは軽度認知障害を予防しなかった。実際には、年間のADリスクは、celecoxib...
• 消化器
  胃 消化管出血 PPIとCOX-2 inhibitorの併用は、GI bleedingの予防に有用 (Chan FKL et al. Lancet 2007 May 12; 369 1621-6.) デザイン double blind, randomized 患者 関節炎と内視鏡的に証明されたNSAID関連の上部消化管潰瘍出血を有する患者273人、HP(-) 介入 celecoxib（200mg、1日2回）との併用でesomeprazole（20mg）またはプラセボ（1日2回）を投与する群にランダムに割り付けられ、12ヵ月間投与を受けた。 結果 中央値で13ヵ月間のフォローアップ中、celecoxib単独群の12人（8.9％）に潰瘍出血の再発がみられたが、esomeprazole併用群にはみられなかった。有害事象は両群で同等 膵臓 急性膵炎 急性膵...
• 公式
  ラプラス近似 Laplace approximationとは、
• AWK覚え書き
  例 一列目がAAである行を取り出したいとき gawk /AA/ {print $0;} test.txt
• 糖尿病
  リスク Finnish Study. Diabetes Care 2005; 28 2901. 冠動脈死/1000人年 MI既往なし MI既往あり non-DM (n=1373) 3.2 26.0 DM (n=1059) 26.8 71.4 フラミンガムリスクスコア 使えるのかどうかわからないけど。ArIM 2007;167 1068-74. 8年後のDMリスクは、以下のスコア≤10ポイントで≤3%、≥25ポイントで≥35%。 空腹時血糖値が100-126 mg/dL 10pt BMIが25.0-29.9 2pt BMIが30以上 5pt HDL-Cが男性は40mg/dL未満、女性は50mg/dL未満 5pt 片親または両親が糖尿病 3pt トリグリセリドレベルが150 ...
• 中立進化説
  分子進化の中立進化説 1960年代後半-1970年代前半に木村資生らが発表した一連の論文 当時はほとんどの多型はbalancing selectionによるものととらえられていたが、それではgenetic load (集団の最大適合度の比率で、deleterious genotypesを選択しないことで失われる）が大きくなりすぎるので、ほとんどの遺伝子はmonomorphicであると考えられた。 しかし、タンパクの配列解析と電気泳動により種内、種間で著明なアミノ酸配列多型が存在することがわかった。 木村らは、ほとんどの多型は中立的な選択により固定されたという仮説のほうがタンパク質多型のパターンの観察と一致すると唱えた。これを分子進化の中立仮説、もしくは中立理論と呼ぶ。 中立仮説の発展は二つの基本的な観察にもとづいている。 ひとつめは、種間のアミノ酸配列の違いのレートはregul...
• 空間クラスタリング手法による多重突然変異のある疾患遺伝子のファインマッピング
  方法 I人の個体より構成されるディプロイドデータにおいて表現型で、ハプロタイプである。で、はunique haplotypeの総数。 連続的表現型について、次のモデルを使用する。 バイナリの表現型について、次のモデルを使用する。 ここでで、Cはクラスターの総数。(1-1)式はadditive modelである。dominant modelとしたいときには、 とすればよいだろう。 クラスターcのリスクとモデル化する。プライアーをあてはめてよいが、今回著者らは全ての場合でとしている。これはつまりプロビットの式が となるが、ケースコントロールスタディではこれが適切なモデルであると思われる。 これの証明 正規分布の累積分布関数をとする。(1-1)式は 両辺にFをかけて 累積分布関数の定義より、より さらには、次のように書ける。...
