http://w.atwiki.jp/okudak/ 奥田賢治のHP ja 2013-06-02T16:57:31+09:00 1370159851 https://w.atwiki.jp/okudak/pages/1.html **植物生理学研究室・奥田賢治の研究活動について紹介するページです。 &bold(){--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------} &bold(){} **&bold(){NEWS} [[13.03.26　Plant Journal誌において共同研究成果を発表しました。>http://www.chuo-u.ac.jp/chuo-u/news/contents_j.html?suffix=i&mode=dpttop&topics=19531]] [[12.09.24　Plant Cell誌において共同研究成果を発表しました。>http://www.chuo-u.ac.jp/chuo-u/news/contents_j.html?suffix=k&topics=17985&start=30]] [[12.03.19　日本植物生理学会若手研究者海外フェローシップを受賞しました。>http://www.chuo-u.ac.jp/chuo-u/news/contents_j.html?suffix=k&topics=16391&start=130]] [[12.03.01　Nucleic Acids Research誌において研究成果を発表しました。>http://www.chuo-u.ac.jp/chuo-u/news/contents_j.html?suffix=k&topics=16274&start=80]] [[11.07.21　競争的資金A-STEP探索タイプに採択されました。>http://www.yomiuri.co.jp/adv/chuo/news/20110728.htm]] &bold(){--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------} &bold(){} **Access Counter：&counter() &counter(today) ---- [[@wiki]] 2013-06-02T16:57:31+09:00 1370159851 https://w.atwiki.jp/okudak/pages/20.html ***&bold(){所属：} 中央大学理工学部生命科学科 〒112-8551 東京都文京区春日1-13-27 E-mail:okudak@kc.chuo-u.ac.jp ***略歴：　 2010年、中央大学理工学部に助教として着任、現在に至る。2011年、西オーストラリア大学ARC Centre of Excellence in Plant Energy Biology、滞在客員研究員。 ***受賞： 加藤記念バイオサイエンス振興財団助成受賞 日本植物生理学会若手海外共同研究フェローシップ学術賞 ***教育： 細胞生化学実験、代謝生物学実験 ***専門分野： 植物分子生物学、植物分子遺伝学、生化学 ***所属学会： 日本植物生理学会、日本分子生物学会 2013-03-30T09:48:28+09:00 1364604508 https://w.atwiki.jp/okudak/pages/13.html **原著論文 Anne-Laure Chateigner-Boutin,Catherine Colas des Francs-Small, Sota Fujii, &bold(){&u(){Kenji Okuda}, } Sandra K. Tanz, Ian Small (2013) The E domains of pentatricopeptide repeat proteins from different organelles are not functionally equivalent for RNA editing. &bold(){Plant J.} in press. [[(PUBMED)>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23521509]] Clément Boussardon, Vélonique Salone, Alexandra Avon, Richard Berthomé, Kamel Hammani, &bold(){&u(){Kenji Okuda}, }Toshiharu Shikanai, Ian Small, Claire Lurin (2012) Two Interacting Proteins are Necessary for the Editing of the NdhD-1 Site in Arabidopsis Plastids. &bold(){The Plant Cell} 24(9):3684-94. [[(PUBMED)>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23001034]] &u(){&bold(){Kenji Okuda* }}and Toshiharu Shikanai (2012) A pentatricopeptide repeat protein acts as a site-specificity factor at multiple RNA editing sites with unrelated cis-acting elements in plastids. &bold(){Nucleic Acids Res.} 40(11):5052-64.(*責任著者論文）[[(PUBMED)>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22362750]] Kamel Hammani, Catherine Colas des Francs-Small, Mizuki Takenaka, Sandra K. Tanz, &bold(){&u(){Kenji Okuda}}&u(){}, Toshiharu Shikanai, Axel Brennicke, and Ian Small.(2011) The pentatricopeptide repeat protein OTP87 is essential for RNA editing of nad7 and atp1 transcripts in Arabidopsis mitochondria.