http://w.atwiki.jp/miura_takashi/ miura_takashi @ ウィキ ja 2009-05-16T07:10:50+09:00 1242425450 https://w.atwiki.jp/miura_takashi/pages/6.html 本人専用の覚え書きです．内容未保証． [[基本操作]] [[ディレクトリ構成]] [[bash]] [[MacPorts]] [[シリアル制御]] [[ADVENTURE]] [[ATLAS]] [[AUTO]] [[coin]] [[CompuCell3D]] [[Fink]] [[fles_fft]] [[Fortran install]] [[JabRef]] [[libtiff]] [[OpenInventor]] [[Qt]] [[R]] [[X11 日本語化]] [[XCode]] [[MediaWiki]] 訪れた人の数：&counter() 2009-05-16T07:10:50+09:00 1242425450 https://w.atwiki.jp/miura_takashi/pages/2.html メニュー -[[トップページ]] -[[MacOSX Unix 覚え書き]] ---- -[[@ウィキ ガイド>http://atwiki.jp/guide/]] -[[@wiki 便利ツール >http://atwiki.jp/tools/]] -[[@wiki>http://atwiki.jp]] // リンクを張るには "[" 2つで文字列を括ります。 // ">" の左側に文字、右側にURLを記述するとリンクになります 2009-05-11T01:53:48+09:00 1241974428 https://w.atwiki.jp/miura_takashi/pages/44.html +Moore, K.L., Persaud, T.V.N., Shiota, K. (2000). Color Atlas of Clinical Embryology (Second edition). Saunders, Philadelphia. Miura, T., Shiota, K. (2000). Extracellular matrix environment influences chondrogenic pattern formation in limb bud culture: Experimental verification of theoretical models of morphogenesis. Anat. Rec. 258(1):100-107. Miura, T., Shiota, K. (2000). TGF-b2 acts as an "activitor" molecule in the reaction-diffusion model and is involved in cell sorting phenomenon in mouse limb bud micromass culture. Develp. Dynamics 217:241-249. Miura, T., Komori, M., Shiota, K. (2000). A novel method for analysis of the periodicity of chondrogenic patterns in limb bud cell culture: correlation of invitro pattern formation with theoretical models. Anat. Embryol. 201(5): 419-428. Kishi, M., Mizuseki, K., Sasai, N., Yamazaki, M., Shiota, K., Nakanishi, S., Sasai, Y. (2000). Requirement of Sox2-mediated signaling for differentiation of early Xenopus neuroectoderm. Development 127(4):791-800. Nakatsu, T., Uwabe, C., Shiota, K. (2000). Neural tube closure in humans initiates at multiple sites: Evidence from human embryos and implications for the pathogenesis of neural tube defects. Anatomy and Embryology 201(6):455-466. Nakatsu, T. and Shiota, K. (2000). Neurulation in the human embryo revisited. Congenital Anomalies 42(2):93-98. Kimura, S., Terashima, T., Schaumann, B.A., Shimada, M., Shiota, K. (2000). Pads and flexion creases on the plantar surface of Hammertoe mutant mouse (Hm). Anatomical Record 259(1):26-32. Hongo, T., Hakuba, A., Shiota, K., Naruse, I. (2000). Suckling dysfunction caused by defects in the olfactory system in genetic arhinencephaly mice. Biology of the Neonate 78:4:293-299. Naitoh, H., Mori, C., Ohyama, N., Irie, H., Nakamura, N., Nishimura, Y., Shiota, K. (2000). Tissue uptake of EGF receptor antisense oligonucleotides in organ culture of fetal mouse