ulirgs @ ウィキ

LaTeX TIPS

2018-03-22T13:57:57+09:00

LaTeX TIPS：論文を書く際に役立つメモ・天体座標の書き方天体座標を記述する際に、 ~.s~とか~."~という感じで小数点を挟む場合、小数点の真上に"やsなどを記述するのが正式な形。この表式は、専用のコマンドが用意されていて、 ~.s~の場合、$\fs$ ~."~の場合、$\farcs$ で表記できる。 #よく使う表現なのに意外とこの手の情報がネット上を含め出回っていない様子…。・ある論文に載ってる表現と同じ表現をしたい…！でも、やり方がわからない… たいていの論文ではarXiv (astro-ph)に最終版ちょっと前くらいのバージョンが投稿されている。 ADSの該当論文のページでarXiv e-printを押してarXivに飛び、同じ表現があることをチェック。そのあと、Downloadでother format→Sourceで元texファイルが手に入る。ここから該当の表現を調べればOK! #このソースファイルの中身に時々コメントアウトしかしていなくて消されていない筆者の叫びがあってなかなか面白い…。

研究

2018-02-15T13:04:40+09:00

*研究に関係しそうなことのメモ我流だから間違ってるかもね。やみくもに信じちゃダメ！ **解析ソフト関係 AIPS FAZZ(現在東工大で保守?池田さんがIDLで作ったもの) DS9(2012年に大幅アップデート！) CASA(ALMAの解析のために開発中のソフト。今後の電波業界の標準にしたいようである。pythonでスクリプト処理できる) NEWSTAR(野辺山で開発されたAIPSをベースにした解析ソフト。OTF観測以外はこちらが標準でリダクション。) **[[感度計算とか>プロポーザル作成支援]] **[[有用な定数>定数]] **[[輝線>輝線]] **[[望遠鏡>望遠鏡]] **[[LINUXとかその辺のこと>LINUX]] **[[プログラム関係>プログラム関係]] **[[LaTeX TIPS>LaTeX TIPS]]

clump同定(clumpfindほか編)

