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小島生物学御研究室 @ ウィキ内検索 / 「CLC」で検索した結果

• CLC
  CLC Sequence Viewer 配列解析の統合ソフトウェア。 無料でCLC Sequence Viewerから入手できる。 まずはインストーラがダウンロードされる。 2008/07/14時点でのファイル名は、 CLCSequenceViewer_5_0_1.dmg Javaで書かれている。 解凍後、ディスクイメージをダブルクリック。 インストーラが起動するのでNext等のボタンを押してインストールを実行。 終わると、CLC Sequence Viewer 5という名前のファイルが作成されている。 これをダブルクリックでアプリケーションが起動。 Citations
• PAML
  PAML 系統解析用のソフトウェアだが、系統樹作成よりもpositive selectionの解析などの用途で用いられることが多い。 無料でPhylogenetic Analysis by Maximum Likelihood (PAML)から入手できる。 2008/05/21時点でのファイル名は、 paml4b.OSXintel.tar.gz 解凍後、フォルダに移動し、 $ cd src $ make -f Makefile.UNIX だと以下のエラーが出てコンパイルに失敗した。 ld64-62.1 failed library not found for -lcrt0.o collect2 ld returned 1 exit status make *** [baseml] Error 1 改めてWindows用の paml...
• Phrap
  Phrap 配列アセンブルの定番ソフトウェア。Phred, Consedと同じグループによる作成である。 非商用利用ならば、無料でPhred, Phrap, Consedから入手できる。 入手方法は、 まず、Academic user agreementをダウンロード、保存し、必要事項を記入する。 記入したAcademic user agreementをe-mailで開発者にメール本文として送付する。 数日すると開発者Phil GreenからPhrap/Cross_match/SWATがinstructionのメールとは別のメールで本文として送付されてくる。 このファイルはCのソースコードを圧縮したものである。 私はGmailで受け取ったのでwebmailの場合を記述するが、 メール本文をcopy pasteでエディタに貼付け、Unix改行コードにして保存する...
• UNAFold
  UNAFold RNAやDNAの二次構造を予測するプログラムとして代表的なmfoldの後継ソフトウェア。 無料でUNAFoldから入手できる。 2008/04/11時点でのファイル名は、 unafold-3.5.tar.gz perlで書かれていてソースコードからコンパイルする必要がある。 解凍後 unafold-3.5フォルダに移動して $ ./configure $ make $ make install で/usr/local/binにインストールされる。 Citations Markham, N. R. Zuker, M. (2005) DINAMelt web server for nucleic acid melting prediction. Nucleic Acids Res., 33, W577-W581.
• Jalview
  Jalview JAVAを用いた配列アラインメントエディター。JAVAを使っているのでプラットフォームに関わらず使用可能。 無料でJalview - Java alignment editor から入手できる。 インストールには、Java version 1.4以上が必要。自分のコンピュータのJavaのversionは ターミナルから java -version で確認できる。 ダウンロードページで Start with Java Web Start ボタンをクリックすると、jalview.jnlpがダウンロードされ、残りの必要なファイルも自動的にダウンロードされ、使用可能になる。 Citations Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. The Jalview Java Alignm...
• WebLogo
  WebLogo マルチプルアラインメントの配列の相同性を視覚的に見ることができるSequence Logoを作成するソフトウェア。 WebLogoからダウンロードできる。 2007/06/28時点でのファイル名は、 weblogo.2.8.2.tar.gz 解凍はダブルクリックか、 ターミナルから $ gunzip weblogo.2.8.2.tar.gz $ tar xvf weblogo.2.8.2.tar 解凍の後、フォルダに移動して、 $ ./seqlogo -f globin.fasta globin.eps で実行可能。 EPSファイルが作成されるので、任意のグラフィックソフトで見ることができる。 (MacOSX標準のPreViewでも見ることが可能。) GhostscriptをインストールすればPDF, PNGファイル...
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