pianissimo @ ウィキ

rmemo

2010-08-27T11:54:26+09:00

R memo C言語とC#とR 単数の変数を扱うのであれば、ほとんど同じと思われる。違いはC言語とC#は型にうるさいのに対して、Rは型のことは気にしなくても欲しい結果が得られることだろう。ベクトル、行列、テーブルを扱うときに、話が変わってくる。C言語でやろうとすると、forループが必須である。C#では、forでもできるが、個数を意識しなくてよいforeachや、私は使いこなせないがLINQを使うことによって、あたかもブロック単位に演算しているようなコードが書ける。Rではもっと気楽に、単数とベクトルと行列を同じ書式で記述できてしまう。たとえばn個の実数(double)からなるベクトルaの成分をすべて2倍したものをbに代入するには、 C言語 // 配列bはすでに確保されているものとして、、、 for (i=0; ihttp://bioconductor.g.hatena.ne.jp/nakao_mitsuteru/20070618/bioc]])。自分の目的に合ったものを選び出し、正しい方法で使用するのは、相当な苦労がいるに違いない。画像のフィルターは、convolve関数のtype="filter"がポイント。 a=rnorm(100) #100個の正規乱数 b=c(1/5,1/5,1/5,1/5,1/5) c=convolve(a,b,type="filter") plot(a,ylim=c(-3,3)) par(new=T) plot(c,ylim=c(-3,3),pch=2) なお、aの長さは100だが、cの長さは96になっている。 convolve関数の中身は、convolve [enter] で表示されるのでわかりやすいが、要点は、 1. 被フィルター配列の「前」に、フィルター配列数-1個のゼロを加える 2. フィルター配列の「後」に、ゼロを加えて、上記の「ゼロ＋被フィルター配列」と同じ長さにする。 3. 被フィルター配列をfft、フィルター配列をConj(fft(XX)) して、両者をかけあわせる（普通に要素ごとのかけ算）。 4. その配列をfft(YY,inverse=T)する。 5. できた配列の前と後をトリムして、完成 plot関数の中で、ann=F,axes=F　と書いたのに軸のラベルや数値が表示された！なぜだ？調査の結果、Fという名前の変数に何かを代入してあったことが原因と判明した。横着しないで、ann=FALSE, axes=FALSEと書くことで余計なバグフィックスの時間を節約できたはずだ。次回から気をつけよう。 DOS窓のコマンドラインから、 R CMD BATCH test.r result.txt とすると、test.rを実行して、result.txtに出力してくれる。

