何とかドルフィン号を修復し、ピクミンのいる星からの脱出に成功したオリマー。 しかし、ホコタテ星に帰ってきたオリマーはまたもや災難に襲われる。 社長によると、新入社員のルーイが初仕事の途中で宇宙ウサギに襲われ、積荷のゴールデンピクピクニンジンを全部食われてしまったという。 そのためホコタテ運送はバクダイな借金を抱えることになってしまう。 そこで社長の愛機であるドルフィン初号機の鑑定により、オリマーが息子への土産として拾ってきたものに 100ポコの価値があると知った社長はルーイとオリマーにその星へ行ってお宝を集めるよう命じた。 かくしてオリマーはピクミンの星へと逆戻りするのであった・・・。
