software manuals for fmri analysis

mrVISTA お役立ちコマンド集

2009-10-02T09:03:41+09:00

***rmMakeCompositeModel 異なる視野角のpRF modelを、 variance explained の高いデータを優先的に組み合わせる ***rxNudgeFuntionalsOntoInplanse rxAlignと同じようなGUIを用いて、Inplaneとfunctional dataの間のズレを補正する ***computeCrossScanCorrelationMap 最早GUIから選べるスキャン間の各ボクセルにおけるTimeSeriesの相関係数を算出する複数ある場合は全部の組み合わせを計算してその後それを平均する Detrendしてから計算するので、結構時間がかかる相関の高いボクセルは灰白質上に存在することが確認できるため、かなり有用な情報を与えることが推測される ***mrGrayConvertClassToNifty mrGrayがLinuxでは動かないので、過去の遺産をITKsnapで使うためのコード詳しくは[[labwiki>http://white.stanford.edu/newlm/index.php/ITKGray-Using]]の最後のほうに詳しく書いてある ***writeParfile GLM解析に必要なparfileを作る ***niftiFromDicom ***readFileNifti DicomからNiftyを作るときにつかう ***備忘録 VOLUME{}.nodes(:,[2 1 3]) = [x y z] VOLUME{}.nodes(:,6) = layer % nodes: 8xN array of % Nx(x,y,z,num_edges,edge_offset,layer,dist,pqindex).

Linuxのコマンド

2009-07-10T02:36:59+09:00

*Linuxのコマンド集 [[LinuxのTips>http://linux.about.com/od/commands/l/blcmdl1_top.htm]] ***top CPUの可動状況をみる、途中で計算を中止させるなどなど ***vmstat 30 メモリとswapの様子をみる ***ls その階層にあるフォルダをみる ***ln -s ソフトリンクをつくる ***df -h ハードディスクの空き容量を見る ***svn svn関連のコマンド ***cat /proc/cpuinfo CPUの性能チェック *** lmstat -a Matlabのライセンス確認 **欄外 ***Firefoxが開けられないとき ~/.mozilla/firefox/*.default/.parentlock を削除

メニュー

2009-01-28T03:27:11+09:00

**メニュー -[[トップページ]] -[[mrVISTA 日本語マニュアル　>http://www20.atwiki.jp/hhiro4/pages/12.html]] -[[mrFA視野解析マニュアル >http://www20.atwiki.jp/hhiro4/pages/13.html]] -[[mrVISTA お役立ちコマンド集　>http://www20.atwiki.jp/hhiro4/pages/14.html]] -[[Linuxのコマンド >http://www20.atwiki.jp/hhiro4/pages/15.html]] ---- **リンク -[[@wiki>>http://atwiki.jp]] -[[VistaLabWiki(英語マニュアル)>>http://white.stanford.edu/newlm/index.php/Software]] -[[Linuxのコマンド集>>http://linux.about.com/od/commands/l/blcmdl1_top.htm]] // リンクを張るには "[" 2つで文字列を括ります。 // ">" の左側に文字、右側にURLを記述するとリンクになります //**更新履歴 //#recent(20) &link_editmenu(text=ここを編集) -

