http://w.atwiki.jp/nlabgaussian/ nlabgaussian @ ウィキ ja 2018-08-01T15:55:54+09:00 1533106554 https://w.atwiki.jp/nlabgaussian/pages/19.html $$H\Psi=E\Psi$$ $$E=\int\Psi*H\Psi d\tau/\int\Psi*\Psi d\tau$$ 2018-08-01T15:55:54+09:00 1533106554 https://w.atwiki.jp/nlabgaussian/pages/18.html Gaussianの利用方法や簡単に原理についてをまとる。 2018-08-01T15:24:56+09:00 1533104696 https://w.atwiki.jp/nlabgaussian/pages/17.html *計算 **1.計算の目的の決定 　何が知りたいかを考え、目的にあった計算方法を選択する。 **2.分子構造の構築 　GaussViewを用いて目的化合物の構造を構築する。 **3.計算条件 　GaussViewまたは直接、計算条件を入力する。 　[[計算原理]] ・Hartree-Fock法(HF) 電子相関 　HF法では電子を空間に広がった電場として考慮するため、電子同士の反発を考慮するしていない。そのため、厳密な電子のエネルギーよりも大きく見積もってしまう。このエネルギーの差を電子相関という。 ・密度汎関数法(DFT) |密度汎関数|| |B3LYP|| |M06|| 基底関数 ・Pople系基底関数 3-21G、6-31+G、6-31+G*のように　表現する。 ***分極関数 ***Diffuse関数 **4.計算の実行 　[[Gaussian09]]を用いて計算を実行する。 **5.結果の解析 　計算の出力データから計算の結果を確認する。 GaussViewで可視化できるもの ・構造最適化された分子構造 ・各種分子軌道 ・計算された様々な密度の電子密度表面 ・静電ポテンシャル表面 ・磁気特性の表面 ・表面の等高線表示 ・原子の荷電と双極子モーメント ・振動周波数に対応する基準モードのアニメーション ・IR、ラマン、NMR、VCD およびその他のスペクトル ・分子の立体化学情報 ・構造最適化のアニメーション、IRC 反応経路追跡、ポテンシャルエネルギー面の走査、ADMP および BOMD 軌道。２変数の走査では、3D プロットとして表示可能。 ・上述の計算内容（構造最適化、IRC など）において得られる全エネルギー変化や各データのプロット 引用　https://www.hulinks.co.jp/software/chem/gaussview *ファイルの拡張子について .gjf Gaussian Input File。入力ファイルの拡張子 .chk Check Point File。計算を行った時に出力されるファイル。GaussViewで開くと分子軌道等も描写することができる。 .log 計算の出力ファイル(Gaussian Output File) 2018-08-01T15:46:08+09:00 1533105968 https://w.atwiki.jp/nlabgaussian/pages/16.html **1. 構造の作成 ***Gauss ViewまたはChem 3Dを用いて構造を描写する。 ***※Chem 3Dを用いた場合はファイルをGaussian Input File(.gjf)で保存する。 ***※構造を作った後に「Symmetrize」を行うと計算が速くなる **2. 計算方法 ***自分の場合は「B3LYP/6-31+G(d)」を用いて計算を行った。 ***また、溶媒効果として「CPCM」を用いた。 **3.酸化還元電位の計算 ***溶媒がない時(gas, gas-1)のアウトプットファイル上で「SCF Done」を検索 ***検索していき、一番下に表示されているのが最適化構造のエネルギー ***次に、「Gibbs Free Energy」を検索し（「Gibbs」のみでも可）、熱補正を求める。 2018-08-01T16:12:32+09:00 1533107552 https://w.atwiki.jp/nlabgaussian/pages/15.html =計算原理= ===Hatree-Fock法=== ===密度汎関数法(DFT法=== ===摂動法(MP2 etc)=== ===CI法=== 2018-08-01T14:15:03+09:00 1533100503 https://w.atwiki.jp/nlabgaussian/pages/14.html *Gaussian09とは 量子化学計算ソフト **Citation Gaussianの計算結果を利用する時は以下を引用する必要がある Gaussian 09, Revision A.02, M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, X. Li, M. Caricato, A. Marenich, J. Bloino, B. G. Janesko, R. Gomperts, B. Mennucci, H. P. Hratchian, J. V. Ortiz, A. F. Izmaylov, J. L. Sonnenberg, D. Williams-Young, F. Ding, F. Lipparini, F. Egidi, J. Goings, B. Peng, A. Petrone, T. Henderson, D. Ranasinghe, V. G. Zakrzewski, J. Gao, N. Rega, G. Zheng, W. Liang, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, K. Throssell, J. A. Montgomery, Jr., J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers, K. N. Kudin, V. N. Staroverov, T. Keith, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, J. M. Millam, M. Klene, C. Adamo, R. Cammi, J. W. Ochterski, R. L. Ma 2018-08-01T14:11:27+09:00 1533100287 https://w.atwiki.jp/nlabgaussian/pages/13.html *遊び ***げえー じｒｂじゃ」 |1|6| |2|5| |3|4| 2018-07-23T12:48:10+09:00 1532317690 https://w.atwiki.jp/nlabgaussian/pages/12.html *Gaussia09について ***導入 UIUI -[[酸化還元電位の導出]] |A|B| |c|D| 2018-08-01T14:11:17+09:00 1533100277 https://w.atwiki.jp/nlabgaussian/pages/11.html *インスタグラムプラグイン 人気の画像共有サービス、Instagram(インスタグラム）の画像をアットウィキに貼れるプラグインです。 #ig_user(ユーザー名) と記載することで、特定ユーザーのInstagramのフィードを表示することができます。 例）@dogoftheday #ig_user(dogoftheday) ---- #ig_tags(タグ名) と記載することで、特定タグのInstagramのフィードを表示することができます。 #dogofthedayjp タグ #ig_tag(dogofthedayjp) ---- #ig_popular と記載することで、Instagramのpopularフィードを表示することができます。 詳しい使い方は以下のページを参考にしてください！ ＝＞http://www1.atwiki.jp/guide/pages/935.html -------- 2018-07-23T12:28:59+09:00 1532316539 https://w.atwiki.jp/nlabgaussian/pages/10.html * コメントプラグイン @wikiのwikiモードでは #comment() と入力することでコメントフォームを簡単に作成することができます。 詳しくはこちらをご覧ください。 ＝＞http://www1.atwiki.jp/guide/pages/921.html#id_476878da ----- たとえば、#comment() と入力すると以下のように表示されます。 #comment 2018-07-23T12:28:59+09:00 1532316539