セカンドインパクトは、『世紀末ホルンゲリオン』の世界で発生した、大規模災害。
「セカンド」という名称は、月生成時に起こったとされるジャイアントインパクト（セカンドインパクト後はこれをファーストインパクトと数えている）に次ぐ、2回目の全地球規模の危機をもたらした隕石衝突であることによる（ただし隕石衝突というのは、秘密結社パーレによる偽装である）。
2012年12月23日、北極に10センチメートルに満たない未知の物質でできた極小の隕石が、光速の95%のスピードで落下。その質量は7.86×1022トンに達し、そのまま地球中心核を貫通し、南極へと抜けた。洪水、津波、海水面上昇、噴火、地殻の変動、地軸の変動などの環境激変をきたし、初期に極付近を中心に約35億人の死者が出た。この落下はかつてないものであり、落下の様子が衝突7分前に日本のアマチュア天文学者、篠田明義によって観測された。 この「災害」により両極には直径約60kmの巨大な穴が生じ、そこから大量のマグマが噴出して北極大陸ができた。また、これによって両極の氷が融解し、また陸地が増えたことにより海水面が上昇、多くの沿岸都市が海中に沈んだ。また、地軸の移動によって緯度が変わり、北極は太平洋ハワイ諸島付近に、南極はアフリカ大陸東部付近に移動した。 一連の自然的災害による死者は40億人以上と推測され、およそ50の国家が滅亡した。
セカンドインパクトの原因について国際連合は、セカンドインパクト調査委員会の調査に基づいたものとして公式発表したが、それは秘密結社パーレによって情報操作されたものである。HORV職員などの情報筋には、葛城調査隊による南極で発見された「第1使徒ソーシャ」の調査中に謎の大爆発を起こしたと説明されていたが、それすらも欺瞞情報であり、実際には人為的に引き起こされたものである。パーレと碇ゲンドウらがこの葛城調査隊を利用して、他の使徒が覚醒する前にアダムをロンギヌスの槍を使い卵にまで還元しようとした際に、副次的に発生したエネルギーによりもたらされたものであったとされる。なお、葛城調査隊に同行していた隊長の娘葛城ミサト（後の特務機関NERV 作戦課長）は、この事件を最も近くで目撃した調査隊唯一の生存者であり、その際、1体の光の巨人がホルンを吹いているのを目撃している。