mrVISTA 日本語マニュアル

2009-01-22T12:32:38+09:00

*初めに - WindaowsXPでの動作環境としてMATLAB2006aを推奨(2007.12) - Linuxがデフォルトとなりつつある(2009.1) - WinVistaではまだ試験中、今後も多分無理、MacOSでは無理　一部は動くのだが、3D表示や平坦化など重要な部分でのmexエラーがおきる(libraryの問題) - Bugが多いため、動かなくても泣かない(永遠のβ版である) - Matlabでは問題ないがSPMでは日本語フォントに対応していない。そのため、日本語フォントがついたフォルダのある階層に入ると、フォントが文字化けをおこしてしまい、目的の階層に入れないため注意。 - mrVistaは機能画像だけでは走らない mrVistaでは、ざっくりとしたTalairach標準脳(※)を使用せず、vAnatomyという詳細な構造画像ファイル(多くは1x1x1mm程度)と、そこから求められる手動で白質と灰白質、髄液をわけたClass(ification)ファイル、さらにそこから構築される灰白質データGrayファイル(白質表面から自動で3mm(任意に選択可能)の幅で取ってくる)を用いる。これらを軸に別の日に行った実験であっても、正確な位置を同定しながらできるというソフトの性質のためである。そこで、SPM解析とは異なり、InplaneというT1強調画像が必要となる。これは機能画像、つまりfMRIデータと同一平面で撮像されており、できるだけ正確にvAnatomyとfMRIデータをくっつけるという、いわば「のり」のような役目をしている。 ※Talairach標準脳　１人のアル中の白人女性中年女性の脳で、さらにこれは片方の脳を鏡像にして使用しているらしい。SPMでは標準。たくさんの被験者を一気にまとめて解析、表示するのに便利のため、標準脳はポピュラーな手法となっていた。 **手順 -mrInitRet .magファイルからのデータの抽出。解析の下準備。 -mrAlignMI InplaneとvAnatomyの傾きをあわせる。自動。クリックして待つ。駄目な場合はmrAlign3, rxAlign。 -mrVista メインパート。データの解析、およびVisualization。構造画像上や立体画像上での脳に着色し結果を分かりやすくする(２D、３D、平坦化した脳地図上) **mrVistaでの解析方法いろいろ -corAnal - 正弦波によるcross correlation 基本。よっぽど設定、刺激がまちがってなければ何か反応が出る。(もちろんthresholdに依存するが) -pRF model - 各ボクセルのBOLD signalから、そこに含まれるneuron群の視野座標の位置および反応サイズを推定し、より精密なretinal representationを描く方法。pRFとは、”population receptive field”の意。xy座標とpRFに対応するσを可変パラメータとして、HRFを畳み込み加算し、各voxelのtime courseに最適fittingするpredictorを作成する。利点として、従来のtraveling wave methodではなかった、刺激途中にblankを設定することにより、大きなpRFをもつvoxelの反応を抽出することができている。 -GLM analysis - 一般線形解析。イベントとそれに付随するBOLD signalを予測し、複数の独立変数を用いて、実際のBOLD modulationの説明をする。強力な解析方法でよく用いられる。上記のpRFもGLMに含まれるといえる。 *mrInitRet　使用するデータの決定、データ抽出、解析方法の決定ここではデータを解析できる形に準備する手順を紹介する。 MRI装置を作っている会社によって生データは異なる。例えばGEならPfile、SiemensはDICOM formatというように。そこで解析データ作成が異なる。 GEのデータはPfileからtSeriesへと変換される。これはInplaneで定義される平面の一枚毎に時間変化していくデータを持っている。つまりtSeriesデータはInplaneの枚数と同じ数だけある。一方、Siemensデータは、時間毎にファイルが製造される。例えばTR=2000msであれば、２秒間でInplaneが含む全部のスライスを撮像する訳であるが、２秒ごとの全画像が、1Scanで撮像した時間の分だけファイルができるわけである。TR=2000msで2分のデータであれば60ファイルである。 **GEデータの解析方法 Rawデータのある階層に移動、mrInitRetと入力。上から３、４、５番目（デフォルト）のボックスにチェックをいれてOK。　Setup Raw / Directory 　Resize inplane images v Crop inplane images v Create/edit data structures v Extract time series 　Perform blocked analysis 次のウィンドウもデフォルトでOK。Inplaneの画像が出てくるため、後頭葉を含むように範囲を指定する。画像の左上と右下の２点を決め、一回ずつクリックする。 fMRI Reconstruction　ウィンドウでは Descriptionに実験名、 Subjectは被験者名、 FunctionalsのInitial frames to discardに数字を入力、 Functionalsの下にある数字の横のCopy>>をクリックし、 Acceptする。 Data Type Editor　ウィンドウでは、（ウィンドウがせまく上の方が表示されていないので、注意。広げるように） DescriptionにそのScanで何をやったか、最後のNumber of cycles/scanにそのScanでサイクル数を入力、 Data type　copy>>　Copy(select scan number)　などがあるので、これらを使用する。データのサイクルなど合っていることを確認し、Accept。 **Siemensデータの解析方法煩雑であったが、Dr.Aにより開発されたMatlabソフトウェア、BF(バッチファイルの略らしい)により、手順を覚えれば比較的簡易である。 