http://w.atwiki.jp/yappy37gt/ Junya Yamagishi's Wiki ja 2009-10-20T15:23:35+09:00 1256019815 https://w.atwiki.jp/yappy37gt/pages/15.html -&bold(){エネルギー極小化(Minimization)計算は、溶質分子などに固定を行うなどして、二段階に実行する必要があるか。} --PTRAJやVMDで発生させる水は割と規則正しく並んでいて、溶質分子などによって環境が変わると、水分子の配置は大きく変わる。 --何も拘束をかけずにエネルギー極小化計算を行うと、溶質分子の構造はそれなりにずれる。 --特にパッキングされていないようなリガンドは、その影響を受けやすく構造がかなり変化してしまう。 --水だけを先に収束させておくことで、元の構造を割と保ったままエネルギー極小化計算が行える。 --また、水だけを先に収束させておくことにより、全体的に収束が早まる気もする。 2009-10-20T15:23:35+09:00 1256019815 https://w.atwiki.jp/yappy37gt/pages/1.html *やってること -Molecular Dynamics Simulation (AMBER, NAMD) -Docking Study (GOLD) -Programming (C, C++, CUDA, Python) *論文 -[[Analysis on the Water Retaining Capacity of Membrane by Molecular Dynamics Simulations>http://www.jstage.jst.go.jp/article/ejssnt/7/0/7_591/_article/-char/ja/]] *Profile -千葉大学 薬学部 総合薬品科学科卒業 -千葉大学 医学薬学府 総合薬品科学専攻 修士1年(2009年度現在) -薬品物理化学研究室 所属 *Hobby -Guitar(Paul Reed Smith, Fujigen) 合計：&counter() 今日：&counter(today) 昨日：&counter(yesterday) 2009-10-19T18:52:16+09:00 1255945936 https://w.atwiki.jp/yappy37gt/pages/2.html **メニュー -[[トップページ]] -[[TIPS (MD)]] -[[蔵書(分子シミュレーション)]] -[[蔵書(プログラミング関連)]] **更新履歴 #recent(5) #amazon2(120x240) 2009-10-19T18:28:51+09:00 1255944531 https://w.atwiki.jp/yappy37gt/pages/3.html **更新履歴 #recent(20) &link_editmenu2(ひゃはー=ここを編集) 2009-10-19T17:51:11+09:00 1255942271 https://w.atwiki.jp/yappy37gt/pages/13.html **分子シミュレーション関連 #amazon(4061543563,right) -&bold(){すぐできる分子シミュレーション ビギナーズマニュアル} --MDシミュレーションソフトAMBERを中心としたMDの初心者向け解説書。 --理論中心の小難しい話ではなく、実際にどのようにソフトウェアを実行するのか、何ができるかを話題の中心としている。 --これからMDを始める人におすすめ。 #amazon(0521825687,right) -&bold(){The Art of Molecular Dynamics Simulation} --MDパッケージを自作したい、カスタマイズしたい人にお勧め。 --MDの原理やC言語で書かれたサンプルプログラムが豊富。 #amazon(4805207523,right) -&bold(){分子モデリング概説 量子力学からタンパク質構造予測まで} --分子シミュレーションを幅広く取り扱ったバイブル的一冊。 --内容は分子シミュレーション全体に渡り、非常に勉強になる。 --この本で興味がある分野の概要を掴み、必要とあらば他の参考書や文献を探すのが良いだろう。 #amazon(4805207965,right) -&bold(){初心者のための分子モデリング} --内容は、上に記載した分子モデリング概説のコンパクト版と言ったところ。 --分子力場計算/量子力学計算を中心に解説する。 --値段は、分子モデリング概説よりはるかに安い。 2009-10-19T17:38:14+09:00 1255941494 https://w.atwiki.jp/yappy37gt/pages/14.html ***プログラミング関連 #amazon(4797349549,right) -&bold(){明快入門C++ シニア編} --このシリーズは入門書の中でも、もっともわかりやすく気に入っている。 --ビギナー編もあるが、内容が重なっている部分も多く、プログラミング自体が初めてというわけで無い限りはシニア編をお勧めする。 #amazon(4797325623,right) -&bold(){新訂 新C言語入門} --上に記載したシリーズのC言語版。 --こちらも特にプログラミング自体が初めてというわけでなければ、シニア編で十分である。 --解説は非常にわかりやすく、おすすめの一冊である。 --C++とC言語は似ているところがあり、本の内容も重なるところがあるので --将来的にC++の勉強をしたいのであれば、いきなりC++から始めてもよいと思う（ただし異なる言語であることは区別すること）。 #amazon(4274067300,right) -&bold(){Cによる探索プログラミング 基礎から遺伝的アルゴリズムまで} --遺伝的アルゴリズム(Genetic Algorithm: GA)などの進化的プログラミングの解説をする参考書は巷に多く存在するが、 --実際にコードを記載した本というのはそう多くない。 --この参考書を参考にすれば、遺伝的アルゴリズムは必ず実装できるであろう。 //#amazon(,right) -&bold(){} - - //#amazon(,right) -&bold(){} - - 2009-10-19T17:37:21+09:00 1255941441 https://w.atwiki.jp/yappy37gt/pages/4.html * ニュース @wikiのwikiモードでは #news(興味のある単語) と入力することで、あるキーワードに関連するニュース一覧を表示することができます 詳しくはこちらをご覧ください。 ＝＞http://atwiki.jp/guide/17_174_ja.html ----- たとえば、#news(wiki)と入力すると以下のように表示されます。 #news(wiki) 2009-10-19T14:17:28+09:00 1255929448 https://w.atwiki.jp/yappy37gt/pages/6.html * 更新履歴 @wikiのwikiモードでは #recent(数字) と入力することで、wikiのページ更新履歴を表示することができます。 詳しくはこちらをご覧ください。 ＝＞http://atwiki.jp/guide/17_117_ja.html ----- たとえば、#recent(20)と入力すると以下のように表示されます。 #recent(20) 2009-10-19T14:17:28+09:00 1255929448 https://w.atwiki.jp/yappy37gt/pages/7.html * アーカイブ @wikiのwikiモードでは #archive_log() と入力することで、特定のウェブページを保存しておくことができます。 詳しくはこちらをご覧ください。 ＝＞http://atwiki.jp/guide/25_171_ja.html ----- たとえば、#archive_log()と入力すると以下のように表示されます。 保存したいURLとサイト名を入力して"アーカイブログ"をクリックしてみよう #archive_log() 2009-10-19T14:17:28+09:00 1255929448 https://w.atwiki.jp/yappy37gt/pages/8.html * 動画(youtube) @wikiのwikiモードでは #video(動画のURL) と入力することで、動画を貼り付けることが出来ます。 詳しくはこちらをご覧ください。 ＝＞http://atwiki.jp/guide/17_209_ja.html また動画のURLはYoutubeのURLをご利用ください。 ＝＞http://www.youtube.com/ ----- たとえば、#video(http://youtube.com/watch?v=kTV1CcS53JQ)と入力すると以下のように表示されます。 #video(http://youtube.com/watch?v=kTV1CcS53JQ) 2009-10-19T14:17:28+09:00 1255929448