2018-01-26T12:50:00+09:00

FITS cubeからクランプを同定したい時には複数のアルゴリズムがあり、 clumpfind(Williams et al., 1994, ApJ 428, 693)やcpropsなどが使われている。ここではclumpfindなどを導入、利用する方法を記載する。 IDLなど幾つかの形式でプログラムが配布されている。また、miriadにも標準で入っているらしい(、が試してないし確認もしていない)。 1. starlinkの環境整備ここでは、[[starlink>http://starlink.eao.hawaii.edu/starlink/]]というUKで開発、 Joint Astronomy Centre→East Asian Observatoryで維持されている解析ツールセットを試してみる。リンク先の最新版(この文章記載時[2015/06/16]で2015A版)を手順通りにインストール。何故かちょこちょこリンクが切れているところがあるが、丁寧に追えば必要なものは残っているようである。 linuxに入れる場合、IMPORTANT NOTEにもあるとおり、 pathが衝突を起こすようなので、回避方法を考えなければならない。とりあえず、自分としては(tcsh環境下。bashの場合は適宜文法を読み替え).cshrcの中で alias starlink1 'setenv STARLINK_DIR /home/HOGE/starlink/star-2015A' alias starlink2 'source $STARLINK_DIR/etc/login' alias starlink3 'source $STARLINK_DIR/etc/cshrc' とか無茶をした(user名をHOGEとした場合)。これで実際に使いたい時にstarlink[1, 2, 3]を次々入力する。もっとスマートにやるなら専用シェルを作ってsourceしたほうがいいかも。 2. FITSデータについて starlinkではFITSファイルではなく、NDFという専用の形式でデータを扱う。もちろんFITSファイルを変換するツールは用意されている。 [[NDF形式について>http://starlink.eao.hawaii.edu/docs/sun33.htx/sun33.html]] [[変換ツールfits2ndfについて>http://starlink.eao.hawaii.edu/docs/sun55.htx/sun55ss5.html]] 2-1. starlinkを起動 terminalで1.の通り[一時的に]パスを通す。 2-2. 変換ツール群convertを起動 convertコマンドを打つ。 2-3. FITS変換コマンド fits2ndf (入力fitsファイル) (出力ファイル名) の形式で実行。但し、CASAから吐き出したFITSファイルはどうやらうまく読み込めないようである。 AIPSとかmiriadとか適当な別の解析ソフトを経由してやるとうまく行った。 3. クランプの同定 starlinkで用意されているクランプ同定法は以下の4種類。・GaussClumps ・ClumpFind ・Reinhold ・FellWalker 各アルゴリズムの詳細については下記オフィシャルのマニュアルを参照。 [[クランプ同定ツールfindclumpについて>http://starlink.eao.hawaii.edu/docs/sun255.htx/sun255ss5.html]] クランプ同定はCUPIDという解析ツールセットに収録されているfindclumps(そのまま)で行える。ということで… 3-1. cupidの起動 starlinkが使える状態(1.参照)でcupidを打つ 3-2. クランプを探す findclumps (2.で用意したndf形式のファイル) (アウトプット。ndf形式) outcat="(FITS形式のクランプのカタログ)" method="(アルゴリズム。clumpfindなど)" がデフォルトのコマンド。これを打つとrmsを聞かれる(一応ツールでも計算してくれる)ので入力すれば、後はクランプを探してカタログ化してくれる。但し、このままでは条件が結構怪しいので、 config="(いろんな条件)" をコマンドに追加する必要がある。外部ファイルで設定を記載しておいて、それを読み込むことも可能。例えば、clumpfind用の設定ファイルとして clumpfind.param を用意した場合では、 findclumps (2.で用意したndf形式のファイル) (アウトプット。ndf形式) outcat="(FITS形式のクランプのカタログ)" method="clumpfind" config=^clumpfind.param という形で実行可能。詳細は前述のマニュアルを参考にするべきであるが、 clumpfind用に設定ファイルとパラメータの意味を記載しておく(主に自分のため) ClumpFind.AllowEdge=0 #0以外:マップの端にあるクランプもクランプとしてカウントする(形や質量などに同定ミスがありうる). ClumpFind.DeltaT=2*RMS #ここで定義した間隔でクランプを探す(RMSは別途定義した値) ClumpFind.FwhmBeam=2.0 #ビームサイズ。単位はピクセルであることに注意。 ClumpFind.IDLAlg=1 #0:オリジナルのクランプファインドアルゴリズム(Williams et al. 1994).0以外:アップグレード版アルゴリズム(Williams WWW site on 28th April 2006)。2つ目のコントアまで引いてふたつのクランプが重なってる時にクランプとみなすのがアップグレード版。 ClumpFind.Level:は自然数。番目のコントアレベルを具体的に指定するとき用。指定しなければDeltaTと後述のTlowで決まる。 ClumpFind.MaxBad=0.05 #バッドピクセルがどれくらいクランプの隣にいていいか、の割合。他のアルゴリズムで同定したクランプと比べたい場合は1にすること ClumpFind.MinPix=16 #クランプとみなすには最低でどれくらいのピクセルが必要か。キューブデータの場合16, 2次元で7は必要。但し他のアルゴリズムで同定したクランプと比べたい場合は5(キューブ)、40(2次元)にすること ClumpFind.Naxis=1 #clumpfindはピークのピクセルの周囲でクランプかどうかを判定する。このパラメータは"周囲"を定義する。キューブデータの場合…1:面が接するピクセル。2:辺が接するピクセル。3:角が接するピクセル ClumpFind.RMS #RMSの値で定義した値以外に別途clumpfind内でRMS(という変数)を定義したい時に使うらしい。 ClumpFind.Tlow=2.0*RMS #最初のコントアレベル ClumpFind.VeloRes=1.0 #速度分解能。単位はピクセル。同定したクランプを2次元マップに重ねたい時 1. kappa で表示ツール起動 2. lutable mapping=linear coltab=colour カラーテーブル読み込み 3. display (2次元マップ).sdf device=xwindow mode=range でxwindowに表示。deviceをapscol_pとするとepsファイル。 centre='' xmagn=2とかすると、中心座標を指定して2倍に拡大。 (centre='hh:mm:ss +-dd:mm:ss'とか書きたいがなぜか8文字制限とか言って怒られるので、一度指定しておいてからあとで聞かれたときに入力する) 4. listshow (同定したクランプ情報の入ったFITSテーブル).FIT plot=STCS device=xwindow clumpの位置とサイズを重ねて表示。plot=markとするとピーク位置を十字で示す。 3.でapscol_pにしてこちらも同じようにすれば重ねたepsファイルを作れる。