mrInitRetによりmrSESSIONというファイルが作成され、そのファイルがあるフォルダでのみ、mrVistaによる解析が可能となる。まず、解析をする場所を決定する。忘却予防のため、多くは生データであるDICOMの入ったフォルダの並んでいるところに作ることが多い。ファイルは非常に巨大化する恐れがあり、間違ってもCドライブで解析しないことをお勧めする。速度では内蔵Dドライブ＞外付けHDD＞LAN共有HDDの順番であるが、当然容量の余裕はその逆である。例として、外付けHDDで展開する場合をあげる。必要なものはMatLab(Ver6.5〜多分7でないと今は動かない)、BF.m、SPM2である。 MatLabウィンドウの上のほうに表示されているカレントディレクトリ／Current Directory(Y)(以下CD)の右にある「…」というボタンをクリックする。フォルダの参照ウィンドウが出るので、フォルダを選ぶ。例として、I:\fMRI\ABC071022\DEF071022 下記のような生データの入ったフォルダと同じ階層につくることとする。 1-localizer 2-lgx_ep2d_bold96_2x2x3 3-lgx_ep2d_bold96_2x2x3 4-lgx_ep2d_bold96_2x2x3 5-t1_se_tra 6-lgx_ep2d_bold96_2x2x3 MatlabのCommand Window上で BF とタイプしリターン今のディレクトリは I:\fMRI_\ABC071022\DEF071022だけどあってますか？確かですか？と聞かれるので、あっていればYES。違うならNOでもうCDを一度選択。最初にrealign(動き補正)と一緒にUnwarp(副鼻腔などの含気した部位による画像の歪み補正)をするかと聞かれる。ただしUnwarpはエラーがでるため、「無しで(without)」を選択する。　realignがかかるのはデフォルト。次に空間Smoothingをかけるか聞かれる。ここは自由に選択をする。YESの場合、FWHMは何mmにするか聞かれるので、数値を入力。Full Width Half Maximumの略、半値全幅である。するとtSeries(実際にmrVistaで解析するときのfMRIデータの形状)は、Smoothingデータから作るか聞かれるので、選択する。Vistaでの解析はSmoothingがかかっていないデータが推奨される。その後データの選択を行う。最初にInplaneのDICOMを選択することとなる。 Select INPLANE with DICOMウィンドウ内で Inplaneが入っているフォルダを選択。そしてInplane画像を選択。横の数字が1−24など、２つの数字がハイフォンでつながっていれば24の画像が選択されている。右の拡張子がdcmであるか確認。誤って左の数字をクリックするとファイルが広がって沢山表示されるが、慌てずにAllを選択する。もちろん他にファイルが存在する場合は必要なものだけを選ぶこと。選択したらDoneをクリック。次にSelect DICOM files of Session1というウィンドウになるので、 Inplaneの次(無い場合は直前)に撮像した機能画像のフォルダをクリックする。 Inplaneの時と同様に機能画像を選択してDone。これを繰り返す。どのような順番で情報を抽出したかメモしておく方がベターである。忘れた場合も最後にAnalysisNote.docファイルができるので、問題はないが。全部選んだら、何も選択しないでもう一度Doneをクリック。すると何枚Discardするか聞かれるので、数字を入力する。あとはひたすら待つ。しばらく時間がかかるためゴルフに行くことも可能である。注意すべき点として、解析しているPCの音量を最大にしておくことがあり、これは、ソフトの作成者であるDr.Aから推奨されている。これでSiemensデータをtSeriesに変換し、mrVistaで走らせることができる形式に変換できた。できあがったフォルダはVISTA(日付)となっている。Current Directryをそのフォルダ内に移動。 Command Windowで mrInitRet とタイプしリターン。 mrInitRetのGUIが立ち上がる。 Setup Raw/ Directory Resize inplane images Crop inplane images v Create/edit data structures Extract time series Perform blocked analysis とあり、３、４、５番目にチェックがついているが、４番目のみのチェックにする。 fMRI Reconstruction　ウィンドウで Descriptionに実験名 Subjectは被験者名 FunctionalsのInitial frames to discardに数字を入力 Functionalsの下にある数字の横のCopy>>をクリック Acceptする。 Data Type Editor　ウィンドウで DescriptionにそのScanで何をやったか最後のNumber of cycles/scanにそのScanでサイクル数を入力ウィンドウがせまく上の方が表示されていないので、広げてやると、 Data type　copy>>　Copy(select scan number)　などがあるので、これらを使用する。データのサイクルなど合っていることを確認し、Accept。 mrAlignMI mrInitRetのあるフォルダでタイプするだけ。 vAnatomyを選んで問いにはYesと答える。最後にスライスを確認して終了。 High Resolutionで撮ると非常にずれることがある。というかほぼ解剖画像にのらない。ずれた場合にはもう一度走らせるか、rxAlignという姉妹品を使用する。これは比較的mrAlign3と似ているが、新しい機能が多くついている。欠点としては、MEX errorが出易い。その場合は www.dependencywalker.com へ。 mrVista まずは、実験がうまくいっているかを簡単にチェックする方法。