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aspirin-marcov @ ウィキ内検索 / 「WinBUGS」で検索した結果

• WinBUGS
  WinBUGSのマニュアルを駆け足で（？）読む
• WinBUGSのマニュアルを駆け足で（？）読む
  ...) WinBUGSはそれぞれのnodeでsimulateする(*1)ので、related parameterをもつモデル、例えばHMMなどではconvergenceがとても遅くなるそうだ・・・って、言われてもわからん classical BUGSについて必ずしも知っている必要はないけど、知っていてもいいかも http //www.mrc-bsu.cam.ac.uk/bugs MCMC methods Bayesian MCMCについては、知っておかねばならない Gilks et al (1996) サンプリング法の紹介 まだわかるレベルではないや。 WinBUGSの文法は、classic BUGSとどう違うか 略 Compound documents co...
• PC関連
  ...pukiwiki WinBUGS
• 問診mnemonics
  鑑別診断 VINDICATE V Vascular I Infection N Neoplasm D Drugs I Inflammatory/Idiopathic C Congenital A Autoimmune T Trauma E Endocrine/Metabolic アルコール依存症スクリーニング　CAGE C Have you ever felt it necessary to CUT DOWN on your drinking? A Has anyone ever told you they were ANNOYED by your drinking? G Have you ever felt GUILTY about your drinking? E H...
• 安倍ちゃん困っちゃった
  安倍ちゃん困っちゃった Elections in Japan 日本の選挙 Vaalit Japanissa かな？ Abe agonises Jul 27th 2007 | TOKYO From Economist.com Japan s ruling party is set for a drubbing AFP THE elections on Sunday July 29th for half of the seats in the upper house of the Diet (parliament) in theory have only an indirect impact on who governs Japan. In practice they are crucial test, and not just for the ruling coalition...
• 放射線読影mnemonics
  上肺野優位の浸潤影、間質影 (1)　BREASTS B - Beryllium R - Radiation E - Extrinsic allergic alveolitis A - Ankylosing spondylitis / Aspergillus S - Sarcoidosis T - TB S - Siliconiosis 上肺野 (2) CASSET P C - Cystic fibrosis A - Ankylosing spondylitis S - Sillicosis S - Sarcoid E - Eosinophilic granuloma T - TB P - PCP 上肺野 (3) ST-CASH S - Sarcoid T - TB C - Cystic fibrosis A - Ankylosing s...
• 集団の有効な大きさ
  集団の有効な大きさ=effective population size, Ne Sewall Wrightが1931年、1938年の論文で提唱 the number of breeding individuals in an idealized population that would show the same amount of dispersion of allele frequencies under random genetic drift or the same amount of inbreeding as the population under consideration 実際の集団と同程度のランダムな浮動の効果をもつ理想的集団のサイズ 通常、実際の集団より小さい
• 遺伝用語
  囲みは、山田先生ページから拝借 カイ二乗 独立性の検定の統計量は、 2×2偶現表に限って変形すると、 coalescent あるDNA断片とあるDNA断片との関係がcoalescentというのは、2本のDNA断片を過去に遡ると、同一のDNAに癒合するという意味 Wright-Fisherモデル 繁殖モデルの１つ 有限個体数集団 Diploid集団を扱う 世代のオーバーラップなし 集団個体数は一定(N) Random matingとHardy-Weinberg平衡 次世代diploid個体の作成 親世代染色体数 2N のプールから２染色体をランダムサンプリングして１個体としそれをＮ回繰り返す(サンプリングされた染色体はプールに戻す) finite population size discrete generations multinom...
• Haploview
  コマンドライン操作 java -jar haploview.jar に、以下のオプション -hapmap **.hmp  HapMapフォーマットのファイルを入力 -n, -nogui コマンドラインで操作 -maxDistance  LDを比較する最大距離、デフォルトは500 (kb) -pairwiseTagging or -aggressiveTagging  taggingの方法 -includeTags  force includeのtag マーカー名
• pukiwiki
  texvc インストール texvc.inc.phpをどっかからもってくる。 たいていはtexvcの実行で詰まる。僕はpukiwikiディレクトリ下のtexvc下において、その相対パスをtexvc.inc.phpに書いといた。あとhttpd関連がよくわからないので、texvc.cgiに名前変えてみた。 define("TEXVC_PATH", "texvc/texvc.cgi"); 複数行の入力 pukiwiki.ini.phpのPKWKEXP_DISABLE_MULTILINE_PLUGIN_HACKを0にする必要がある場合もあるらしい。僕の場合は大丈夫だった。そんで、 #texvc(){{ P(S_j|S_{j-1})= \begin{cases} \theta^2_j/H^2 ...