CASAにNOSTAR経由のFITSを読ませる方法

2018-01-05T21:19:06+09:00

CASA(v4.6まで確認)ではNOSTARで生成されたFITSファイルを読むことができない. 精確には、読み込むためには速度軸+静止周波数のセットが必要らしいが静止周波数のデータが無いことが原因。 [追記2016/05/23] それ以外にも複数のFITSキーワードがNOSTAR出力FITSヘッダーにはないので、ついでに入れておくとよい。具体的には、ビーム情報(BMAJ, BMIN, BPA)、周波数軸単位CUNIT3。あと、BLANKは整数が最近のFITSの標準なので、どうせならBLANKの値を-1とか-99999のような値に書き換えておくのがベターっぽい。回りくどいが一応できるようになったのでメモ。まずmiriadをインストールしてあること。例えば、天文台のデータセンターアカウントがあればそこで利用可能。データセンターではいくつかの[[望遠鏡]]に合わせたmiriadが用意されている. 今回はATCAのバージョンで試して成功した。もちろんヘッダー情報を書き換えられるなら、他のツール(python+astropyなど)使いやすいものを使えばよい。最近はもっぱらpython派なのでastropy.io.fitsで読み込んでheaderをそのままいじくることが増えてます。ここでは、 infile.fits:NOSTARから出力したFITS nostar:上記FITSをmiriadに読み込んだ時の保存名(ディレクトリ) out.fits:miriad経由で再出力したFITS と書くと... 1.FITSファイルをmiriadに読み込む fits in=infile.fits op=xyin out=nostar 2.静止周波数を新たに設定 puthd in=nostar/restfreq value=115.2710 type=double restfreq valueは単位がGHz (additional) 周波数軸をfreqで出力した場合、 puthd in=nostar/cunit3 value=Hz type=ascii 周波数軸をvelで出力した場合、 puthd in=nostar/cunit3 value=m s-1 type=ascii ビーム情報 bmaj:ビーム長軸(arcsec),bmin:ビーム短軸(arcsec), bpa:ビームのポジションアングル(degree) 例えば、ビームサイズが15秒のときは、15arcsec=4.1666e-3(=15/3600)degreeなので puthd in=nostar/bmaj value=4.1666e-3 type=double puthd in=nostar/bmin value=4.1666e-3 type=double puthd in=nostar/bpa value=0.0 type=double となる。ここでvalue=15.0/3600.0のような指定はできない。 3.設定できたのを確認したのち再度FITSファイルを出力 fits in=nostar op=xyout out=out.fits のステップで出来るはず. これをCASAに読み込む. casa CASA <2> importfits(fitsimage='out.fits',imagename='hoge.im') とかすればCASA形式(イメージ形式)で読み込まれる.

LINUX

2018-01-05T21:13:50+09:00

*LINUX関係のメモ **[[必要なライブラリが無い!>ライブラリ]] **[[必要なライブラリが無い!その2(nostar導入編)>ライブラリが無い！その２(nostar導入編)]] **[[他の方が作ってくださったスクリプトがこけるときに注意すること>他の方が作ってくださったスクリプトがこけるときに注意すること]]

他の方が作ってくださったスクリプトがこけるときに注意すること

2018-01-05T21:13:03+09:00

他の方が作ってくれたスクリプトをダウンロードしてきて動かそうとして、こけることは結構ある。特にログインシェルの設定をいじっていることで失敗するケースの対応メモ。 1. noclobberしてない? 僕の場合、ログインシェルのスクリプトを編集して使っているため、時々起こる事象。 set noclobber を設定していると、リダイレクトで既存ファイルを上書きすることができなくなる。つまり、 $ touch hoge.txt $ echo yaemugura > hoge.txt なんてやろうとしても hoge.txt: File exists. で失敗する。これは自分で書いたスクリプトなら中身がわかっているので間違いづらいけど、他の方が作ったスクリプトでは細部を把握していないので、場合によっては致命的になることがある。この場合、>の代わりに>|を使ってあげることでリダイレクトが可能になる(bashなどでも同様)。 sed -i.bak -e 's/ > / >| /g' fuga.sh とかでスクリプトの中身をガッツリ書き換える (僕はやらかしが非常に多いので、こんな感じで、fuga.sh.bak名のバックアップを作るようにしている)。或いは、スクリプトを一時的な用途でのみ使うのであればコンソールで unset noclobber としてあげても回避可能(こっちの方がいろいろミスが少なくて良いかもしれない)。

プログラム関係

2015-06-17T13:45:55+09:00

**[[Cのインストールメモ>Cの導入(Ubuntu12.04 with VMware)]] **[[APLpyの導入メモ>APLpyの導入]] **[[AIPSでクリーン済みマップに見せかける方法>AIPSでクリーン済みマップのように見せかける方法]] **[[CASAにNOSTAR経由のFITSを読ませる方法>CASAにNOSTAR経由のFITSを読ませる方法]] **[[clump同定(clumpfindほか編)>clump同定(clumpfindほか編)]]

ライブラリが無い！その２(nostar導入編)