&bold(){J. Biol. Chem., }286(24):21361-71　[[(PUBMED)>http://preview.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21504904]] .*Wenhe Cai, &u(){*&u(){&bold(){Kenji Okuda}}}&bold(){}, LianweiPeng, and Toshiharu Shikanai. (2011) PROTON GRADIENT REGULATION 3 recognizes multiple targets with limited similarity and mediates translation and RNA stabilization in plastids.&bold(){Plant J.,}67(2):318-27(*共同筆頭著者論文)[[(PUBMED)>http://preview.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21457370]] &u(){&bold(){Kenji Okuda}}&bold(){}, Kamel Hammani, Sandra K. Tanz, Lianwei Peng, YoichiroFukao, Fumiyoshi Myouga, Reiko Motohashi, Kazuo Shinozaki, Ian Small, and Toshiharu Shikanai (2010) The pentatricopeptide repeat protein OTP82 is required for RNA editing of plastid ndhB and ndhG transcripts. &bold(){Plant J.}, 61(2):339-349.[[(PUBMED)>http://preview.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19845878]] .*KamelHammani, &bold(){*&bold(){&u(){Kenji Okuda}}}&u(){}, Sandra K. Tanz, Anne-Laure Chateigner-Boutin, Toshiharu Shikanai, and Ian Small (2009) General features of chloroplast RNA editing factors and their target sites gained from a study of new Arabidopsis editing mutants. &bold(){The Plant Cell},21(11): 3686-3699. (*共同筆頭著者論文)[[(PUBMED)>http://preview.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19934379]] &bold(){&u(){Faculty of 1000 Biologyに選出されました}}[[(Faculty of 1000 Biology)>http://f1000.com/]] &bold(){&bold(){&u(){Kenji Okuda}}}&u(){}, Anne-Laure Chateigner-Boutin, Takahiro Nakamura, Delannoy Etienne, Mamoru Sugita, FumiyoshiMyouga, Reiko Motohashi, Kazuo Shinozaki, Ian Small, and Toshiharu Shikanai (2009) Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts. &bold(){The Plant Cell}, 21(1):146-156.}）[[(PUBMED)>http://preview.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19182104]] &u(){&bold(){当該号のIn the Briefにてハイライト記事として紹介されました。同誌において、著者紹介が行われています。}}[[(In the Brief)>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2648099/]][[(Author Profile)>http://www.plantcell.org/content/21/1/146/suppl/DC2]] &bold(){&u(){Kenji Okuda}}&u(){}, Yuya Habata, Yoshichika Kobayashi, and Toshiharu Shikanai (2008) Amino acid alteration in a pentatricopeptide repeat protein determine a site-specific efficiency of RNA editing in plastids. &bold(){Nucleic Acids Res}., 36(19): 6155-6164. [[(PUBMED)>http://preview.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18824480]] &bold(){} &bold(){&u(){Kenji Okuda}}&u(){}, Fumiyoshi Myouga, Reiko Motohashi, Kazuo Shinozaki, and Toshiharu Shikanai (2007) Conserved domain structure of pentatricopeptide repeat proteins involved in chloroplast RNA editing. &bold(){Proc. Natl. Acad. Sci. USA}, 104(19): 8178-8183. [[(PUBMED)>http://preview.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17483454]] &bold(){}&bold(){&u(){Thomson Reuter社調べ、被引用回数100回超}} .