• Helsingin_Tuomiokirkko
  Helsingin tuomiokirkko, alun perin Nikolainkirkko ja myöhemmin Suurkirkko, on Helsingin hiippakunnan tuomiokirkko ja Helsingin Tuomiokirkkoseurakunnan kotikirkko. alun alku begin perin extremely?? myöhemmin later myöhään late - olla myöhässä be late hiipakunnan diocese (=a district under the pastoral care of a bishop in the Christian Church.) ; kunta municipallity tuomiokirk...
• 東京駅周辺
  皇居周辺 楠木正成像 The statue Masashige Kusunoki 楠木正成(永仁2=1294年〜建武3=1336年)は、鎌倉末期〜室町時代の武将。最期まで天皇への忠心を貫き、湊川の戦いで討ち死にする。 Kusunoki, Masashige (1294-1336) was a samurai who lived from the end of Kamakura era to Muromachi era. 1890年、伊予国（愛媛県）別子銅山の開坑２００年を記念し、時の住友家当主、友忠が、楠木正成の銅像を、自らが経営する別子銅山の銅を用いて鋳造し、宮内省（現、宮内庁）に献納することを志した。友忠は銅像の完成を見ることなく、若くして亡くなったが、その遺志を継いで住友吉左衛門が献納。東京美術学校（現、東京藝術大学）木彫科の主任教授であった高村光雲をはじめ、複数の教...
• BLAST
  BLAST導入奮戦期 複数の配列にバッチ処理してBLASTやらせたい～。ついでに結果を比較したい。 初日 スタンドアロンBLASTの導入を計画しNCBI-BLASTはインストールしたが、どうやら相当遅いらしいという情報があったので挫折。 bioperlからやれるという情報あり。 ppm install BioPerl Note Package bioperl is already installed. ・・・あれっもうインストールされているらしい。そういえば昔やってみたような気が・・・ ncbiからサンプルのperlコードをダウンロード、コマンドプロンプト上でBLASTに成功！しかしかなり汎用性が低く作られたコードで、バッチ処理に持っていけない・・・ そこから実際に取り出すところまでなぜか行けず、挫折。 どうもWU-BLASTというワシントン大学のB...
• ポルヴォー
  Porvoo (ruots. Borgå) on Suomen kaupunki, joka sijaitsee maan etelärannikolla Itä-Uudenmaan maakunnassa, Etelä-Suomen läänissä. joka which sijaitse-e sijait|a  位置する maan maa  country etelärannikolla etelärannikko  etelä=south, rannikko=coast maakunnassa maakunta  province etelä  south läänissä lääni  country, province Kaupungin asukasluku o...
• ヒトMHC領域の高解像度連鎖不平衡マップと、第一世代のtagSNPs
  Introduction LDの強い領域ではハプロタイプの多様性が低いことが知られている haplotype tagSNPsによる効率的なtaggingが期待できる tagSNPsの使用は、完全に相関したマーカーでない限り、検出力の低下を伴う linkage scan、association mappingでは次の疾患においてMHC領域に強いシグナルを発している 自己免疫疾患：T1DM、MS、SLE 感染症：マラリア、AIDS MHCについてのSNPを用いたLDパターン構造の報告が出てきている recombination hotspotが、HLA-DNA、BRD2 (RING3)、HLA-DQB1、TAP2遺伝子内に報告された。 200kbセグメントごとにhot spotがあるとする報告もある ...