正弦波がpredictorとなるようなブロックデザイン刺激を用いた場合、とりあえずAnalysis -> Traveling Wave Analyses -> Compute corAnal -> Compute corAnal (all scans)。正弦波によるcross-correlationなので、coherence threshold（右上）を下げれば、大抵何か反応が出る。出ないときは、まずcycle/Scanが間違っている可能性が高い。さらに、 Plots -> tSeries movie -> Movie UIから、生データをチェックできる。（スキャン間、スキャン内でどれだけ動いているか、また強い刺激ならBOLD変化が直接わかる）チェックして、スキャン内で動いてないようなら、 Motion Compensation は between scans のみでいい。（だが多くはigid Body: Both Between + Within Scansを念のため施行し、スキャン内の動きを確認することになる）また、セッションを通して全く動いてないようなら、 Motion Compensation はいらないということになる。 GEデータの場合　(SiemensデータはSPMで既にrealignをかけているため不要) まず、Slice timing補正と動き補正をかける。 Analysis -> Time series -> Adjust slice timing Select Allして、OK。TimedというtSeriesができる。それほど時間はかからない **Motion correction ※必ずInplane windowの右上のData Typeをクリックして、OriginalからTimedに変更すること！ Analysis -> Motion Compensation -> Rigid Body: Both Between + Within Scans Betweenはそれほどでもないが、同一スキャン内での動き補正であるWithinが非常に時間がかかる＜Siemensはここから一緒である＞同一の刺激を用いたScan同士でAverageをかける Average dataに変更後、Analysis -> Traveling Wave Analyses -> Compute corAnal -> Compute corAnal (all scans) **pRF Analysis - the codes written by SOD 詳しくは下記を参照。 Population receptive field estimates in human visual cortex. Dumoulin SO, Wandell BA. NeuroImage. 39(2): 647-660. Evaluated by A Hyvärinen. http://white.stanford.edu/~dumoulin/PDFs/Dumoulin-NI-2008.pdf DataはAveragedでよい。これをxform -> Inplane to Volume -> tSeries (All Scans) -> trilinear　を用いて、 tSeries data をgray上に移動する。 Glay window上で Retinotopic model -> Set Stimulus Parameters パラメータ設定の例 ***8Bars stimulus radius (deg) 14 (視覚刺激のサイズ) stimulus width (deg) 90 (刺激の幅が変わる) stimulus starting phase (deg) 0 stimulus direction (boolean) counterclockwise or out Number of stimulus cycles (#) 1 Number of mean-luminance blocks (#) 4 Number of unique stimulus repetitions (#) 1 Number of removed time frames with stimuli (#) 5 Number DCT to remove from data (de-trend, #) 3 HRF type two gammas (SPM style) HRF parameters Frame interval (sec) auto 1.5 Number of time frames (#) auto 128 ***Wedge stimulus radius (deg) 14 stimulus width (deg) 45 stimulus starting phase (deg) 0 stimulus direction (boolean) counterclockwise or out Number of stimulus cycles (#) 6 Number of mean-luminance blocks (#) 4 Number of unique stimulus repetitions (#) 2 Number of removed time frames with stimuli (#) 5 Number DCT to remove from data (de-trend, #) 1 HRF type two gammas (SPM style) HRF parameters Frame interval (sec) auto 1.5 Number of time frames (#) auto 96 ***Ring stimulus radius (deg) 14 stimulus width (deg) 45 stimulus starting phase (deg) 0 stimulus direction (boolean) counterclockwise or out Number of stimulus cycles (#) 6 Number of mean-luminance blocks (#) 4 Number of unique stimulus repetitions (#) 2 Number of removed time frames with stimuli (#) 5 Number DCT to remove from data (de-trend, #) 1 HRF type two gammas (SPM style) HRF parameters Frame interval (sec) auto 1.5 Number of time frames (#) auto 96 Plots -> Retinotopic Model -> View Stimulus aperture 刺激の絵が見れる　念のため上下左右が反転していないか、実際の刺激と違わないか確認。 