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2010-08-13T08:59:25+09:00

*このページは、核医学を勉強している大学院生のメモです。 Visitors &counter() (Today &counter(today), Yesterday &counter(yesterday)) **標準脳 [[Talairach座標>http://www.talairach.org/applet/]]は、 xは右向き（右に進むほど増加する） yは前向き zは上向きとなっており、すべてECAT7と逆である。一方、NEUROSTATは、hdrファイルの中身が !the right brain on the left :=1 !the anterior to the posterior :=1 !the superior to the inferior :=1 このようになっていれば、3軸ともECAT7と同じ向きになる。TalairachからNEUROSTATに変換するときは、3軸ともマイナスを掛ければよい。マイナス1ではなく、 !slice thickness (mm/pixel) :=2.25 で指定される通常2.25にマイナスをつけてかければよい。 **C# 乱数について：[[メルセンヌツイスター Mersenne Twister C#>http://takel.jp/mt/]] C#のSystem.Randomは線形合同法というアルゴリズムで乱数を発生させるが、Numerical recipesによると、"Newer use a generator principally based on a linear congruential generator"だというのだ。[[良いアルゴリズム>http://d.hatena.ne.jp/pashango_p/20090717/1247848900]] [[俺式>http://www.tatsuya-koyama.com/note/program001.html]] [[c# リフレクションで静的メンバにアクセスする>http://d.hatena.ne.jp/s-kita/20090705/1246806550]] [[C# FastBitmap>http://blogs.msdn.com/windowsmobile/archive/2008/04/15/faster-c.aspx]] Dicom c# http://www.fujita-hu.ac.jp/~kmuto/webdas/CyberRad2007-T3-kmuto.pdf [[プログラムと音楽>http://thorshammer.blog95.fc2.com/blog-entry-253.html#more]] .NETのツールバーやメニューがnon-active時に1回クリックで反応してくれない件について [[1>http://www.atmarkit.co.jp/bbs/phpBB/viewtopic.php?topic=37772&forum=7]] [[2>http://www.atmarkit.co.jp/bbs/phpBB/viewtopic.php?topic=21432&forum=7]]　Officeも同様の仕様に見えるのだが、決定的に違う点がある。.NETはマウスカーソルをそのメニューやボタンの上に持って行ったとき色が変化し、「いかにもクリックできる」印象を与えるのに対して、Officeではnon-active時にマウスカーソルを重ねても何も変化しない。.NETの設計ミスだと思う。 [[C#で画像をフーリエ変換>http://csharpimage.blog60.fc2.com/blog-entry-14.html]] [[C#で統計解析>http://d.hatena.ne.jp/KrdLab/searchdiary?word=c%23&.submit=%B8%A1%BA%F7&type=detail]] **R [[私のメモ>rmemo]] [[RjpWiki>http://www.okada.jp.org/RWiki/]] [[Bioconductorの紹介>http://bioconductor.g.hatena.ne.jp/nakao_mitsuteru/20070618/bioc]] [[Rによる統計解析（青木繁伸先生）>http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/]] [[dot_plot>http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/R/dot_plot.html]] [[R 筑波大学ミラー>http://cran.md.tsukuba.ac.jp/]] "Windows"→"base"→最新版DL(2010/1/5現在2.10.1) 推奨の初期設定は、「全てインストール」「SDI」「CHMヘルプ」 [[R設定ファイル（オーム社）>http://www.ohmsha.co.jp/data/link/978-4-274-06783-9/]]のRconsole、Rdevga、Rprofile.siteを、program files\R\以下から探して置換する。 [[エラーバー付きのバーグラフ>http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kato/unix/R.html#plotCI]] post hoc [[1>http://www.shiga-med.ac.jp/~koyama/stat/com-ph.html]] [[2>http://www.ibaraki-kodomo.com/toukei/posthoc.html]] [[3:Rを用いるTukey-Kramer>http://133.100.216.71/R_analysis/test_anova03.html]] [[母回帰直線の係数の推定>http://www.fmu.ac.jp/home/mathema/lec/excel-static/statistics-04.htm]] [[2>http://aoki2.si.gunma-u.ac.jp/lecture/mb-arc/arc023/046.html]] **統計関連website [[SWOG>http://www.swogstat.org/statoolsout.html]]　