• 全ゲノム関連研究における複雑な疾患座位のマッピング
  メンバーにKruglyakがはいっている！ 冒頭 population attributable fraction (PAF) 座位が公衆衛生に与える影響 そのリスクファクターを取り去ったときに除去される病気の割合を示す。 cystic fibrosisなどのまれな単一遺伝のメンデル遺伝疾患ではPAFは50%を上回る。 ありふれた疾患におけるまれなアレルでは（リスクが強くても）一般に10%を下回る。 ありふれたそれなりのリスクのアレルのほうがPAFは大きい。これをcommon disease/common variant (CDCV)仮説と呼ぶ。
• 代謝・内分泌
  大血管障害の予防 代謝 糖尿病 高血圧 高脂血症 高尿酸血症 内分泌 甲状腺機能亢進症 副甲状腺機能亢進症 その他 Bisphosphonateのiv投与と関連して顎骨壊死が増加する(100人あたり5.5対0.3イベント、Wilkinson GS et al. J Natl Cancer Inst 2007; 99 1016-24.)
• 空間クラスタリング手法による多重突然変異のある疾患遺伝子のファインマッピング
  方法 I人の個体より構成されるディプロイドデータにおいて表現型で、ハプロタイプである。で、はunique haplotypeの総数。 連続的表現型について、次のモデルを使用する。 バイナリの表現型について、次のモデルを使用する。 ここでで、Cはクラスターの総数。(1-1)式はadditive modelである。dominant modelとしたいときには、 とすればよいだろう。 クラスターcのリスクとモデル化する。プライアーをあてはめてよいが、今回著者らは全ての場合でとしている。これはつまりプロビットの式が となるが、ケースコントロールスタディではこれが適切なモデルであると思われる。 これの証明 正規分布の累積分布関数をとする。(1-1)式は 両辺にFをかけて 累積分布関数の定義より、より さらには、次のように書ける。...
• 連鎖不平衡を用いた関連研究のための最も有益なSNPセットの選択
  導入 全てのSNPをタイピングするのは今のところ大変なので、どのSNPをタイピングするかが問題である。 必要SNP数を軽減するためtagSNPsについて検討されているが、ハプロタイプをどれくらい説明するのか、疾患関連をみつける検出力がどれくらいなのかについて、部分的にしか解かれていない。 tagSNP法において、タイピングされていない真の感受性多型のタイピングされた多型からの検出力は、サンプル数Nの場合、サンプル数Nr2を直接タイピングしたときと同等である。 方法 tagSNP選択→r2高いのbinに巻き取り法 めんどいので略 結果 100の遺伝子周囲からMAF 10%のSNPをアフロアメリカンから3178、ユーロアメリカンから2375選んだ。 ペアワイズSNPの関連解析 r2の分散はきわめて大きいので（なんのこっちゃ）、coalescent simulated dat...
• ベイズ因子による検定
  ベイズ因子とは 古典的な仮説検定の代わりとなるベイジアンな方法 データベクトルxのもとで、二つの仮説M1とM2のいずれかのモデルを選択する際のベイズ因子Kは、 である。ここではモデルiの周辺尤度と呼ばれる。 尤度比検定と似て（最尤法とは異なり）、ベイジアンではこれをパラメータで平均を取る。一般にモデルM1、M2はパラメータベクトルでパラメータ化され、Kは と変形される。 Kの対数は、xを与えたときのM1のM2に対するweight of evidenceと呼ばれることがある。 K 1は、モデルM1がM2よりも強く支持されるということを示唆する。ハロルド・ジェフリーのKの解釈スケールはこうである K dB Strength of evidence 1 1 0 Negative (supports M2) 1 1...
• 癌
  予防 大腸癌 葉酸はポリープ切除後の患者でAdenomatous polyp発生を抑制しなかった（Cole BF et al. JAMA 2007;297 2351-9.） 3年後44％対42％、6年後42％対37％。 乳癌 ビタミンD Women s Health Study、閉経前女性10000、閉経後女性20000 は閉経前女性の浸潤性乳癌の発症リスクを抑制した（カルシウム摂取量の上五分位と下五文意でHR 0.61、ビタミンD摂取量でHR 0.65）が、閉経後女性では抑制しなかった（Lin J et al. ArIM 2007; 167 1050-9.) 治療 ビスフォスフォネート ゾメタはアレディアに勝る（骨イベント発生は同等、2年後の時点での骨イベントはゾメタが少ない。OR 0.8, Rosen et al. Cancer J 2001&nb...