palates and their effects on in vitro palatogenesis. Congenital Anomalies 40(1):24-31. Uehara Y, Mori C, Noda T, Shiota K, Kitamura N (2000). Rescue of embryonic lethality in hepatocyte growth factor/scatter factor knockout mice. Genesis 27(3):99-103 Kobayashi, H., Doi, R., Hosotani, R., Miyamoto, Y., Koshiba, T., Fujimoto, K., Ida, J., Tsuji, S., Nakajima, S., Kawaguchi, M., Shiota, K., Imamura, M. (2000). Immunohistochemical analysis of apoptosis-related proteins in human embryonic and fetal pancreatic tissues. International Journal of Pancreatology 27(2):113-122. Kobayashi, M., Nakamura, H., Yodoi, J., Shiota, K. (2000). Immunohistochemical localization of thioredoxin and glutaredoxin in mouse embryos and fetuses. Antioxidants & Redox Signalling 2(4): 653-663. Miura, T. (2000). Mechanisms of pattern formation in limb bud micromass culture: Possible relationship with in vivo pattern formation. Congenital Anomalies 40 suppl.: S2-S7. Miura, T., Shiota, K. (2000). Time-lapse observation of branching morphogenesis of the lung bud epithelium in mesenchyme-free culture and its relationship with the localization of actin filaments. Int. J. Dev. Biol. 44 (8):899-902. Jensen J, Pedersen EE, Galante P, Hald J, Heller RS, Ishibashi M, Kageyama R, Guillemot F, Serup P, Madsen OD (2000). Control of endodermal endocrine development by Hes-1. Nature Genet. 24:36-44. 滝川俊也、塩田浩平 (2000).　口腔とアポトーシス.　「臓器別アポトーシス証明法」（大槻勝紀、小路武彦、渡辺慶一編） pp. 116-118, 南江堂. 2009-02-04T06:08:15+09:00 1233695295 https://w.atwiki.jp/miura_takashi/pages/43.html Shin, J.-H., Mori, C., Shiota, K. (1999). Involvement of germ cell apoptosis in the induction of testicular toxicity following hydroxyurea treatment. Toxicol. Appl. Pharmacol. 155:139-149. Shin, J.H., Shiota, K. (1999). Folic acid supplementation of pregnant mice suppresses heat-induced neural tube defects in the offspring. J. Nutr. 129:2070-2073. Padmanabhan, R., Naruse, I., Shiota, K. (1999). Caudal dysgenesis in staged human embryos (Carnegie stages 16-23). Am. J. Med. Genet. 87(2):115-127. Li, Z.-L., Shiota, K. (1999). Stage-specific vertebral homeotic transformations in mouse fetuses induced by brief hyperthermia. Dev. Dynamics 216(4/5):336-348. Kimura, S., Naruse, I., Schaumann, B.A., Plato, C.C., Shimada, M.,Shiota, K. (1999).　Palmar and plantar pads and flexion creases of genetic polydactyly mice (Pdn). J. Morphol. 239:87-96. Isaka F, Ishibashi M, Taki W, Hashimoto N, Nakanishi S, Kageyama R. (1999): Ectopic expression of the bHLH gene Math1 disturbs neural development. Eur. J. Neurosci. 11:2582-2588. Ohtsuka T, Ishibashi M, Gradwohl G, Nakanishi S, Guillemot F, Kageyama R. (1999): Hes1 and Hes5 as notch effectors in mammalian neuronal differentiation. EMBO J. 18: 2196-207. Yamada, T., Matsumori, A., Wang, W.