| 組織名 | 製作作者 | アジト | 備考 |
| ユニファイア | 劇場版の敵組織 | ||
| 邪魔大セブン | 変態黒子 | 井坂診療所の地下 | 四天王は4人以上いる 実際はkskstの隠れ蓑的な組織 |
| kskst | 変態黒子 | 井坂診療所の地下 | 数年前に壊滅するも復活 壊滅にはロイドさんなど優秀な決闘者数名が関わっている |
| ググレカス(ggrks) | 紅蒼の饅頭 | 本当の組織名は秘密。現在「約束の日」に向けての準備中 | |
| ＤＷＤＣ | 流星 | 精霊界…？ | 少数精鋭的な感じ。メンバー間の結束は強いが 最終的な目的はそれぞれバラバラ |
| シューティングスター・オーガニゼーション | コーヒー | 覇王城 | ダークヒーロー系 |
| ＧＯＤ三十六傑集 | コーヒー | 打倒コンマイ | |
| チーム・変態狩り | コーヒー | 全ての変態を狩り尽くせ！！ | |
| 大ショッカー | 風都くん | どこかの世界 | 今の所精霊狩り |
| ロイヤルナイツ | 風都くん | なし | 唯一の正義の味方組織？ |
| 凶悪決闘者五人衆 | ブーム | 治安維持局 | ７人いる、現在の目的は長官を探すことらしい |
| トワイライト | おしるこヌードル | ？？？ | 何かしら企んでいる、少数先鋭組織 |
| 宇宙海賊 春雨 | 邪教神の人 | ヴァルハラ | 設定が活かされたことが1度もない名前だけの組織 |