• 膠原病
  SLE 菊池病 アミロイドーシス eprodisateは、AAアミロイドーシスの腎障害悪化をプラセボに対してHR 0.58 (27 vs 40%), p=0.06の予防効果を示した。ESRDへの進行、死亡については有意差なし(NEJM 2007; 356 2349)。 AAアミロイドーシスの生存期間中央値 133ヶ月、死亡リスクは血中SAA濃度と関連する(NEJM 2007; 356 2361)。
• ゲノムワイド関連研究の構造化についての主成分分析による補正
  主成分分析Principal components analysisについて 総合指標と、それを構成する, を考える。 ここで, は未知の重み係数であり、これを求めるのが主成分分析。これらを次の条件を満たすように求める。 zの分散が最大となるように 分散最大=分散が大きいほど個体を識別しやすく情報量が大きいと考える。 となるように それで の分散は ここで、はの分散、はの分散、はとの共分散である。 そんでそんで ラグランジュの未定乗数法で、前述の条件を満たすとを求めるみたいなんだけど、よくわかんないので今日はココマデで。
• 精神科
  SSRI 副作用 頭痛、耳鳴、不眠、神経過敏（基本的に活動は活発になる→午前投与） 勃起障害、逆行性射精、オルガズム障害 薬物離脱症候群（不快、興奮、インフルエンザ様状態）・・数週間〜数ヶ月かけて中止 妊娠：胎児奇形のリスクなし（フルオキセチン、フルボキサミン、パロキセチン、セルトラリン、ベンラファキシン） ジェイゾロフト（セルトラリンsertraline） ケアネット：薬物相互作用が少ないとのこと CDMTによると、相互作用がおおいSSRIはフルオキセチン(Prozac)・・・CYP2D6阻害。セルトラリン、パロキセチン（パキシル）、フルボキサミン（ルボックス）は多くない。 UpToDateによると、消化管症状はSSRIの中では最も多く、中断の大きな理由。また、セルトラリンはSSRIの中で最もドーパミン再取り込みのブロック作用が強いが、この作用はセロトニン再取り込み阻害に...
• 遺伝的関連研究における効率と検出力
  導入 研究者の決定すべきこと tagSNPsを選択し、優先順位をつける どの関連検定を行うか決める 予想される結果の統計学的有意さを評価する genotypingすることにより関連研究の検出力がどれくらいになるかの定量的な関連に関しては発表されていない。 multimarker haplotypeの使用により効率の改善が見られているが、欠点もある。 ハプロタイプ解析が自由度や検定の回数を増やすのであれば、検出力はむしろ減少してしまう。 異なったtag付けと検定アプローチの効率と検出力のトレードオフを検討した。 疾患関連研究における予測される検出力はthe most relevant measure of merit（たとえば、tag SNPsとタイプされていないバリアントとの相関係数の分布の比較）なので、関連研究を明示的にモデル化した。 tagSNPsの密度と検定の...
• ポルヴォー
  Porvoo (ruots. Borgå) on Suomen kaupunki, joka sijaitsee maan etelärannikolla Itä-Uudenmaan maakunnassa, Etelä-Suomen läänissä. joka which sijaitse-e sijait|a  位置する maan maa  country etelärannikolla etelärannikko  etelä=south, rannikko=coast maakunnassa maakunta  province etelä  south läänissä lääni  country, province Kaupungin asukasluku o...
• Altshuler_and_Daly_2007
  Altshuler and Daly. Guilt beyond a reasonable doubt. Nat Genet 2007;39 813. 最近の成功した研究には共通した五つの特徴がある。 high-density SNP genotyping arrayを使用しており、解析方法は集団遺伝学、遺伝統計学と疫学を統合したものである 研究者は用心深くたくさんのサンプルを集め、詳細な表現型情報とサンプル情報を得ている デザインと解析におけるバイアスを最小限にするよう注意を払っている（集団の構造化、タイピングエラー、DNAクオリティの多様性、laboratory processingに対して。） ゲノムワイド探索に適切な統計学的閾値を用いている。 最後に、彼らはputative positivesに対して独立したサンプルでvalidationしている（別のタイピング技術を...
• WGA Viewer
  データベースに接続できない ダウンロードして実行してみると、いきなりデータベースに接続できないと言われる。 その場合、ConfigurationタブからConfigure Internet connectionを選び、Using Duke University Proxy Server for MySQL Connectionとする データ読み込み 今回はplinkとかでなく、自作の結果ファイルを読み込ませる。 File-Open external data file-make input file for WGAViewer SNP名とp値がインプットされているカラム名を入力 mapファイルを入力。今回はplinkファイルもあるのでそれのmapファイルを使用する。 データ入力がおわるといきなりManha...