-Z., Ohashi, N., Shiota, K., Sasayama, S. (1999). Apoptosis in congestive heart failure induced by viral myocarditis in mice. Heart Vessels 14:29-37. 塩田浩平、申　宰　(1999).　母胎環境と先天異常.　産婦人科治療 78: 781-785 塩田浩平、清水景子、上部千賀子 (1999).　ヒトの正常および異常発生とそのメカニズム.　産科と婦人科 66(7):883-893. 塩田浩平、中津智子、樋上　敦、李　忠連、山田重人 (1999).　神経管奇形と全前脳胞症.　脳と神経51(8):659-666. 2009-02-04T06:07:36+09:00 1233695256 https://w.atwiki.jp/miura_takashi/pages/42.html Peeters, M.C.E., Hekking, J.W.M., Shiota, K., Drukker, J., van Straaten, H.V.M. (1998). Differences in axial curvature correlate with species-specific rate of neural tube closure in the embryo of rabbit, rat, chick and human. Anatomy and Embryology 198(3):185-194. Mizuseki, K., Kishi, M., Shiota, K., Nakanishi, S., Sasai, Y. (1998). SoxD: an essential mediator of induction of anterior neural tissues in Xenopus embryos. Neuron 21(1): 77-85. Naitoh, H., Mori, C., Nishimura, Y., Shiota, K. (1998). Altered expression of retinoic acid (RA) receptor mRNAs and proteins in the fetal mouse secondary palate by all-trans and 13-cis RAs: implication for RA-induced teratogenesis. Journal of Craniofacial Genetics and Developmental Biology 18:202-210. Shiota, K., Nakatsu, T. (1998). Normal and abnormal neurulation in human embryos: Implications for the pathogenesis of neural tube defects. Neuropathology 18:415-418. Yamamoto, Y., Yamamoto, K., Hayase, T., Fukui, Y., Shiota, K. (1998). Effects of amphetamine on rat embryos developing in vitro. Reproductive Toxicology 12(2): 133-137. Suda, M., Ogawa, Y., Tanaka, K., Tamura, N., Yasoda, A., Takigawa, T., Uehira, M., Nishimoto, H., Itoh, H., Saito, Y., Shiota, K. and Nakao, K. (1998). Skeletal overgrowth in transgenic mice that overexpress brain natriuretic peptide. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95:2337-2342. Yasoda, A., Ogawa, Y., Suda, M., Tamura, N., Mori, K., Sakuma, Y., Chusho, H., Shiota, K., Tanaka, K. and Nakao, K. (1998). Natriuretic peptide regulation of endochondral ossification. Journal of Bilological Chemistry 273(19):11695-11700. 森本武志、塩田浩平 (1998) .　初期発生：体軸形成と胚葉の分化.　生体の科学49(2):145-151. 塩田浩平、周　明仁 (1998).　心臓の正常および異常発生とそのメカニズム.　心臓30:769-774. 塩田浩平 (1998).　器官形成と組織発生.「標準細胞生物学」（石川春律、近藤尚武、柴田洋三郎編）、 pp. 284-301.ハ 医学書院. 2009-02-04T06:06:59+09:00 1233695219 https://w.atwiki.jp/miura_takashi/pages/41.html Li, Z.-L., Chisaka, O., Koseki, H., Akasaka, T., Ishibashi, M., Shiota, K. (1997). Heat shock-induced homeotic transformations of the axial skeleton and associated shifts of Hox gene expression domains in mouse embryos. Reprod. Toxicol. 11(6):761-770. Hatayama, T., Takeuchi, S., Takigawa, T., Shiota, K. (1997) Characteristic expression of high molecular mass heat shock protein HSP 105 during mouse embryo development. Cell Struct. Funct. 