サンプルサイズ、alpha, powerを互いに計算してくれる southwest oncology group [[StatTools>http://amchang.net/StatTools/index.php]]　StatTools　統計のデザインだけではなく統計解析自体も充実している **Maxima [[maximaの使い方>http://cosmo.phys.hirosaki-u.ac.jp/wiki.cgi/maxima]] [[同>http://phys.hirosaki-u.ac.jp/wiki.cgi/maxima?page=FrontPage]] [[RとMaximaの文法早見表>RMax]] **Scala Windowsへのインストール：[[ここでDL>http://www.scala-lang.org/downloads/]]して、zipを展開した後にbinフォルダーにパスを通せばインストール終了。 Macへのインストール：[[ここ>http://d.hatena.ne.jp/tamakiii/20100504/1273000979]] [[日経BPのScala記事>http://itpro.nikkeibp.co.jp/article/COLUMN/20080613/307981/?ST=develop]] [[JDK6 update 20>http://java.sun.com/javase/downloads/index.jsp]]　Windows64bitならその対応版をDLすること。 [[Scala for C# programmers>http://hestia.typepad.com/flatlander/2009/01/scala-for-c-programmers-part-1-mixins-and-traits.html]] **ソフトウェアの使い方 [[Python入門>http://www.pythonweb.jp/tutorial/index.html]] [[medcon使い方をまとめた>medcon]] ***MISC [[wavelet解析>http://laputa.cs.shinshu-u.ac.jp/~yizawa/InfSys1/]] [[数学メモ>math]] Excelで満年齢を求めるとき、あるいは満月齢でも満日齢でも良いが、datedif()という関数があるので使おう([[ref>http://www.relief.jp/itnote/archives/000423.php]])。この関数は関数一覧に出てこない([[ref>http://www.relief.jp/itnote/archives/002258.php]])。たとえば、A1セルに 2008/1/17 B1セルに 2010/2/8 が入っているとすると、=DATEDIF(A1,B1,"Y")とすると満年齢が求められる。"Y"のかわりに、"M","D"とすると満月齢、満日齢が求められる。 Impact factorの検索のしかた：　googleで"isi knowledge"→追加情報→Journal of Citation Reports Vistaでオフライン共有フォルダの検索ができなくて苦労したことがある。解決法は簡単だ。ドライブ名（アルファベット）を割り当てているとき、そこから入っていくとインデックスは作成されていないのだが、ふつうに\\コンピュータ名\\フォルダ名で入っていくと、ちゃんとインデックスは作成されている。 [[Pythagorean means 4種類の平均の幾何学的な意味について>http://en.wikipedia.org/wiki/Pythagorean_means]] [[WIndows7 TIPs>http://www.microsoft.com/japan/athome/umall/win7/function/01.aspx#02]] [[JPEG原理>http://webs.lanset.com/crazy17/jp/lab/jpeg1.htm]] [[クラシックスコア IMSLP>http://imslp.org/wiki/Main_Page]] [[JNM>http://jnm.snmjournals.org/]] [[Radiology>http://radiology.rsnajnls.org/]] [[NEJM>http://content.nejm.org/]] [[SNM今後の開催地>http://interactive.snm.org/index.cfm?PageID=221&RPID=221&M=6&Y=2010]] June 5–9, 2010 Salt Lake City, Utah 済み June 4–8, 2011 San Antonio, TX June 9–13, 2012 Miami, FL June 8–12, 2013 Vancouver, BC, Canada June 7–11, 2014 St. Louis, MO June 6–10, 2015 Baltimore, MD June 11–15, 2016 San Diego, California *[[ウェブ・スクラップ>ウェブ・スクラップ]] **@wikiへようこそ -ウィキはみんなで気軽にホームページ編集できるツールです。 -このページは自由に編集することができます。 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-[[気になるニュースをチェック>http://atwiki.jp/guide/17_174_ja.html]] -[[関連するブログ一覧を表示>http://atwiki.jp/guide/17_161_ja.html]] **その他にもいろいろな機能満載！！ -[[@wikiプラグイン>http://atwiki.jp/guide/category17.html]] -[[@wiki便利ツール>http://atwiki.jp/guide/category32.html]] -[[@wiki構文>http://atwiki.jp/guide/category16.html]] -[[@wikiプラグイン一覧>http://www1.atwiki.jp/guide/pages/264.html]] **バグ・不具合を見つけたら？要望がある場合は？お手数ですが、メールでお問い合わせください。