• 遺伝的関連研究における効率と検出力
  導入 研究者の決定すべきこと tagSNPsを選択し、優先順位をつける どの関連検定を行うか決める 予想される結果の統計学的有意さを評価する genotypingすることにより関連研究の検出力がどれくらいになるかの定量的な関連に関しては発表されていない。 multimarker haplotypeの使用により効率の改善が見られているが、欠点もある。 ハプロタイプ解析が自由度や検定の回数を増やすのであれば、検出力はむしろ減少してしまう。 異なったtag付けと検定アプローチの効率と検出力のトレードオフを検討した。 疾患関連研究における予測される検出力はthe most relevant measure of merit（たとえば、tag SNPsとタイプされていないバリアントとの相関係数の分布の比較）なので、関連研究を明示的にモデル化した。 tagSNPsの密度と検定の...
• 循環器
  PCI vs CABG BARI NEJM 1996; 335 217. DM合併患者ではCABGのほうがbenefitに勝る DES SIRIUS Moses et al. NEJM 2003;349 1315. 9ヶ月後のセグメント内再狭窄率はベアメタルで36.3%、DESで8.9% AAA スクリーニング Kim LG et al. Ann Intern Med 2007; 146 699-706. 患者 男性67,770人 介入 超音波検査の招待を受けるまたは受けないにランダムに割付、スクリーニング後大動脈径 ≥ 3.0cmならモニター 結果 すでに平均4年のフォローアップで死亡率が低下することを示している今回、7年後の時点で、HR 0.53とスクリーニング群の死亡率はやはり低かった。1生命年あたり推定費用は19,500USドル...
• プラグイン/ニュース
  ニュース @wikiのwikiモードでは #news(興味のある単語) と入力することで、あるキーワードに関連するニュース一覧を表示することができます 詳しくはこちらをご覧ください。 ＝＞http //atwiki.jp/guide/17_174_ja.html たとえば、#news(wiki)と入力すると以下のように表示されます。 【グランサガ】リセマラ当たりランキング - グランサガ攻略wiki - Gamerch(ゲーマチ) マニュアル作成に便利な「画像編集」機能を提供開始！ - ナレッジ共有・社内wikiツール「NotePM」 (2021年12月6日) - エキサイトニュース マニュアル作成に便利な「画像編集」機能を提供開始！ - ナレッジ共有・社内wikiツール「NotePM」 - PR TIMES 「Wiki」創設者のPC 競売に - ...
• SLE
  症状 lupus headache 2000年版SLEDAIでは、最高のスコア8を与えられている。 ところがACR NP-SLE 1999年版診断基準には含まれていない SLEDAIによるとsevere, persistent headache; may be migrainous, but must be nonresponsive to narcotic analgesia Omdalによるとsevere, disabling, persistent and not responsive to narcotic analgesics. Mitsikostas et al. Brain 2004;127 1200. 基準 30人以上のSLE患者の研究35件のうち、IHS頭痛基準に合致した基準を用いた8スタディのメタアナリシス。前向き研究はひとつもない 結果 プ...
• 拡張MHC領域における疾患関連研究のための高解像度HLA、SNPハプロタイプマップ
  HLAアレルと疾患感受性との関連を証明した研究は山ほどあるが、近傍のHLAや非HLA遺伝子との強い相関により、その解釈は混乱している。 そのため全MHCの遺伝子と多様性をカタログ化する努力が払われてきた。 これまでのヨーロッパ系人種の研究では、SNPにより原因多様性を分離することができそうである。 今回、7.5MbのxMHC領域についての高密度でより多くのサンプルを使用したガイドとなるリソースを提供する。 LDはCEU、CHB、JPTでYRIよりも高かった。（図1） 異なったHLA座位にあるアレルは強い相関を示した。(sup 表2） HLA周囲でのこのようなSNPsやdeletion*insertionの高いLDをもとに、HLA遺伝子外のSNPがHLAタイプの情報を与えると考えられる（図2a） HLAタイプと単SNPの関連を領域全体で調べた。（図2b） 34*44%のH...
