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blast - (2009/11/06 (金) 18:04:21) の編集履歴(バックアップ)
blastをコマンドラインで走らせる
用意するもの
blast
データベース中の配列と相同性があるかを検索したいファイル
データベースファイル（fasta形式）
相同性があるかを調べたい配列のリスト。
この配列を用いてデータベースを作成し、queryファイルに対して相同性検索を行う
データベースは自前で用意する事も出来るし、web上のもの使う事が出来る
①データベースファイルを整形してデータベースを作る
./formatdb -i データベースファイル -n データベース名（好きに決めて良い） -p T
”-p” 核酸データのときはF、アミノ酸データのときはTを入れる
②作ったデータベースを用いて相同性検索を行う
./blastall -p blastn -d データベース名（webまたは①で作ったもの） -i queryファイル名 -e e値の上限 -o 出力ファイル名（好きに決めて良い）
”-p” blastn（核酸）またはblastp（アミノ酸）
