http://w.atwiki.jp/hhiro4/ software manuals for fmri analysis ja 2009-07-10T02:36:59+09:00 1247161019 https://w.atwiki.jp/hhiro4/pages/15.html *Linuxのコマンド集 [[LinuxのTips>http://linux.about.com/od/commands/l/blcmdl1_top.htm]] ***top CPUの可動状況をみる、途中で計算を中止させるなどなど ***vmstat 30 メモリとswapの様子をみる ***ls その階層にあるフォルダをみる ***ln -s ソフトリンクをつくる ***df -h ハードディスクの空き容量を見る ***svn svn関連のコマンド ***cat /proc/cpuinfo CPUの性能チェック *** lmstat -a Matlabのライセンス確認 **欄外 ***Firefoxが開けられないとき ~/.mozilla/firefox/*.default/.parentlock を削除 2009-07-10T02:36:59+09:00 1247161019 https://w.atwiki.jp/hhiro4/pages/14.html ***rmMakeCompositeModel 異なる視野角のpRF modelを、 variance explained の高いデータを優先的に組み合わせる ***rxNudgeFuntionalsOntoInplanse rxAlignと同じようなGUIを用いて、Inplaneとfunctional dataの間のズレを補正する ***computeCrossScanCorrelationMap 最早GUIから選べる スキャン間の各ボクセルにおけるTimeSeriesの相関係数を算出する 複数ある場合は全部の組み合わせを計算してその後それを平均する Detrendしてから計算するので、結構時間がかかる 相関の高いボクセルは灰白質上に存在することが確認できるため、 かなり有用な情報を与えることが推測される ***mrGrayConvertClassToNifty mrGrayがLinuxでは動かないので、過去の遺産をITKsnapで使うためのコード 詳しくは[[labwiki>http://white.stanford.edu/newlm/index.php/ITKGray-Using]]の最後のほうに詳しく書いてある ***writeParfile GLM解析に必要なparfileを作る ***niftiFromDicom ***readFileNifti DicomからNiftyを作るときにつかう ***備忘録 VOLUME{}.nodes(:,[2 1 3]) = [x y z] VOLUME{}.nodes(:,6) = layer % nodes: 8xN array of % Nx(x,y,z,num_edges,edge_offset,layer,dist,pqindex). 2009-10-02T09:03:41+09:00 1254441821 https://w.atwiki.jp/hhiro4/pages/13.html Matlab 6.5を起動 (7.0以上では起動しない 2009.1) -SPM fmriでinplaneをanalyze formatにしておく -mrFA135と入力してリターン 以下の画面が起動する Preprocessings -> Changing ‰ signal -> ok -> 実験数を選んでok データのあるフォルダを選んでok r-data系列をすべて選んでok（すべて選ぶ場合はどこか1個を選んだ後Select all） All Preprocessing -> 実験数を選んでok PermillageSignalChangeを選択してok Permillage-r-data系列をすべて選んでok Spacial Smoothing (Gaussian): 0 0 0 means skip 0 0 0 High Pass Filter (Herts): 0 means skip 2 Temporal Smoothing (Moving Average): 0 0 0 means skip 1 2 1　(VISTAでは、高周波のノイズを除去していないので、VISTAの結果と比較したいのなら、0 0 0でもよい) FFT Cutting 1 (Tripple): 0 means skip 8 FFT Cutting 2 (Tripple): 0 means skip 9 としてok Preprocessings -> Averagingを選んでok CWの実験数（= CCWの実験数）を選んでok CW 8cutの同じ実験を順に選ぶ（CW wedgeデータの平均） CW 9cutの同じ実験を順に選ぶ（CW ringデータの平均） CCW 8cutの同じ実験を順に選ぶ（CCW wedgeデータの平均） CCW 9cutの同じ実験を順に選ぶ（CCW ringデータの平均） そしてok All Analyze -> Select inplane img firstly. Ok Inplane画像を選んでok Simple Regression Analysis -> ok HRF curve -> ok TR (sec) 2009-01-14T04:00:14+09:00 1231873214 https://w.atwiki.jp/hhiro4/pages/12.html *初めに - WindaowsXPでの動作環境としてMATLAB2006aを推奨(2007.12) - Linuxがデフォルトとなりつつある(2009.1) - WinVistaではまだ試験中、今後も多分無理、MacOSでは無理 　一部は動くのだが、3D表示や平坦化など重要な部分でのmexエラーがおきる(libraryの問題) - Bugが多いため、動かなくても泣かない(永遠のβ版である) - Matlabでは問題ないがSPMでは日本語フォントに対応していない。