*Ryouhei Muraoka, &u(){*&bold(){Kenji Okuda}}&bold(){}, Yoshichika Kobayashi, and Toshiharu Shikanai (2006) A eukaryotic factor required for accumulation of the chloroplast NAD(P)H dehydrogenase complex in Arabidopsis. &bold(){Plant Physiol}., 142(4): 1683-1689. (*共同筆頭著者論文) [[(PUBMED)>http://preview.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17041026]] &u(){&bold(){Kenji Okuda}}&bold(){}, Takahiro Nakamura, Mamoru Sugita, Toshiyuki Shimizu, and Toshiharu Shikanai (2006) A pentatricopeptide repeat protein is a site-recognition factor in chloroplast RNA editing. &bold(){J. Biol. Chem., }281(49): 37661-37667. [[(PUBMED)>http://preview.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17015439]] &u(){&bold(){当該号のPaper of the Weekにてハイライト記事として紹介されました}}[[(Paper of the Week)>http://www.jbc.org/potw.281.49.xhtml]] &bold(){}&bold(){&u(){Thomson Reuter社調べ、被引用回数100回超}} &bold(){} &bold(){&u(){Kenji Okuda}}&u(){}, Hidenori Hayashi, and Yoshitaka Nishiyama (2005) Systematic characterization of the ADP-ribose pyrophosphatase family in the cyanobacteriumSynechocystis sp. strain PCC 6803. &bold(){J. Bacteriol}., 187(14): 4984-4991. [[(PUBMED)>http://preview.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15995214]] &bold(){} &u(){&bold(){Kenji Okuda}}&bold(){}, Yoshitaka Nishiyama, Hayato Morita, and Hidenori Hayashi (2004) Identification and characterization of NuhA, a novel Nudix hydrolase specific for ADP-ribose in the cyanobacteriumSynechococcus sp. PCC 7002. &bold(){Biochim. Biophys. Acta}., 1699(1-2): 245-252. [[(PUBMED)>http://preview.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15158734]] **紀要 &u(){&bold(){Kenji Okuda}}&bold(){}, and Toshiharu Shikanai(2011) The role of plant-specific PPR proteins in chloroplast RNA editing. &bold(){Photosynthesis}.Photosynthesis research for food, fuel and the future:15th International Congress on PhotosynthesisIn press. &u(){&bold(){Kenji Okuda}}&bold(){}, and Toshiharu Shikanai (2008) PPR proteins function as a trans-factor in chloroplast RNA editing. &bold(){Photosynthesis}. Energy from the Sun: 14th International Congress on Photosynthesis (J.F. Allen, E. Gantt, J.H. Golbeck, and B. Osmond, eds.). Springer Netherlands publishing. Vol. II, 1211-1214. **総説 &u(){&bold(){Kenji Okuda}}&bold(){}, and Toshiharu Shikanai (2009) Genetic research of RNA editing in plastids. &bold(){Seikagaku}.81: 398-401.[[(Seikagaku)>http://www.jbsoc.or.jp/event/magazine/pdf/81-05-09.pdf]] **書籍 Toshiharu Shikanai, and &u(){&bold(){Kenji Okuda} }&bold(){}(2011)In Vitro RNA Binding Assay of Trans-Factor for RNA Editing in Chloroplasts. &bold(){Methods in Molecular Biology }“Chloroplast Research in Arabidopsis”.[[(PUBMED)>http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21822841]] 2013-03-30T09:41:21+09:00 1364604081 https://w.atwiki.jp/okudak/pages/21.html **研究紹介 　植物科学や光合成生物学は私たちをとりまく地球規模での環境破壊、食糧危機、エネルギー問題のようなさまざまな問題を解決する可能性を秘めています。