RMax

2010-04-30T19:23:14+09:00

このページでは、RとMaximaの文法を比較します。私はどちらのソフトもそれほど頻繁には使用しないのですが、たまに使用するときに文法を混乱して、毎回成書や解説websiteを当たっています。時間の無駄なので、頻繁に使用する文法だけでも早見表にまとめておこうという趣旨です。参考文献 [[Maxima 入門ノート1.2.1 中川義行氏>http://www.eonet.ne.jp/~kyo-ju/maxima.pdf]] [[Maxima による数式処理弘前大学葛西真寿氏>http://phys.hirosaki-u.ac.jp/wiki.cgi/maxima?page=FrontPage]] *代入と基本演算 ||R|Maxima| |べき乗|^|^| |100÷7の剰余|100 %% 7|mod(100,7)| |100÷7の整数商|100 %/% 7|| |日常使用関数|sqrt exp log sin cos tan abs|sqrt exp log sin cos tan abs| |変数に代入|a=5|a:5| |ベクトルを代入|a=c(1,2,3)|a:[1,2,3]| |ベクトル&bold(){a},&bold(){b}の要素ごとの積|a*b|a*b| |ベクトル&bold(){a},&bold(){b}の内積|a%*%b　または　sum(a*b)|a.b| |ベクトル&bold(){a},&bold(){b}の外積|outer(a,b)|自前で定義が必要？| |行列Aに代入&ref(matrix.PNG)|A=matrix(c(1,2,3,4),2,byrow=T)|A:matrix([1,2],[3,4])| |円周率を浮動小数点表示||float(%pi)| |自然対数の底e||%e| |虚数単位||%i| *関数 ||R|Maxima| |関数を定義|f=function(x) x^2+1|f(x):=x^2+1| |x^2をxで微分||diff(x^2,x)| |x^2をxで2階微分||diff(x^2,x,2)| |x^2をxで不定積分||integrate(x^2,x)| |数値積分||romberg(x^2,x,0,1)| |cos(x)を0～pi/2で積分||integrate(cos(x),x,0,%pi/2)| |テイラー展開 exp(x)を3次まで||taylor(exp(x),x,0,3| |式の簡単化||ratsimp(f(x))| |因数分解||factor(f(x))| |誤差関数&ref(http://upload.wikimedia.org/math/4/d/4/4d4a6284c0034cad3b701f8799205132.png)||erf(x)| *繰り返し演算 ||R|Maxima| |Σi^2 (i=1～10)|sum((1:10)^2)|sum(i^2,i,1,10)| *Graphics ||R|Maxima| |2Dグラフ sin(x)を-2pi～2piで|plot(sin,xlim=c(-2*pi,2*pi))|plot2d(sin(x),[x,-2*%pi,2*%pi])| |3Dグラフ sin(x^2+y^2)|簡単な方法なし？|plot3d(cos(x^2+y^2),[x,-1,1],[y,-1,1])| |3Dグラフ球の媒介変数表示||plot3d([cos(s)*cos(t),cos(s)*sin(t),sin(s)],[s,-%pi/2,%pi/2],[t,0,2*%pi])|

math

2010-04-21T07:51:41+09:00

[[Gaussian Fitting>http://nuclear.phys.tohoku.ac.jp/~ykoba/latex2html/gaussian-fitting/]] 問題 (x1, y1) (x2, y2) (x3, y3)の3点を通る放物線(2次関数)を求めよ。ただしx1≠x2, x1≠x3, x2≠x3は保証されているとする。解答1 y=ax^2+bx+c とおいて、ここに3点を代入すれば求められる。かなり大変な計算になるが、 a = {(y1-y2)/(x1-x2)-(y2-y3)/(x2-x3)}/(x1-x3) b = (y1-y2)/(x1-x2)-(x1+x2)a c = y1-ax1^2-bx1 となる。解答2 3点を通る放物線は以下の式で書ける。[[ref>http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail/q1113582701?fr=rcmd_chie_detail]] y=a(x-x1)(x-x2)+b(x-x2)(x-x3)+c(x-x3)(x-x1) ここへ3点を代入すると、簡単に、 (x1,y1) → b = y1/{(x1-x2)(x1-x3)} (x2,y2) → c = y2/{(x2-x3)(x2-x1)} (x3,y3) → a = y3/{(x3-x1)(x3-x2)} が求まる。解答3 2次関数に限らず高次になっても応用しやすい最も一般的な解法は、行列を用いて連立方程式を解くことだろう。[[ref1>http://cse.naro.affrc.go.jp/takezawa/r-tips/r/20.html]] [[ref2>http://flashjp.com/column/gaussjordan.php]]

