| 巻数 | サブタイトル | 発売日 | 備考 |
| 1 | STONE WORLD | 2017/07/04 | |
| 2 | 石の世界の二つの国 | 2017/09/04 | |
| 3 | 200万年の在処 | 2017/12/04 | |
| 4 | SENKU'S LAB | 2018/02/02 | |
| 5 | 幾千年物語 | 2018/04/04 | |
| 6 | STONE WARS | 2018/07/04 | |
| 7 | 声は無限の彼方へ | 2018/09/04 | |
| 8 | HOT LINE | 2018/12/04 | |
| 9 | FINAL BATTLE | 2019/02/04 | |
| 10 | ヒトの翼 | 2019/04/04 | 初版に脱字あり |
| 11 | ファーストコンタクト | 2019/07/04 | |
| 12 | 石化の秘密 | 2019/09/04 | |
| 13 | SCIENCE WARS | 2019/11/01 | |
| 14 | 石化光線の素顔 | 2020/02/04 | |
| 15 | 最強の武器は | 2020/04/03 | |
| 16 | MEDUSA VS SCIENCE | 2020/07/03 | |
| 17 | 地球の開拓者たち | 2020/09/04 | |
| 18 | SCIENCE IS ELEGANT | 2020/11/04 | |
| 19 | 100万人のコーンシティ | 2021/01/04 | |
| 20 | 2021年4月発売予定 | ||
| 外伝 | reboot：百夜 わたしはここにいます | 2020/03/04 | Boichi氏によるifストーリー |
| 小説１ | 星の夢 地の歌 | 2019/02/04 | 著：森本市夫 |
| 小説２ | 声はミライへ向けて | 2020/04/03 | 著：森本市夫 |
| ムック | Dr.STONEの最強自由研究 | 2019/08/02 |
海外版ペーパーバックは未掲載