そのため、日本語フォントがついたフォルダのある階層に入ると、フォントが文字化けをおこしてしまい、目的の階層に入れないため注意。 - mrVistaは機能画像だけでは走らない mrVistaでは、ざっくりとしたTalairach標準脳(※)を使用せず、vAnatomyという詳細な構造画像ファイル(多くは1x1x1mm程度)と、そこから求められる手動で白質と灰白質、髄液をわけたClass(ification)ファイル、さらにそこから構築される灰白質データGrayファイル(白質表面から自動で3mm(任意に選択可能)の幅で取ってくる)を用いる。これらを軸に別の日に行った実験であっても、正確な位置を同定しながらできるというソフトの性質のためである。そこで、SPM解析とは異なり、InplaneというT1強調画像が必要となる。これは機能画像、つまりfMRIデータと同一平面で撮像されており、できるだけ正確にvAnatomyとfMRIデータをくっつけるという、いわば「のり」のような役目をしている。 ※Talairach標準脳 　１人のアル中の白人女性中年女性の脳で、さらにこれは片方の脳を鏡像にして使用しているらしい。SPMでは標準。たくさんの被験者を一気にまとめて解析、表示するのに便利のため、標準脳はポピュラーな手法となっていた。 **手順 -mrInitRet .magファイルからのデータの抽出。解析の下準備。 -mrAlignMI InplaneとvAnatomyの傾きをあわせる。自動。クリックして待つ。駄目な場合はmrAlign3, rxAlign。 -mrVista メインパート。データの解析、およびVisualization。構造画像上や立体画 2009-01-22T12:32:38+09:00 1232595158 https://w.atwiki.jp/hhiro4/pages/11.html * コメントプラグイン @wikiのwikiモードでは #comment() と入力することでコメントフォームを簡単に作成することができます。 詳しくはこちらをご覧ください。 ＝＞http://atwiki.jp/guide/17_60_ja.html ----- たとえば、#comment() と入力すると以下のように表示されます。 #comment 2009-01-09T16:57:46+09:00 1231487866 https://w.atwiki.jp/hhiro4/pages/10.html * 関連ブログ @wikiのwikiモードでは #bf(興味のある単語) と入力することで、あるキーワードに関連するブログ一覧を表示することができます 詳しくはこちらをご覧ください。 ＝＞http://atwiki.jp/guide/17_161_ja.html ----- たとえば、#bf(ゲーム)と入力すると以下のように表示されます。 #bf(ゲーム) 2009-01-09T16:57:46+09:00 1231487866 https://w.atwiki.jp/hhiro4/pages/9.html @wikiにはいくつかの便利なプラグインがあります。 ----- #ls ----- これ以外のプラグインについては@wikiガイドをご覧ください =>http://atwiki.jp/guide/ 2009-01-09T16:57:46+09:00 1231487866 https://w.atwiki.jp/hhiro4/pages/8.html * 動画(youtube) @wikiのwikiモードでは #video(動画のURL) と入力することで、動画を貼り付けることが出来ます。 詳しくはこちらをご覧ください。 ＝＞http://atwiki.jp/guide/17_209_ja.html また動画のURLはYoutubeのURLをご利用ください。 ＝＞http://www.youtube.com/ ----- たとえば、#video(http://youtube.com/watch?v=kTV1CcS53JQ)と入力すると以下のように表示されます。 #video(http://youtube.com/watch?v=kTV1CcS53JQ) 2009-01-09T16:57:46+09:00 1231487866 https://w.atwiki.jp/hhiro4/pages/7.html * アーカイブ @wikiのwikiモードでは #archive_log() と入力することで、特定のウェブページを保存しておくことができます。 詳しくはこちらをご覧ください。 ＝＞http://atwiki.jp/guide/25_171_ja.html ----- たとえば、#archive_log()と入力すると以下のように表示されます。 保存したいURLとサイト名を入力して"アーカイブログ"をクリックしてみよう #archive_log() 2009-01-09T16:57:46+09:00 1231487866 https://w.atwiki.jp/hhiro4/pages/6.html * 更新履歴 @wikiのwikiモードでは #recent(数字) と入力することで、wikiのページ更新履歴を表示することができます。 詳しくはこちらをご覧ください。 ＝＞http://atwiki.jp/guide/17_117_ja.html ----- たとえば、#recent(20)と入力すると以下のように表示されます。 #recent(20) 2009-01-09T16:57:46+09:00 1231487866