• 拡張MHC領域における疾患関連研究のための高解像度HLA/SNPハプロタイプマップ
  導入 -HLAアレルと疾患感受性との関連を証明した研究は山ほどあるが、近傍のHLAや非HLA遺伝子との強い相関により、その解釈は混乱している。 --そのため全MHCの遺伝子と多様性をカタログ化する努力が払われてきた。 --これまでのヨーロッパ系人種の研究では、SNPにより原因多様性を分離することができそうである。 -今回、7.5MbのxMHC領域についての高密度でより多くのサンプルを使用したガイドとなるリソースを提供する。 --LDはCEU、CHB、JPTでYRIよりも高かった。（図1） --異なったHLA座位にあるアレルは強い相関を示した。(sup 表2） -HLA周囲でのこのようなSNPsやdeletion-insertionの高いLDをもとに、HLA遺伝子外のSNPがHLAタイプの情報を与えると考えられる（図2a） -HLAタイプと単SNPの関連を領域全体で調べた。...
• スウェーデン語
  Välkommen till Karolinska Institutet - ett medicinskt universitet välkommen - welcome till - to, into, until ett - a, an medicinskt - medical Sjuksköterskestudenter nöjda med utbildningen Sjuksköterskestudenter - 不明 studenter - student nöjda - satisfied. ex) är du nöjd med resultatet?---are you satisfied (happy) with the result? med - with utbildningen - education Åtta av tio studen...
• R覚え書き
  データテーブルの取扱 マージ z -(x,y,by= ID ) で、xとyをカラム ID のデータに従ってマージ。この場合IDがあっていないデータは捨てられる。捨てないためには z -(x,y,by= ID ,all=T) 違う名前のカラムのデータであわせたいときは z -(x,y,by.x= ID ,by.y= num ) 文字列処理関数 置換 sub(pattern, replacement, x, ignore.case = FALSE, extended = TRUE, perl = FALSE) gsub(pattern, replacement, x, ignore.case = FALSE, extended = TRUE, perl = FALSE) 文字列ベクトルxにおいてpatternとマッチするものをreplacementにおきかえる。s...
• 糖尿病
  リスク Finnish Study. Diabetes Care 2005; 28 2901. 冠動脈死/1000人年 MI既往なし MI既往あり non-DM (n=1373) 3.2 26.0 DM (n=1059) 26.8 71.4 フラミンガムリスクスコア 使えるのかどうかわからないけど。ArIM 2007;167 1068-74. 8年後のDMリスクは、以下のスコア≤10ポイントで≤3%、≥25ポイントで≥35%。 空腹時血糖値が100-126 mg/dL 10pt BMIが25.0-29.9 2pt BMIが30以上 5pt HDL-Cが男性は40mg/dL未満、女性は50mg/dL未満 5pt 片親または両親が糖尿病 3pt トリグリセリドレベルが150 ...
• 多点遺伝的関連研究に対する主成分回帰アプローチ
  背景 関連解析は家族ベースの連鎖解析より検出力が高い(Risch and Merikangas 1996) 密なSNP情報が利用可能であるため、連鎖不平衡構造に注目が集まっている。 Clark 2004によるハプロタイプ解析のメリット 特定のアミノ酸の組み合わせが、タンパク質折りたたみに影響している可能性がある ハプロタイプは、祖先から受け継がれる染色体上の断片そのものである ハプロタイプ解析は、単点解析よりも検出力が高い（いくつかのSNPを統合し、自由度を減らすため） しかしハプロタイプ解析には問題がある マーカー数が増えると指数関数的に次元が増大し、多点検定の問題が悪化する また、まれなハプロタイプをどう扱うかという問題もある もうひとつの方法は遺伝子型ベースの単点解析である ハプロタイプベースの方法より結果が理解しやすく、多く行われてきた 場合によっては単...
• カプラン・マイヤー曲線
  生存率の計算法。 t 治療開始から死亡までの時間（生存期間） n その期間当初の生存数 r その期間の死亡数 n-r その期間終了時点での生存数 r/n その期間での死亡割合 その期間での生存割合 その期間での累積生存割合 したがって次のように書かれる 検定はログランク検定あるいは一般化ウイルコクソン検定で行い、ハザード比をCox比例ハザードモデルで出す。 Rで データ構造は time status x 生存時間、またはセンサーまでの時間 フラグ(0;打ち切り、1;イベント) 群名 で、 library(survial) myData$time2 - Surv(myData$time, myData$status) result - survfit(time2~x, dat...