Retinotopic Model -> Coarse stage Retinotopic Model -> nonlinear minimization (refine results) Retinotopic Model -> Coarse to minimization 上記2つを通しでやる以上の計算後、 File -> Retinotopy Model -> Load Model Parameterで Select model: 変更しない Select parameter: ここを変える・variance explained (coherenceに相当) -> co ・eccentricity -> map ・polar angle -> ph Select field; 変更しない corAnal の各パラメータに値が入る *GLM analysis (General Linear Model 一般線形解析) HRFに任意のタイミングの刺激のonset-offset時間を畳み込み加算(convolution)することにより、Predictor(説明変数)を作成し、BOLD signalを説明するという強力な解析方法。前提としてBOLD signalは線形和が成立するという仮定。pRF methodは、この方法をより進化させた物と考えると分かり易い。 *ITKSnap　（mrGray2に名前が変わるかも） Cygwin(windows上でLinax環境を使用するソフト)必須。 Net-Open SSHとX11の他に Devel(opperツール)フォルダの中の autoconf 3k autoconf2.1 202k autoconf2.5 791k automake1.10 676k binutils 4815k cvs 709k expat 111k fltk 279k fltk-devel 540k gcc 1k gcc-core 3618k gcc-g++ 2958k gcc-mingw 1k gcc-mingw-core 69k gcc-mingw-g++ 1894k gettext 176k libXft-devel 40k mingw-runtime 272k mktemp11k pcre 172k subversion 1075k 以上を全てチェックしておかないと使用できない。 http://white.stanford.edu/software/downloads/ITKSnap_VISTALab_071217.zip　からDL 詳細は http://white.stanford.edu/newlm/index.php/Software cygwinのコマンドプロンプトから、 ITKSnapのあるフォルダに行き(cd ...で指定)下記をタイプ ./insightSNAP     *以下番外編(備忘録というよりメモ) **Tips -Gray map上で他のセッションからcorAnalをもってくる非常に有用。corAnal onlyは上書きされるので注意。ダミーを作ること。一つずつ移さないとエラーがでるので注意！！ -mrVistaで用いるデータの構造 INPLANE{1}とかVOLUME{1}とかFLAT{1}を参照して、構造画像上に計算後のデータを重ね合わせるという仕組みになっている。例として、Inplane Viewが開いているときに、MatlabのWorkspaceをみると、mrSESSION, INPLANE, VOLUME, vANATOMYPATHなど複数のセルやらベクトルやらストラクチャーが開いている。 {内}の数字はそのとき開いているウィンドウ名を見れば分かる。大抵は１。複数開いていると２とか３になる -Inplaneの場合、 name, viewType, sessionCode,.....etc.といろいろあるが、重要なのは、co, amp, ph, map, の４つと、curDataType, curScan, selectedROIの３つだろう。前者はデータをハッキングして書き換えるときに知っている必要があり、後者はデータを引き抜くときに必要となる。これらの数値（あるいは文字列）を書き換えることと、コマンドウィンドウ上から直接データを抜くことができるようになると大変楽になるので、多少構造を理解しておいた方が良い。 -使用しているSPMコードの補足 realign　撮像中のスキャナーにいる４分間、被験者はできるだけ、微動だにしないよう努力している。(結果がずいぶん違うため)　しかし、ごくわずかに動いてしまうこともあるだろう。また、ScanとScanの間は、唾を飲んだり深呼吸をしたり、手の位置を少し動かしたりすることもある。そこでrealignで一連のデータを最初に決定した構造画像を軸にぴったりと位置を合わせるのである。似たようなInplaneであれば別の日に取ろうが、一緒のデータとして解析できないことはない。またrealignという言葉は複数の被験者間での平均化をさすこともあるので、われわれのやっている手法の場合(つまり同一被験者内でのスキャン間の動き補正およびスキャン中の動き補正のみ)は、Motion Compensation という言葉を使う方が望ましい。 *Linaxノススメ Bobお勧めのUbuntuを使うといい mexエラーが出た場合コマンドプロンプトで ldd (走らせたい実行形式のファイル) リターンで、どのライブラリがコンパイルされていないか分かる System -> Administration -> synapticから必要なライブラリを選択（オンラインの必要あり）ダウンロードして完了 Administratorじゃないとできない以上（以下は宣伝が鬱陶しいので延々と改行） ----------------

