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 現時点に於いては唯一とも云える人類の対使徒兵器、[[人造人間エヴァンゲリオン]]を有するのが、[[第3新東京市]]に本部を置く特務機関NERVである。
 2010年、同計画の調査機関であった[[ゲヒルン>人工進化研究所]]を全面移管する形で組織された。
 本部は[[第3新東京市]]。
 ドイツ、アメリカなどに支部を持つ国際組織でもある。
 対外的には国連直轄の組織となっているが、実際には国連の影響力は皆無。[[ゼーレ]]の指揮下にある。
 [[EVA>人造人間エヴァンゲリオン]]の運用も同計画遂行の為とされるが、詳細は不明。
 対外的には[[サード・インパクト]]を未然に防ぐ為、[[使徒]]の調査、研究、撃滅を行っていると説明されている。
 [[EVA>人造人間エヴァンゲリオン]]を複数所有しており、[[使徒]]に対抗し得る唯一の戦力ともなっている。
 [[ジオフロント]]内に建つピラミッド型の建物は、NERV本部のごく一部に過ぎない。
 ピラミッド型の建物に隣接する正方形の湖の、真下方向に伸びるかたちで、約7kmの深さまで大深度施設が作られている。
 大深度施設の大半が[[セントラル・ドグマ]]と呼ばれる區域であり、[[シグマユニット]]はその一部である。
 [[EVA>人造人間エヴァンゲリオン]]同様、NERVの存在は一般には秘匿されており、組織内部の構成も最高司令官が[[碇ゲンドウ]]、副司令官が[[冬月コウゾウ]]を頂点として、作戦部、技術開発部、特殊観察部、諜報部、管理部、調査部、医学部等の存在が確認されているが、その全貌は不明。
 
 特務機関NERVの前身は[[ゲヒルン>人工進化研究所]]と呼ばれる国際組織。
 この[[ゲヒルン>人工進化研究所]]は、[[人類補完委員会]]の調査機関として[[セカンド・インパクト]]直後より活動が確認されており、早い段階での構成人員として現NERV司令・[[碇ゲンドウ]]、後にNERVの頭脳となるスーパーコンピュータ[[MAGI]]を開発する[[赤木ナオコ]]博士、[[碇ゲンドウ]]の配偶者であり[[サード・チルドレン]]の実母・[[碇ユイ]]の名が見える。
 彼らは同時に、国連直轄の組織として箱根に設立された[[人工進化研究所]](AEL)の所員としても名を連ねており、中でも[[碇ゲンドウ]]は同研究所の所長を務めていた。
 この[[人工進化研究所]]は、[[ゲヒルン>人工進化研究所]]の活動を世間一般から秘匿する為の隠れ蓑であり、実際には研究所内部で[[エヴァ>人造人間エヴァンゲリオン]]の開発、生体コンピュータ[[MAGI]]の理論構築などを行っていたようだ。
 彼らの活動の一端が、垣間見えたのは2004年の同研究所職員[[碇ユイ]]の死亡事故であった。
 研究所には、この事件により生体実験の疑義が生じたが、結果、事故は隠蔽されてしまった。
 事件直後、[[碇ゲンドウ]]により[[人類補完計画]]と[[アダム]]計画の二つがゼーレに提出されている。
 この後、[[ゲヒルン>人工進化研究所]]には、現[[E計画]]責任者[[赤木リツコ]]博士や、[[葛城ミサト]]作戦部長らも参加しており、NERVと云う組織の骨格は、この頃に形成されたといえる。
 同組織は、[[E計画]]、[[人類補完計画]]の推進に尽力したが、2010年に[[赤木ナオコ博士]]が[[MAGI]]を完成させると即日解体され、全計画の遂行組織たる特務機関NERVに全面移管された。
 この時、[[赤木ナオコ]]博士が死亡している。
 尚、[[MAGI]]の管理及び[[E計画]]の推進は、[[赤木ナオコ]]博士の実子である[[赤木リツコ]]博士に引き継がれた。
 特務機関NERVの本部は、旧箱根に建造中の[[第3新東京市]]地下の巨大な空間中央に位置し、ピラミッド状の建造物と、そのピラミッドを逆にしたすり鉢状の部分で構成される。
 同組織が地下に存在するのは、一般人からの秘匿の意味以上に、[[使徒]]からの防衛に主眼を置いたためと考えられる
 NERVは米国、独国等にも支部を持ち、各地で[[エヴァ>人造人間エヴァンゲリオン]]の建造も行われている。
 現在、[[第3新東京市]]に配備されている[[弐号機>EVA弐号機]]は、日本で設計と製造を、独国で組立と最終調整を行ったものである。
 ちなみに、NERVの語源は独語の『Nerv(神経)』。
 NERVに関連する組織、[[ゼーレ]]『Seele(魂)』、[[ゲヒルン>人工進化研究所]]『gehirn(脳髄)』は、全て独語を語源としており、組織自体が独国を起源とするのではないかと推察される。
 尚、NERVのマーク下に併記された言葉---『God's in his Heaven All's right with the world(神は天に在り、世は全てこともなし)』は、19世紀の詩人ロバート・ブラウニング(Robert Browning)の『Pippa passes』の一節であるが、NERVと云う組織との関わりについては不明である。
 ちなみに、[[セントラル・ドグマ]]とは生物学の用語で、遺伝情報はDNA→RNA→蛋白質へと伝達されていくが、いったん蛋白質に伝達されてしまった遺伝情報は、核酸や他の蛋白質に伝達される事はない。この遺伝情報の流れをセントラルドグマという。