そのためこのような可能性を現実へと転換する技術開発や革新的なアイデアが急務で、それらは基礎科学による知見に基づいています。 　例えば、光合成能力を高めるための植物遺伝子工学は二酸化炭素削減、バイオ燃料生産や環境耐性付与作物の作出などに必須の技術です。このような技術開発の近道は、私たちが実際に植物が行っている環境適応の戦略を理解することにあると考えます。植物が進化の過程で獲得してきた機構は、人類の理解を遥かに越えたものであることに疑問の余地はありません。光合成の場である葉緑体は、プラスチドと総称されるオルガネラが葉などの緑色組織でとる形態です。プラスチドは独自のゲノムを持ち、そこにコードされている約100個の遺伝子の大部分は光合成機能に必須です。プラスチドの遺伝子発現は転写、RNA成熟化、翻訳の段階で複雑に制御されています。しかしながら、私たちはまだこれらのプロセスが光合成制御にどのように必須であるかをよくわかっていません。光合成制御のメカニズムを理解するために、私はこれまで光合成電子伝達が異常なシロイヌナズナ変異株を単離し、生化学的手法で原因遺伝子の機能を明らかにしてきました。遺伝学と生化学を駆使した研究アプローチは複雑な植物の生理機能に潜む分子メカニズムを理解するうえで強力な方法であると考えています。実際、このアプローチによって得られた結果は、光合成関連遺伝子の発現制御を行い、長年謎であったプラスチドRNA編集の分子機構を解き明かすことに大きく貢献しました。 　私は現在も引き続き、光合成制御のメカニズムを理解することを目的とし、独自の研究として葉緑体遺伝子発現制御機構の解明に取り組んでいます。また、小池裕幸教授のもとで、藻類における光合成電子伝達機構および陸棲藻類の持つ高い乾燥耐性に関する研究などについても取り組んでいます。 　以下、行っている研究課題の詳細です。 [[1)　葉緑体遺伝子発現調節機構の解明]] [[2)　植物オルガネラRNA結合蛋白質の機能解明]] [[3)　藻類における光化学系Iサイクリック電子伝達機構の解明]] 2012-11-28T19:59:16+09:00 1354100356 https://w.atwiki.jp/okudak/pages/23.html ***&bold(){研究機関} [[●　中央大学理工学部>http://www.chuo-u.ac.jp/chuo-u/science/index_j.html]] [[●　京都大学理学研究科植物分子遺伝学研究室>http://shikanai.p1.bindsite.jp/]] [[●　埼玉大学理学部環境応答研究室>http://www.molbiol.saitama-u.ac.jp/nishiyama/kankyo/Home.html]] [[●　名古屋大学遺伝子実験施設遺伝子解析分野>http://www.gene.nagoya-u.ac.jp/~sugita-g/]] [[●　京都府立大学植物ゲノム情報科学研究室>http://www2.kpu.ac.jp/life_environ/plant_genome_bio/Site/Top.html]] [[●　九州大学高等研究機構>http://bbs1.agr.kyushu-u.ac.jp/SSP/nakamura/]] [[●　宮崎大学IR推進機構>http://www.inabalab.org/]] [[●　京都産業大学総合資源学部>http://www.cc.kyoto-su.ac.jp/~motohas/motohashi_lab/index.html]] [[●　理研PSC>http://labs.psc.riken.jp/gdrg/index.html]] [[●　静岡大学農学部分子育種研究室>http://www.agr.shizuoka.ac.jp/bs/motohashi/index.html]] [[●　University of Western Australia, ARC Centre of Excellence in Plant Energy Biology>http://www.plantenergy.uwa.edu.au/]] [[●　URGV Plant Genomics Research>http://www.versailles.inra.fr/urgv/lurin.htm]] [[●　Universität Ulm>https://sites.google.com/site/mizukitakenakassite/]] ***&bold(){学会等} [[●　日本植物生理学会>http://www.jspp.org/index.html]] [[●　日本植物学会>http://bsj.or.jp/index-j.php]] [[●　日本分子生物学会>http://www.mbsj.jp/index.html]] [[●　日本光合成学会>http://photosyn.c.u-tokyo.ac.jp/]] [[●　日本学術振興会>http://www.jsps.go.jp/]] [[●　科学技術振興機構>http://www.jst.go.jp/]]　 2012-11-10T16:55:41+09:00 1352534141 https://w.atwiki.jp/okudak/pages/34.html 2012-07-28T14:21:19+09:00 1343452879 https://w.atwiki.jp/okudak/pages/33.html 2012-07-28T14:20:56+09:00 1343452856 https://w.atwiki.jp/okudak/pages/32.html 2012-07-28T14:20:37+09:00 1343452837 https://w.atwiki.jp/okudak/pages/2.html **メニュー -[[トップページ]] -[[プロフィール]] -[[研究業績]] -[[研究紹介]] -[[リンク]] -[[Blog>http://okudakj.blog.fc2.com/]] ---- // リンクを張るには "[" 2つで文字列を括ります。 // ">" の左側に文字、右側にURLを記述するとリンクになります //**更新履歴 //#recent(20) &link_editmenu(text=ここを編集) 2012-07-14T11:20:46+09:00 1342232446 https://w.atwiki.jp/okudak/pages/31.html 2011-11-26T09:31:56+09:00 1322267516