mrFA 視野解析マニュアル

2009-01-14T04:00:14+09:00

Matlab 6.5を起動 (7.0以上では起動しない 2009.1) -SPM fmriでinplaneをanalyze formatにしておく -mrFA135と入力してリターン以下の画面が起動する Preprocessings -> Changing ‰ signal -> ok -> 実験数を選んでok データのあるフォルダを選んでok r-data系列をすべて選んでok（すべて選ぶ場合はどこか1個を選んだ後Select all） All Preprocessing -> 実験数を選んでok PermillageSignalChangeを選択してok Permillage-r-data系列をすべて選んでok Spacial Smoothing (Gaussian): 0 0 0 means skip 0 0 0 High Pass Filter (Herts): 0 means skip 2 Temporal Smoothing (Moving Average): 0 0 0 means skip 1 2 1　(VISTAでは、高周波のノイズを除去していないので、VISTAの結果と比較したいのなら、0 0 0でもよい) FFT Cutting 1 (Tripple): 0 means skip 8 FFT Cutting 2 (Tripple): 0 means skip 9 としてok Preprocessings -> Averagingを選んでok CWの実験数（= CCWの実験数）を選んでok CW 8cutの同じ実験を順に選ぶ（CW wedgeデータの平均） CW 9cutの同じ実験を順に選ぶ（CW ringデータの平均） CCW 8cutの同じ実験を順に選ぶ（CCW wedgeデータの平均） CCW 9cutの同じ実験を順に選ぶ（CCW ringデータの平均）そしてok All Analyze -> Select inplane img firstly. Ok Inplane画像を選んでok Simple Regression Analysis -> ok HRF curve -> ok TR (sec) 2 Stimulus Duratiom (sec) 4 -> ok Analysis Phase Steps 3 -> ok 実験数（ここでは４）を選んでok 02CW/PermillageSignalChange/HighPass2_TmSm1_2_1FFT8Cutx/Averagedを選んでok Ave_sm_Permillage_r_02CW_***_007.imgなど全部選んでok Parameters Scan Number is "" Frequency(Hertz) -トータルのcycle数を入れれば良い。144scanで1周期32secなら16scanなので 9cycle, 36secの場合は 8cycle.　注意すべきは FFT9cutの場合は8を、FFT8cutの場合は9をいれるというように逆転していること！ Slice Timing (1:accending, 2:decending, 3:none) - 2 Inplaneを押してInplane画像を選択->画面にInplane画像が提示される Read Functional Imageを押して 02CW/PermillageSignalChange/HighPass2_TmSm1_2_1FFT8Cutx/Averagedを選んでok Ave_sm_Permillage_r_02CW_***_007.imgなど全部選んでok Analysisボタンを押すとLoad Analyze Quitと聞かれるのでLoadを押す（Analyzeを押してしまうと解析をやり直すことになる） Finished -> OK Inplane 画像上に解析結果が乗る自動的に9Hz, 16Scan/Cycle, Descending, r=0.37などが表示されている必要があれば変更して活動状態を見ることもできる Mapping -> Phase Mapping -> Simple Variant Regression->Ok CW（wedge実験）のfuruanatを選んで->開く CCWの対応するfuruanatを選んで->開く Corrected Phaseを押すと計算が始まってHDDを意味するヒストグラムが表示される ROI with Mouseを押してinplane画像の任意の場所を左上から右下にドラッグすると関心領域が選択され、補正値に基づいた色相の反応マップが表示される後頭葉全体を含むようにこれを行ない、CorとSagでも行なう [Save ROI]->[For mrFA]で、ROIを保存できる。 FFT in ROIを押し、名前（たとえばwedgeとか）をつけて保存（保存場所はその実験の最上位にいつもしている） Mapping -> Phase Mapping -> Simple Variant Regression->Ok CWのもう一つ（ring実験）のfuruanatを選んで->開く CCWの対応するfuruanatを選んで->開く Corrected Phaseを押すと計算が始まってHDDを意味するヒストグラムが表示される関心領域は先ほどと同じものが出ているがもし出ていない場合はShow ROI Center FFT in ROIを押し、名前（たとえばringとか）をつけて保存（保存場所はその実験の最上位にいつもしている） Perimetryを押すとmrFAsub24ウィンドウが開く Loadボタンを押す選択ウインドウで保存したringとwedgeを選ぶたとえば Correlation Threshold 0.3 Eccentricity 7 Angle 16 Magnificactionにチェック Raius(°) -----Radiusの間違い？ 10 Radiate VFにチェックでDrawを押すと視野が描かれる最後にHDDを補正したwedgeとringのCoranalを保存する方法 FuruanatをCWとCCWの順で選ぶ。 HDDfuruanatとでも名づけて保存すると、混乱しなくてすむ。 Preprocessing->furuanat to CorAnal Furuanatを選んで、その数を選んで補正したfuruanatのファイルを選んで開く Select Z axisでdescendingを選んでOk(NICTならAscending) Newを押して保存するべき場所を選んで保存選んだfuruanatの数と、mrInitretで設定した実験数との間に違いがあると、後々エラーの原因になる。 VISTAのPfliesフォルダのファイルの数をコピーしたり削除したりして調整してその上でmrInitretを設定する。このCorAnalファイルをコピーしてmrVISTAのinplane\originalフォルダにペーストする。 mrVISTAでview -> phaseでその補正された反応をInplane画像で見ることができるその後は通常のmrVISTAと同様。 Gray windowで、xform CorAnal inplane to Gray 3D, Flat windowでも、CorAnal volume to 3D/Flat corAnalデータはinterpolateする。