• フィンランド語
  ノート Wikipedia.fiの記事を日本語化 ポルヴォー Economistの記事を日本語訳してフィンランド語訳 安倍ちゃん困っちゃった その他 Helsingin_Tuomiokirkko
• GUM BLEEDING
  上部消化管出血の原因 G Gastritis U Ulcer M Mallory-Weiss B Biliary L Large varices E Esophagitis E Entro-aortic fistula D Duodenitis I IBD N Neovascularization G Gastic cancer
• 食事とヒトアミラーゼ遺伝子コピー数多型の進化
  背景 ヒト亜科の進化は重大な食事のシフトにより特徴付けられる スターチは特に重要である AMY1遺伝子は著明なコピー数多型を示す 結果 唾液中アミラーゼレベルとAMY1 CNV 50人のヨーロッパ系アメリカ人のAMY1遺伝子コピー数をqPCR法で調べ、顕著な多様性を認めた。 同じ患者群の唾液中アミラーゼレベルを調べるためprotein blotをおこなったところ、コピー数と唾液中アミラーゼレベルはp 0.001の相関を認めた。 集団間でのAMY1 CNV ヒト集団を高でんぷん食集団と低でんぷん食集団にわけた。低でんぷん食集団の主な栄養源は肉や血液からのタンパク質や、果物、蜂蜜、牛乳からの糖分である。 3つの高でんぷん食集団、4つの低でんぷん食集団について調べた。 高でんぷん食集団とは、ヨーロッパ系アメリカ人(n=50)、日本人(n=45)と、狩猟採集民のHadzaハヅァ人...
• Coalescent_theory
  まず日本語訳がわからない モデルは、集団における遺伝子やアレルはすべて究極的には一人の先祖、most recent common ancestor (MRCA)にいきつくということをベースとする 以下Wikipediaによると、 基本的な理論では組換えを考慮せず、遺伝的浮動がマルコフ過程に従うと考える。 二つのハプロイド生物において単塩基の違いがみられた。祖先をたどっていくと、MRCAまでいきつくことにより二つの系統lineageが融合coalesceする。 自然選択の影響は無視できるほど小さいと考える。（この前提条件がないとうまくいかない理論だが、その後拡張された理論では大丈夫）
• 遺伝統計学
  項目 アーミテージ検定 ベイズ因子による検定 確率統計 確率分布 Coalescent_theory 多重検定 FPRP 中立進化説 その他 Rybicki and Elston. AJHG 2000;66 593. はRisch 1990のレビュー三枚により使われるようになった。このとき、多重ローカスモデルではλは各ローカスのλの積で表される（)ことを示した。 またある状況では罹患同胞対連鎖解析の検出力を予測できることを示したが、これは否定されたよう 欠点 共有する遺伝子と同じくらい共有する環境因子の影響を受ける。 ジェノタイプ相対リスクをとする。ジェノタイプ相対リスクは、そのジェノタイプの人の発症率を、それ以外のジェノタイプの発症率で割ったものである。したがって、g+をsusceptible genotypeありの状態、g-を無しの状態とすると、 ...
• eigenstrat
  eigenstratは、principal components analysis（主成分解析）の手法をもちいて集団の構造化を解析し、関連検定の結果を補正するソフトウェア。 convertfプログラムでファイル形式をEIGENSTRAT形式とし、smartpca.perlプログラムで構造化の解析を図示するところまで解説する。 ファイル構成 おおまかにはbinとEIGENSTRATとCONVERTFのディレクトリが重要。作業はCONVERTFまたはEIGENSTRATのディレクトリ内で行う。まずはCONVERTFディレクトリに移動しておく。 cd CONVERTF convertf 入力ファイル形式は5つが許されている。linkage関連のソフトの標準的な入力フォーマットであり、Haploviewの入力にも使用可能なPED形式がやりやすいと思われる。convertfプログラムを...