• 放射線読影mnemonics
  上肺野優位の浸潤影、間質影 (1)　BREASTS B - Beryllium R - Radiation E - Extrinsic allergic alveolitis A - Ankylosing spondylitis / Aspergillus S - Sarcoidosis T - TB S - Siliconiosis 上肺野 (2) CASSET P C - Cystic fibrosis A - Ankylosing spondylitis S - Sillicosis S - Sarcoid E - Eosinophilic granuloma T - TB P - PCP 上肺野 (3) ST-CASH S - Sarcoid T - TB C - Cystic fibrosis A - Ankylosing s...
• eigenstrat
  eigenstratは、principal components analysis（主成分解析）の手法をもちいて集団の構造化を解析し、関連検定の結果を補正するソフトウェア。 convertfプログラムでファイル形式をEIGENSTRAT形式とし、smartpca.perlプログラムで構造化の解析を図示するところまで解説する。 ファイル構成 おおまかにはbinとEIGENSTRATとCONVERTFのディレクトリが重要。作業はCONVERTFまたはEIGENSTRATのディレクトリ内で行う。まずはCONVERTFディレクトリに移動しておく。 cd CONVERTF convertf 入力ファイル形式は5つが許されている。linkage関連のソフトの標準的な入力フォーマットであり、Haploviewの入力にも使用可能なPED形式がやりやすいと思われる。convertfプログラムを...
• BLAST
  BLAST導入奮戦期 複数の配列にバッチ処理してBLASTやらせたい～。ついでに結果を比較したい。 初日 スタンドアロンBLASTの導入を計画しNCBI-BLASTはインストールしたが、どうやら相当遅いらしいという情報があったので挫折。 bioperlからやれるという情報あり。 ppm install BioPerl Note Package bioperl is already installed. ・・・あれっもうインストールされているらしい。そういえば昔やってみたような気が・・・ ncbiからサンプルのperlコードをダウンロード、コマンドプロンプト上でBLASTに成功！しかしかなり汎用性が低く作られたコードで、バッチ処理に持っていけない・・・ そこから実際に取り出すところまでなぜか行けず、挫折。 どうもWU-BLASTというワシントン大学のB...
• 多点遺伝的関連研究に対する主成分回帰アプローチ
  背景 関連解析は家族ベースの連鎖解析より検出力が高い(Risch and Merikangas 1996) 密なSNP情報が利用可能であるため、連鎖不平衡構造に注目が集まっている。 Clark 2004によるハプロタイプ解析のメリット 特定のアミノ酸の組み合わせが、タンパク質折りたたみに影響している可能性がある ハプロタイプは、祖先から受け継がれる染色体上の断片そのものである ハプロタイプ解析は、単点解析よりも検出力が高い（いくつかのSNPを統合し、自由度を減らすため） しかしハプロタイプ解析には問題がある マーカー数が増えると指数関数的に次元が増大し、多点検定の問題が悪化する また、まれなハプロタイプをどう扱うかという問題もある もうひとつの方法は遺伝子型ベースの単点解析である ハプロタイプベースの方法より結果が理解しやすく、多く行われてきた 場合によっては単...
• 食事とヒトアミラーゼ遺伝子コピー数多型の進化
  背景 ヒト亜科の進化は重大な食事のシフトにより特徴付けられる スターチは特に重要である AMY1遺伝子は著明なコピー数多型を示す 結果 唾液中アミラーゼレベルとAMY1 CNV 50人のヨーロッパ系アメリカ人のAMY1遺伝子コピー数をqPCR法で調べ、顕著な多様性を認めた。 同じ患者群の唾液中アミラーゼレベルを調べるためprotein blotをおこなったところ、コピー数と唾液中アミラーゼレベルはp 0.001の相関を認めた。 集団間でのAMY1 CNV ヒト集団を高でんぷん食集団と低でんぷん食集団にわけた。低でんぷん食集団の主な栄養源は肉や血液からのタンパク質や、果物、蜂蜜、牛乳からの糖分である。 3つの高でんぷん食集団、4つの低でんぷん食集団について調べた。 高でんぷん食集団とは、ヨーロッパ系アメリカ人(n=50)、日本人(n=45)と、狩猟採集民のHadzaハヅァ人...
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