ホコタテ運送のベテラン宇宙航海士[[キャプテン・オリマー]]が愛機[[ドルフィン号]]で気ままな一人旅をしていた際に、 隕石に衝突し未知の星に墜落、遭難してしまう。 最初は絶望の淵に立たされていたが、そこにいたオリマーの大好物であるピクピクニンジンに似ている生物、 [[ピクミン]]の力を借り、星中に散らばってしまったパーツを集め、脱出するのが目的である。
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