ウェブ・スクラップ

2010-03-09T12:54:37+09:00

- [[Vistaにおけるファイル同期>http://www10.atwiki.jp/pianissimo/archive/20080511/59e8dbcce1c93f1356675b960e608fb2]] (2008-05-11 22:13:45) - [[Vista usersが共有されるバグ>http://www10.atwiki.jp/pianissimo/archive/20080512/7ccfd326e731052f17c312e8370dda01]] (2008-05-12 22:37:13) - [[Excel 時間差を分だけで表示したいとき(75分など)...>http://www10.atwiki.jp/pianissimo/archive/20080516/ecbd5d28874fad50cb58e5bdde6b43a6]] (2008-05-16 08:23:46) - [[deinococcus radiodurans>http://www10.atwiki.jp/pianissimo/archive/20080523/72e88529e3f5a17b4b175984332c670b]] (2008-05-23 13:19:07) - [[ポリゴン内部にあることを判定する方法...>http://www10.atwiki.jp/pianissimo/archive/20080709/7e9a088df172bf3639829d0466e81bc5]] (2008-07-09 05:27:37) - [[Analyze format spec>http://www10.atwiki.jp/pianissimo/archive/20080907/ade948c54682f9d2780b9010c50986b7]] (2008-09-07 13:03:09) - [[dicom c#>http://www10.atwiki.jp/pianissimo/archive/20090825/7be4258595ee8b0b3967a22292582627]] (2009-08-25 23:56:13) - [[bisphosphonate>http://www10.atwiki.jp/pianissimo/archive/20091031/cc2574444c504c6a3a09baedf93fefbf]] (2009-10-31 11:18:25) - [[MDP>http://www10.atwiki.jp/pianissimo/archive/20091031/51ad420d65c0287b01583504d263ab8d]] (2009-10-31 11:21:14) - [[HMDP>http://www10.atwiki.jp/pianissimo/archive/20091031/ad037ce3b51b6ae02f60afca76d7cf36]] (2009-10-31 11:21:28) - [[テスト>http://www10.atwiki.jp/pianissimo/archive/20100123/9a57a42091cfbdca725acb9cefab0527]] (2010-01-23 09:49:33) - [[arial vs hervetica>http://www10.atwiki.jp/pianissimo/archive/20100223/77dcaea356f2915faec88bbad8253589]] (2010-02-23 09:25:15) - [[arial vs hervetica 2>http://www10.atwiki.jp/pianissimo/archive/20100223/4a1b45b8483d4988e7c0a08a936f0cba]] (2010-02-23 09:27:42) - [[filter>http://www10.atwiki.jp/pianissimo/archive/20100309/9e13f816245455cd3cccc0d99a04e824]] (2010-03-09 12:51:43) - [[parzan パルザン窓>http://www10.atwiki.jp/pianissimo/archive/20100309/32d8e793252ca63fbbf5938c825c674f]] (2010-03-09 12:54:37) #archive_log