トップページ

2009-01-13T06:35:45+09:00

ここでは、mrVISTA　および　mrFAの使い方の説明をしています。 matlabがわからないと厳しいので迷わず、 MATLABプログラミング入門 (単行本) 上坂吉則 (著) 牧野書店を買ってください。 http://www.amazon.co.jp/MATLAB%E3%83%97%E3%83%AD%E3%82%B0%E3%83%A9%E3%83%9F%E3%83%B3%E3%82%B0%E5%85%A5%E9%96%80-%E4%B8%8A%E5%9D%82-%E5%90%89%E5%89%87/dp/4795201382 Labメンバーの共有する単なる備忘録なので、知らない人が見ても意味は分からないし役に立ちません。 ※本文中に記載されているTipsやコマンドなどにより、何らかの不具合が生じた場合にも一切責任はとりませんし、とれません。あしからず。

右メニュー

2009-01-09T16:57:46+09:00

**更新履歴 #recent(20) &link_editmenu2(text=ここを編集)

プラグイン/ニュース

2009-01-09T16:57:46+09:00

* ニュース @wikiのwikiモードでは #news(興味のある単語) と入力することで、あるキーワードに関連するニュース一覧を表示することができます詳しくはこちらをご覧ください。＝＞http://atwiki.jp/guide/17_174_ja.html ----- たとえば、#news(wiki)と入力すると以下のように表示されます。 #news(wiki)

まとめサイト作成支援ツール

2009-01-09T16:57:46+09:00

* まとめサイト作成支援ツールについて @wikiには[[まとめサイト作成を支援するツール>>http://atwiki.jp/matome/]]があります。また、 #matome_list と入力することで、注目の掲示板が一覧表示されます。利用例）#matome_listと入力すると下記のように表示されます #matome_list

プラグイン/編集履歴

2009-01-09T16:57:46+09:00

* 更新履歴 @wikiのwikiモードでは #recent(数字) と入力することで、wikiのページ更新履歴を表示することができます。詳しくはこちらをご覧ください。＝＞http://atwiki.jp/guide/17_117_ja.html ----- たとえば、#recent(20)と入力すると以下のように表示されます。 #recent(20)