• WGA Viewer
  データベースに接続できない ダウンロードして実行してみると、いきなりデータベースに接続できないと言われる。 その場合、ConfigurationタブからConfigure Internet connectionを選び、Using Duke University Proxy Server for MySQL Connectionとする データ読み込み 今回はplinkとかでなく、自作の結果ファイルを読み込ませる。 File-Open external data file-make input file for WGAViewer SNP名とp値がインプットされているカラム名を入力 mapファイルを入力。今回はplinkファイルもあるのでそれのmapファイルを使用する。 データ入力がおわるといきなりManha...
• ノート
  否定文 En tanssi. Et tanssi. Ei tanssi. 否定疑問文 Etkö syö paljon 命令 Syö paljon! Älä syö paljon! あまりたくさん食べないでください。 いろいろ Haluan tanssia. Haluatko tanssia? Saanko kysyä? Osaan uida. 私は泳ぐことができる（能力がある） Voin uida. 私は泳ぐことができる（条件が整っている） Voitko auttaa? 助けてもらえますか？ 過去形 Asuin täällä 私はここに住んでいました。asun- asu-i-n Kysyin paljon. kysyn- kysy-i-n Puhuit paljon....
• 確率統計
  マルコフ連鎖モンテカルロ(MCMC)法 特別なタイプの確率過程、「マルコフ連鎖Markov chain」をシミュレートすることにより分析的方法では容易に研究できない複雑な確率分布を研究する方法である。 Markov chainでは、ある確率変数のシリーズを生成するが、ある時点での将来的な状況である確率分布はその時点での状況によって完全に決定されるようなchainである。 充分chain生成を繰り返していくと、特定の確率分布に収束して繰り返し回数に依存しなくなる。 この方法の基本的なアイデアは、静的分布を持ったMarkov chainを生成し、その分布からサンプリングして推定を行うというものである。ベイズ解析においては、そのような静的分布とは結合事後分布のことである。 MCMCはそのほか最尤推定などの尤度推定においても用いられる。 モンテカルロ積分 この方法のアイデアは、たくさん...
• 消化器
  胃 消化管出血 PPIとCOX-2 inhibitorの併用は、GI bleedingの予防に有用 (Chan FKL et al. Lancet 2007 May 12; 369 1621-6.) デザイン double blind, randomized 患者 関節炎と内視鏡的に証明されたNSAID関連の上部消化管潰瘍出血を有する患者273人、HP(-) 介入 celecoxib（200mg、1日2回）との併用でesomeprazole（20mg）またはプラセボ（1日2回）を投与する群にランダムに割り付けられ、12ヵ月間投与を受けた。 結果 中央値で13ヵ月間のフォローアップ中、celecoxib単独群の12人（8.9％）に潰瘍出血の再発がみられたが、esomeprazole併用群にはみられなかった。有害事象は両群で同等 膵臓 急性膵炎 急性膵...
• ヒトゲノム配列の文脈における高解像度連鎖不平衡マッピング
  導入 Boehnke 1994によると、家族ベースのmutation mappingではどうがんばっても~1cMを越える解像度は得られないそうだ。 連鎖不平衡マッピングのアドバンテージ unrelated individualsから得られる染色体サンプルの背景となるgenealogyはきわめて大きくて、何百回の有糸分裂イベントを反映しているということである。 mutationは、特定のハプロタイプに発生し、当初疾患とハプロタイプはその集団で関連している。 時を経て関連は組換えにより、disease mutationからマーカーまでの距離によって決定されるrateに従いdecayする。 言い切っちゃってるが・・ LDマッピングは、候補領域を 0.1cMに絞り込むことができる。 完全で、99.9%正確なヒトゲノム配列がもうすぐ手に入る。 もはやポジショナルクローニングを行...