テストページ

2010-01-23T09:46:28+09:00

medcon

2009-12-30T20:41:32+09:00

*MedConの使い方 **インストール [[MedCon website>http://xmedcon.sourceforge.net/]] このサイトで、左のコラムにあるDownloadを選択し、win32 versionをDLすればよい。 2009/12/30現在、xmedcon-0.10.5-1-win32.zipというファイルが取得される。解凍して、setup.exeを実行する。インストール後に表示されるreadme.txtの要点は、command lineで実行したいなら、\bin\ディレクトリにある実行ファイルにパスを通しておくこと。絶対パスでいうと、 C:\Program Files\XMedCon\bin である。 **コマンドラインでの使用そのパスで、medcon.exe -hを実行すると、下記のヘルプファイルが手に入る。全文は最後に載せるとして、基本的な使い方を書いておきたい。まず、もっとも単純な使い方は、ヘッダ内容の確認である。例 medcon -f aaaaaa.v aaaaaa.vというecat7ファイルを開いて、そのヘッダを表示する。 dicomヘッダも表示できるのでなかなかよい。むしろ、MedConの主な使用目的は、ファイルのコンバートであろう。例 medcon -c dicom -f *.v ワイルドカードで指定した".v"で終わるファイルをすべて、DICOM形式に変換する。 DICOMは1ボリューム1ファイルなので、いつもの感覚と違うが、スライス数は、(0054,0081) US[1] NumberOfSlices: 63 (2 bytes)のタグに入っているようだ。いつもの1スライス1ファイルにするには、オプションで指定してやればよい。例 medcon -c dicom -split3d -f *.v 出力形式には以下のものが選べる。 "ascii" = Raw Ascii (.asc) "bin" = Raw Binary (.bin) "acr" = Acr/Nema (.ima) "anlz" = Analyze (.hdr)+(.img) "conc" = Concorde/uPET (.img.hdr) "dicom" = DICOM (.dcm) "ecat6" = CTI ECAT 6 (.img) "ecat7" = CTI ECAT 7 (.v) "gif" = Gif89a (.gif) "intf" = InterFile (.h33)+(.i33) "inw" = INW (RUG) (.im) "nifti" = NIfTI (.nii) "png" = PNG (.png) pngを選択すると、全スライスがpng形式のモノクロ（黒→白）画像で出力される。 **ヘルプファイル全文 Usage: medcon [options] -f ... Flags: -f, --file, --files file or list of files to handle General: [-i -e -r -w] [-p -pa|-c ...] [-o ] -e, --extract extract images from file -i, --interactive read files after user input -o, --output-name output name set from command-line -p, --print-values print values of specified pixels -pa, --print-all-values print all values without asking -r, --rename-file rename file after user input -w, --overwrite-files always overwrite files -c, --convert give list of conversion "" strings: "ascii" = Raw Ascii (.asc) "bin" = Raw Binary (.bin) "acr" = Acr/Nema (.ima) "anlz" = Analyze (.hdr)+(.img) "conc" = Concorde/uPET (.img.hdr) "dicom" = DICOM (.dcm) "ecat6" = CTI ECAT 6 (.img) "ecat7" = CTI ECAT 7 (.v) "gif" = Gif89a (.gif) "intf" = InterFile (.h33)+(.i33) "inw" = INW (RUG) (.im) "nifti" = NIfTI (.nii) "png" = PNG (.png) Pixels: [-n] [-nf] [-qs|-qc|-q] [-b8|-b16[.12]] [-big|little] [-si=:] [-cw=:] -n, --negatives enable negative pixels -nf, --norm-over-frames normalize values over each frames -q, --quantitation quantitation using all factors (-qc) -qs, --quantification quantification (use one scale factor ) -qc, --calibration calibration (use two scale factors) -b8, --unsigned-char write unsigned char pixels (8 bits) -b16, --signed-short write signed short integers (16 bits) -b16.12 write unsigned shorts, only 12 bits used -big, --big-endian write files in big endian -little, --little-endian write files in little endian -si force slope/intercept rescaling -cw force specified contrast remapping Fallback Read Format: [-fb-none|-fb-anlz|-fb-conc|-fb-ecat|fb-dicom] -fb-none, --without-fallback fallback disabled -fb-anlz, --fallback-analyze fallback on Analyze (SPM) -fb-conc, --fallback-concorde fallback on Concorde uPET -fb-ecat, --fallback-ecat fallback on ECAT 6.4 -fb-dicom, --fallback-dicom fallback on DICOM 3.0 Slices Transform: [-fh -fv] [-rs -cs -cu] [-sqr | -sqr2] [-crop=:::] [-pad | -padtl | -padbr] -fh, --flip-horizontal flip images horizontally (along x-axis) -fv, --flip-vertical flip images vertically (along y-axis) -sqr, --make-square make square images (lagest dimension) -sqr2, --make-square-two make square images (nearest power) -crop, --crop-images crop image dimensions -rs, --reverse-slices reverse slices sequence -cs, --cine-sorting apply cine sorting -cu, --cine-undo undo cine sorting -pad, --pad-around padding symmetrical around image -padtl, --pad-top-left padding before first row and column -padbr, --pad-bottom-right padding after last row and column (default) Color Remap: [-24 | -8 [-g -dith -mh|-mr|-mi|-mc|-lut ]] -24, --true-color color mode of 24 bits RGB triplets -8, --indexed-color color mode of 8 bits indexed colormap -dith, --dither-color apply dithering on color reduction -g, --make-gray remap images to grayscale -mh, --map-hotmetal load colormap hotmetal -mr, --map-rainbow load colormap rainbow -mi, --map-inverted load colormap gray inverted -mc, --map-combined load colormap combined (gray/rainbow) -lut, --load-lut load 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Sleipnir活用法2

2008-05-10T18:40:07+09:00

sleipnir活用法

2008-05-06T14:07:37+09:00

プラグイン/コメント

2008-05-06T14:02:13+09:00

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