22:517-525. Mori, C., Nakamura, N., Dix, D.J., Fujioka, M., Nakagawa, S., Shiota, K.、Eddy, E.M. (1997).　Morphological analysis of germ cell apoptosis during postnatal testis　development in normal and Hsp70-2 knockout mice.　Develop. Dynamics 208:125-136. Wang, W.Z., Matsumori, A., Okada, I., Matsui, S., Sato, Y., Suzuki, H., Shiota, K., Sasayama, S. (1997).　Beneficial effects of amlodipine in a murine model of congestive heart failure induced by viral myocarditis: A possible mechanism through inhibition of nitric oxide production. Circulation 95:245-251. Doi, R., Wada, M., Hosotani, R., Lee, J.-U., Koshiba, T., Fujimoto, K., Mori, C., Nakamura, N., Shiota, K., Imamura, M. (1997). Role of apoptosis in duct obstruction-induced pacreatic involution in rats. Pancreas 14:39-46. Kaji, H., Platt, J.L., Sutherland, D.E.R., Inoue, K., Mori, C., Shiota, K. , Imamura, M. (1997). The effect of Mx-1 on survival of discordant cardiac xenografts from guinea pig to rat. Transplant. Immunol. 5:70-72. Lee, J.U., Hosotani, R., Wada, M., Doi, R., Kosiba, T., Fujimoto, K., Miyamoto, Y., Mori, C., Nakamura, N., Shiota, K., Imamura, M. (1997). Mechanism of apoptosis induced by cisplatin and VP-16 in PANC-1 cells. Anticancer Res. 17(5A): 3445-3450. Kageyama R, Ishibashi M, Takebayashi K, Tomita K. (1997): bHLH transcription factors and mammalian neuronal differentiation. Int. J. Biochem. Biol. 29:1389-99 Shiota, K., Irie, H. (1997). Normal and abnormal development of the kidney and urinary tract. Proc. Seventh Fukuoka Intl. Symp. Perinat. Med., pp. 33-39 (review article). 石橋　誠、森吉弘毅、影山龍一郎(1997)．レトロウイルスを用いたマウス胚への遺伝子導入．ニューロサイエンス・ラボマニュアル３　神経生物学のための胚と個体の遺伝子操作法　pp198-216. 2009-02-04T06:06:35+09:00 1233695195 https://w.atwiki.jp/miura_takashi/pages/40.html Yoshida, K., Taga, T., Saito, M., Suematsu, S., Kumagoh, A., Tanaka, T., Fujiwara, H., Hirata, M., Yamagami, T., Nakahata, T., Hirabayashi, T., Yoneda, Y., Tanaka, K., Wang, W.-Z., Mori, C., Shiota, K., Yoshida, N., Kishimoto, T. (1996). Targeted disruption of gp130, a common signal transducer for the interleukin 6 family of cytokines, leads to myocardial and hematological disorders. Proc. Nat. Acad. Sci. USA 93:407-411. Mori C., Nakamura, N., Welch, J.E., Shiota, K., Eddy, E.M. (1996). Testis-specific expression of mRNAs for a unique human type 1 hexokinase lacking the porin-binding domain. Mol. Reprod. Develop. 44:14-22. Tomita K, Ishibashi M, Nakahara K, Ang S-L, Nakanishi S, Guillemot F, Kageyama R. (1996): Mammalian hairy and Enhancer of split homolog 1 regulates differentiation of retinal neurons and is essential for eye morphogenesis. Neuron 16: 723-734. Kimura, S., Schaumann, B.A., Shiota, K.