• 複合型ヒト形質遺伝子を局在するための数学的な多座位アプローチ
  冒頭 遺伝的マッピングの原理は、疾患とマーカー座位との組換え割合が小さいということは、そこに疾患遺伝子が存在することを意味するというものである。 ここではハプロタイプ解析について言及しない。 一般にmultipoint analysisとは、joint analysis of multiple neighbouring marker lociのことであって、ゲノム上のその他の部位にあるdisease lociと独立したdisease locusの局在を求めることが目的である。 ここでいうmulti-locus methodsとはそれとは異なり、異なった染色体上にあるmultiple disease lociを発見するためにデザインされたアプローチのことである ってことは知りたいことと違うじゃん！→中止
• 肺炎
  市中肺炎 PPIにより市中肺炎のリスクは増大する。 デンマーク、CAP 7600人 vs matched control 34,000人。11% vs 5%がPPIを使用。PPI使用はCAPと有意に関連(adjusted odds ratio AOR 1.5)、使用開始7日以内ならより強い(AOR 5.0)。S pneumoniae、H influenzaeとの関連は見られず(Gulmez SE et al. Arch Intern Med 2007 May 14; 167 950-5.) 院内肺炎
• 結核
  latent TBの予防的治療 INH 300mg daily. INH予防投薬について、Cochraneのメタアナリシス データ 11のトライアルから、73,375人の患者 結果 active TBを発症するRR 0.40 (95%CI 0.31-0.52)6ヶ月治療と12ヶ月治療とではRRに有意差なし (RR 0.44, 0.27-0.73 vs 0.38, 0.28-0.50)。 副作用 肝障害は6ヶ月治療で0.36%、12ヶ月治療で0.52%
• TOBIRA
  メディカル備忘録 現在鋭意研究中のMDが、臨床を忘れないための備忘録ページ。 診断学 Diagnostics 領域別 消化器 血液 Hematology 腎臓 Nephrology 感染症 Infectious disorders 膠原病 Rheumatology 代謝・内分泌 Endocrinology/ Metabolism 循環器 Cardiology 呼吸器 Pulmonology 神経 Neurology 癌 Oncology 精神科 Mnemonics 疫学 To_Do その他 PC関連 英語 フィンランド語 スウェーデン語 フランス語 論文抄読 論文英語 統計学 遺伝統計学 数学メモ バイオインフォマティクス 遺伝統計ソフトウェア
• 遺伝的浮動
  進化についての確率論的説明において現れる概念 島モデル 第一世代 太平洋の160の孤島にそれぞれ一組の結婚したカップルがいる。合計320人の個体がMN型血液型を持っている。それぞれ息子と娘を産み、近親的に子孫を増やしていく。MN型には生存に関するメリットもデメリットもない。数百年後にはどうなっているだろうか？新たな突然変異は起こらないものとする。 第二世代 第三世代 すると、160の島のうち10ではMM個体しかいなくなり、10ではNNしかいなくなり、40ではMNしかいなくなる。その他100のうち40はMMとMN、40はMNとNN、20はMMとNNがいる。 第四世代 MMしかいない10の島、NNしかいない10の島ではもはやそれぞれの遺伝子型だけになり、それ以外の遺伝子型は消滅する。これをrandom fixationもしくはrandom extinc...
• 共線性
  collinearity、またはmulticollinearity。 青木先生サイトより 通称「マルチコ」。独立変数間に非常に強い相関があったり，一次従属な変数関係がある場合には，解析が不可能（「逆行列が求まりません」というエラーメッセージが出力される）であったり，たとえ結果が求まったとしてもその信頼性は低い。このような場合に多重共線性があると言われる。 そのた つぎのとき、多重共線性をうたがう。 推定値の符号が理論と合わない． 決定係数は大きいのに，個別のｔ値は低い． 観測値を増加させるたびに，推定値が大きく変動する． 説明変数を増減すると，推定値が大きく変動する．
• Altshuler_and_Daly_2007
  Altshuler and Daly. Guilt beyond a reasonable doubt. Nat Genet 2007;39 813. 最近の成功した研究には共通した五つの特徴がある。 high-density SNP genotyping arrayを使用しており、解析方法は集団遺伝学、遺伝統計学と疫学を統合したものである 研究者は用心深くたくさんのサンプルを集め、詳細な表現型情報とサンプル情報を得ている デザインと解析におけるバイアスを最小限にするよう注意を払っている（集団の構造化、タイピングエラー、DNAクオリティの多様性、laboratory processingに対して。） ゲノムワイド探索に適切な統計学的閾値を用いている。 最後に、彼らはputative positivesに対して独立したサンプルでvalidationしている（別のタイピング技術を...
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