2014-05-19T21:56:37+09:00

色々あってOracle VM VirtualBoxでCent OS 6に変更した。その過程でリダクションツールnostarがうまく動かないトラブルに見舞われたのでメモ(2014/05)。 IDLはVirtual Machineを導入(折角お高いIDLを卒業してpythonユーザーになろうとしていたのに…) ->これはIDLの販売元であるExelis http://www.exelisvis.co.jp の登録を済ませて、my accountからIDLの製品版をダウンロードすればよい。作業時(2014/05)でバージョン8.1が出回っている。これを入れた。コンパイル済みのnostar.savはバージョン7.1用のものを入れてみたが、少なくともこのIDLバージョンでは問題なかった。バーチャルマシンを使う時は idl -vm=~~.sav といった感じで使う。 (NROのページにもきちんと書いてある) またIDLのインストール場所がデフォルトでも nostarのマニュアルとは違う場所に設定されるので、起動スクリプトのIDL_DIR部分は対応するように書き換えておく。 (この前の段階でいくつか[[ライブラリ]]が無いと怒られた[何だったかは忘れた]が yum install (ライブラリ)で何とかなった。) まず適当な作業ディレクトリを作って試してみる。 ~/(作業ディレクトリ)/otfdata/raw ~/(作業ディレクトリ)/otfdata/map を作っておいてnostarと打ち、プロジェクト名に作業ディレクトリ名を入れる。で、適当なOTFデータをsplitしたところで baselineやflagタスクをやってもコケる。 #厳密に言うとコケないがスペクトルの描写がされない。これはnostarが開発されてから時間が経ったことで、 linuxではlibg2c.so.0というライブラリがデフォルトでは入らないことによる。このライブラリはそもそもfortranのソフトウェアであるg77に組み込まれていたもので、現在はすでに開発終了、gfortranがデフォルトになっているためである。つまり、このライブラリをちゃんと入れてやれば動くはず。ということで探してみる。以下のサイトで探すのが便利。 http://rpm.pbone.net/ searchからlibg2c.so.0を検索。各Linuxディストリビューション別にlibg2c.so.0が入るrpmをリストアップしてくれる。注意点はCent OS 6に対応するものが2種類あること(多分他のディストリビューションも同じ)。つまり32bit版と64bit版。ここでnostarが要求しているのは32bit版(普通に間違えて64bit版を入れてしまった) これを落としてきてrootで rpm -i (ファイル名) でOK. ちゃんと入ったかどうかは rpm -qm (入れたかったライブラリ名) でわかる。ちなみに64bit版は /usr/lib64 に入り、 32bit版は /usr/lib に入るので他のライブラリ関係の時も注意(特にpath周り)。

望遠鏡

2013-11-06T14:33:44+09:00

*望遠鏡とりあえず電波望遠鏡。 &bold(){単一鏡} NRO 45m (TIPS: Bump of Chickenの天体観測[シングル]、ポスターはここで撮影。小説版コンタクトではここで最初の信号を受信したことになっている。) Parkes 64m (TIPS: アポロ11号月面着陸の映画「月のひつじ(the Dish)」の舞台。というか実話。) MOPRA IRAM 30m SEST APEX 12m Arecibo 306m (TIPS: 既存で世界最大の単一鏡。大きすぎて天頂しか見れない。SETIで使ったりしている。007 ゴールデンアイで最後の戦闘シーンはここの鏡面。) &bold(){干渉計} ALMA (TIPS: ACIDMANのALMAはその名の通り、ALMAでPV撮影が行われている。なお、ALMAはスペイン語で魂の意味。) CARMA ATCA IRAM PdBI VLA (TIPS:映画版コンタクトの撮影場所。Night RangerのDawn Patrolジャケ、Bon JoviのEveryday PVなどで使われていたりする。) SMA

プロポーザル作成支援

2013-09-05T15:39:00+09:00

*各種基本公式 **感度計算 **速度分解能・Δv/c=Δf/f Δv[km/s]=3.0×10^2/f[GHz]×Δf[MHz] Δf[MHz]=Δv[km/s]/(3.0×10^2)×f[GHz] 例： 7.7 MHz (20 km/s @115.27 GHz) 1.9 MHz (5 km/s @115.27 GHz) 6.0 MHz (20 km/s @90 GHz) 1.5 MHz (5 km/s @90 GHz) **JyとKの換算 T[K]=13.6×λ^2[mm^2]/(θmaj×θmin[arcsec^2])×S[Jy] T[K]=15.4×λ^2[mm^2]/Ωbeam[arcsec^2]×S[Jy] Ωbeam=πθmajθmin/4ln2