(1996) Fetal and postnatal development of palmar, plantar and digital pads and flexion creases of the rat (Rattus norvegicus) J. Morphol., 228:179-187. Kimura, S., Shiota, K. (1996). Sequential changes of programmed cell death in developing fetal mouse limbs and its possible roles in limb development. J. Morphol. 229:337-346. Branco Soares, S., Jr., Ohata, K., Hakuba, A., Nakatsu, T., Uwabe, C., Shiota, K. (1996). Visualization of intracranial structures in early human embryos using 3-D computer graphics technique. Cong. Anom. 36:243-256. 塩田浩平 (1996).　胎芽の発育と形態形成.　臨床婦人科産科50:5-7, 125-127, 235-237, 363-365, 623-625, 751-753, 871-873, 985-987, 1241-1243, 1105-1107, 1359-1361, 1515-1517（総説）. 影山龍一郎、石橋　誠、竹林浩一、赤沢智宏、清水　力、冨田江一(1996)．ヘリックス-ループ-ヘリックス型転写因子群による神経分化制御．実験医学　14巻(4号):45-49 影山龍一郎、石橋　誠、竹林浩一、冨田江一(1996)．哺乳類神経分化を制御するヘリックス・ループ・ヘリックス型転写因子ネットワーク．蛋白質・核酸・酵素　41巻(8号):989-996. 2009-02-04T06:06:07+09:00 1233695167 https://w.atwiki.jp/miura_takashi/pages/39.html *発生学とは 　一個の受精卵が増殖し分化して、有機的な構造と機能をもった体ができるまでのプロセスには、神秘的ともいえるドラマチックな変化が次々と起こります。この現象を「発生」（Development）、それを研究する学問を「発生学」（Embryology）または「発生生物学」（Developmental biology）といいます。 　近年の分子生物学の研究によって、発生現象に関わる分子が多数見つかっていますが、それでは、それぞれの分子が働いたときに細胞レベル、組織レベルでどのような変化が起こって複雑な組織、器官（臓器）、体ができあがるのかという「発生の道すじ」は、まだほとんど明らかになっていません。ヒトゲノムが解読されたあと、残された大きな課題は、生体の中における各遺伝子そして遺伝子群の働きを解明していくことです。 　三次元的な体の形に時間経過が加わった四次元の現象である「発生」は、形態学、細胞生物学、分子生物学を集学的に駆使して取り組むべきエキサイテイングなターゲットなのです。不思議な発生現象は数限りなく、研究する対象によってその戦略も変わってきます。ここに発生研究の難しさがあり、同時に他の分野にない面白さがあるのです。我々の研究室では、様々な発生現象に魅せられた個性的な研究者が日夜奮闘しています。 *こんなことをやっています 　主にマウス・ラットを使って発生学の研究をしています。神経発生、肢芽発生、口蓋発生、肺発生とテーマは多岐に渡り、テクニックとしても古典的な催奇形実験（熱ショック、レチノイン酸・アルコール・アンフェタミン等の投与）から遺伝子工学的手法（DNA組換など）・発生工学的手法（トランスジェニックマウス・ノックアウトマウス・キメラマウスの作製、レトロウイルス・エレクトロポレーションによる外来遺伝子導入、全胚培養、器官培養などを含む）と様々なものを駆使します。 　具体的なテーマは各々のスタッフのページを参照していただきたいのですが、さわりだけを紹介しますと 　中枢神経系（脳・脊髄）における神経幹細胞の増殖・生存・分化制御、および骨格形成における細胞間情報伝達とその標的遺伝子の発現制御の分子メカニズムの追究が主なテーマです。テクニカルにはノックアウトマウスの表現型の解析をしたり、器官培養で遺伝子を導入してその機能を解析したりします。細かい作業が多いので、手先が器用でないと難しいかも。ニワトリ胚を使った発生工学的実験も行っています。 　ここでは全員の研究を紹介できませんが、スタッフのページは逐次更新する予定です。とにかく少しでも興味をもったら、まずはメールかお電話を！（この欄、文責　石橋） *どんな人が入れるの？ 　修士課程、博士課程、研究生の3つのコースがあります。博士過程に関しては、当教室には臨床から博士号を取得するために来られる方が多いですが、一度社会人を経験されてから入り直された方もいて、基本的にどのような方でも門戸が開かれていると考えて下さい。 *京都大学大学院医学研究科　博士課程 募集対象：博士課程（４年間）、研究生（常時受け付けています） 募集人数：若干名（医学研究科全体で１４２名） 入学資格：医・歯・獣医学部卒業または卒業見込み、修士課程を修了または修了見込みの方、社会人特別選抜制度あり（社会人特別選抜のみ資格審査あり） 選考方法：筆記試験（医学・生物学一般、外国語）および面接 出願期間は毎年９月頃ですが、詳細は医学部事務のページを参照してください。 京都大学大学院医学研究科　医科学専攻（修士課程） 募集人数：20名（全体で） こちらも詳しいことは医学部事務まで。電話（075）753-4306（直通） 大学院入試について 　例年倍率は1.5-1.6 倍程度です。科目は英語と一般問題で、英語は辞書持ち込み可、一般問題は基礎医学と臨床医学の問題が16問あるうちから2題選択するようになっています。筆記試験の後、簡単な面接があります。 2009-02-04T06:04:36+09:00 1233695076 https://w.atwiki.jp/miura_takashi/pages/38.html 1 Mori, C., Nakamura, N., Kimura, S., Irie, H., Takigawa, T., Shiota, K. (1995). Programmed cell death in the interdigital tissue of the mouse fetus is apoptosis with DNA fragmentation. Anat. Rec. 242:103-110. 2. Ishibashi, M., Ang, S.-L., Shiota, K., Nakanishi, S., Kageyama, R., Guillemot, F. (1995). Targeted disruption of mammalian hairy and Enhancer of split homologue-1 (HES-1) leads to up-regulation of neural helix-loop-helix factors, premature neurogenesis and severe neural tube defects. Genes Develop. 9:3136-3148. 3. Uehara, Y., Minowa, O., Mori, C., Shiota, K., Woude, G.F.V., Kuno, J., Noda, T., Kitamura, N. (1995). Placental defect and embryonic lethality in mice lacking hepatocyte growth factor. Nature (London) 373(6516):702-705. 4. Edwards, M.J., Shiota, K., Smith, M.R.S., Walsh, D.A. (1995). Hyperthermia and birth defects. Reprod. Toxicol. 9(5):411-425. Oka, C., Nakano, T., Wakeham, A., Mori, C., Sakai, T., Okazaki, S., Kawaichi, M., Shiota, K., Mak, T.W., Honjo, T. (1995). Disruption of the mouse RBP-Jk gene results in early embryonic death. Development 121:3291-3301. 5. Kosazuma,ハT., Chou, M.-J., Kawauchi, S., Shiota, K. (1995). In vitro developmental toxicity of aspirin and its major metabolites on cultured fetal mouse palates. Cong. Anom. 35(1):93-100. Yamamoto, Y., Yamamoto, K., Abiru, H., Fukui, Y., Shiota, K. (1995). Effects of metamphetamine on rat embryos cultured in vitro. Biol. Neonate 68:33-38. 6. Miura, T., Komori, M., Takahashi, T., Shiota, K. (1995). Computerized three-dimensional reconstruction of human embryos and their organs using the "NIH Image" software. Acta Anat. Nippon 70(4):353-361. 7. Komori, M., Miura, T., Shiota, K., Minato, K., Takahashi, T. (1995). Virtual embryology: a 3D library reconstructed from human embryo sections and animation of development process. Medinfo. 8 Pt 2: 1229-1230. 8. Kaji, H., Platt, J.L., Sutherland, D.E.R., Mori, C., Shiota, K., Inoue, K., Imamura, M. (1995). A new harvesting method prolongs survival of cardiac xenograft from guinea pig to rat. Transplantation 60(2):202-204. 9. 塩田浩平 (1995).　器官形成とアポトーシス.　日産婦関東連合地方部会会報 32(1):63-67 （総説）. 10. 塩田浩平、滝川俊也、上部千賀子 (1995) .　鰓弓と咽頭の発生学11(8):8-18 (総説). 11. 塩田浩平 (1995).　心臓の発生学.　「心臓病学」（石川恭三編）、pp. 2-12. 医学書院. 12. 塩田浩平、三浦　岳、中津智子、山田重人、上部千賀子 (1995).　中枢神経系の発生学. 27 増刊 14-27 （総説）. 13. 影山龍一郎、笹井芳樹、石橋　誠、竹林浩一(1995)．Helix-Loop-Helix型転写制御因子HES-1による神経分化制御．細胞工学　14巻(2号):165-172 14. 影山龍一郎、笹井芳樹、赤沢智宏、石橋　誠、竹林浩一(1995)．Helix-Loop-Helix型転写因子HESファミリーと神経分化．ブレインサイエンス　6巻(2号):17-22 2009-02-03T07:37:25+09:00 1233614245 https://w.atwiki.jp/miura_takashi/pages/37.html -[[1995]] -[[1996]] -[[1997]] -[[1998]] -[[1999]] -[[2000]] -[[2001]] -[[2002]] 2009-02-03T07:35:54+09:00 1233614154