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こそ勉wiki内検索 / 「ファイル読み込み」で検索した結果

• ファイル読み込み
  ふつうのファイルの読みこみ open(FILE, test_1.fas ) or die "$!"; while (my $line= FILE ){ chomp $line;　 push(@array,$line); } close (FILE); １行目　open(FILE, ファイル名を入れる ) or die "$!"; ３行目　改行を取り除く。不必要な際は取り除いても良い forループを用いたファイルのオープン for($i=0;$i 1000;$i++) { $str="test_$i.fas"; open(FILE, $str) or die "$!"; while (my $line= FILE ){ push(@array,$line); } close (FILE); 処...
• perl
  perl ファイル読み込み fastaファイルの処理 フォルダの中を一気に読み込む
• fastaファイルの処理
  fastaファイルの処理 open(FILE, filename.fas ) or die "$!"; while (my $line= FILE ){ chomp $line; push(@array,$line); } close (FILE); fastaファイルを読み込んだときは $array[0]=　 配列名 $array[1]=　DNA配列 $array[2]=　DNA配列 　　：　　　　： となっているので、何か解析をしたいときにはgrepを使ってDNA配列とそれ以外を分ける必要がある 下の例では正規表現をつかって前方が英数字と一致するもののみを抜き出し、seq配列に格納している my @seq=(); #配列の初期化 @seq=grep(/^¥w/,@array); または、ハッシュに配列名（キー）、DNA配列（値）とし...
• フォルダの中を一気に読み込む
  フォルダの中を一気に読み込む wgetなんかで大量の種のゲノムを取り込んだときに、genomesフォルダの中にどんなフォルダやファイルがあるかわからない時に、とりあえず一括で処理するコマンド 例： あるフォルダの中に大量のフォルダまたはファイルがあるとき、フォルダ中のファイルの一覧を取得する。 @folder_list = (); opendir(DIR,"genomes"); while (defined($dir = readdir(DIR))){ unless($dir eq . || $dir eq .. || $dir eq .DS_Store ){ push(@folder_list, $dir); } } closedir(DIR); この場合、genomesフォルダの中にある., .., .DS_Store以外のすべての...
• perl1
  まずはファイルを開く事から始めましょう 適当にファイルを作ります seq1 aaaaaaaaaaaaaa seq2 bbbbbbbbbbbbbbbbb こんな感じので良いですので適当に作って”改行コードはUNIX”※で適当に名前をつけて保存して下さい ここではseq.fasとします （本来のfastaファイルでは、配列名の前に＞がつくんだけど、このwikiだと変な風になっちゃうのでのけといた） ※Windows,Macといったその他の改行コードではうまく読み込めません もちろん全角文字やスペースが入っていてもいけません んで、別なファイルを使ってperlのコードを書きます ここではopen.plとします 最初はよく分からないと思うのでとりあえずまねして書いて下さい use strict; use warnings; my (@arra...
• clustal X
  clustal X の使い方　　071120 clustal Wはアライメントを行うソフトです。 Wはコマンドラインで動くもので、Xはそれをインターフェィス化したものです。 バージョンが新しくなってかっこ良くなりました。 上であげたMEGAにclustal W が入っている上、clustal X単体では作成したtreeを見たり、 配列を編集したりする機能が劣るため、個人的にはMEGAやbioeditみたいな いろいろできるソフトを使えるようになった方が便利だと考えていますが、 とりあえずwindows環境が無いなどの理由で使い方を教えてくれという要請があったためマニュアルを作成しました。 つまりmac版の説明になります。 入手法 このサイトで入手できます http //bips.u-strasbg.fr/fr/Documentation/ClustalX...
• clustal W
  クラスタル"W" Xではない。コマンドラインで走る方である。バージョンclustalw-2.1-macosxをもとにしている。 サイズの大きなファイルも読み込めるので重宝している。しかし、variableな領域においてはアライメントの精度は良くはないので、必ずアライメント後は目でチェックする事をお勧めする 読めるファイル→NBRF-PIR, EMBL-SWISSPROT, Pearson (Fasta), Clustal (*.aln), GCG-MSF (Pileup), GCG9-RSF and GDE flat file アライメントする ./clustalw2 -INFILE=アライメントしたい配列の名前 で一応プログラムは走る。配列はクラスタルの実行ファイルと同じフォルダに入れる. 配列中のA,T,G,C,Nの割合が75%を...
• perl、、、ですか
  バイオの研究するんだったらperlとか出来た方が良いよー とかそんな急に言われても・・・ という人用です。 perl0 まずはperlを走らそう perl1 初めにファイルを開こう perl2? 次に配列を読み込もう perl3? 目的に合わせて解析しよう perl4? 結果を書き出そう 参考にした本 結城浩　「新版Perl言語プログラミングレッスン入門編」ソフトバンククリエイティブ 2006年 水島洋　ら　「バイオインフォマティクスのためのPerl入門」オライリー・ジャパン 　2002年
• HMMER
  HMMER HMMERは、隠れマルコフモデルを使って目的の配列中に特定のドメイン構造があるかどうかを調べてくれるソフトです。 インストール、使い方などは至極簡単で、 基本はマニュアルに従えば良しです。 とりあえずマニュアルに従ってインストールします インストールできたら、用意するもの 実際にドメイン構造を調べたいアミノ酸配列のデータ（複数個でもOKだが、アミノ酸配列である事が必要。 fas形式でOK 改行コードはUNIX） ドメイン構造のシードファイル（同じくfas形式でOK 改行コードはUNIX） これらをhmmerフォルダの中のsrcフォルダに移動させます。 んで、ターミナルか何かで自分もsrcフォルダの中に移動します。 まずはシードファイルをもとにモデルをたてます。 hmmer-2.3.2/src yotako$ hmmbuild モデルの...
• blast
  blastをコマンドラインで走らせる 用意するもの blast queryファイル（fasta形式） データベース中の配列と相同性があるかを検索したいファイル データベースの配列 データベースファイル（fasta形式） 相同性があるかを調べたい配列のリスト。 この配列を用いてデータベースを作成し、queryファイルに対して相同性検索を行う データベースは自前で用意する事も出来るし、web上のもの使う事が出来る ①データベースファイルを整形してデータベースを作る ./formatdb -i データベースファイル -n データベース名（好きに決めて良い） -p T 　”-p”　核酸データのときはF、アミノ酸データのときはTを入れる ②作ったデータベースを用いて相同性検索を行う ./blastall -p blastn -d データベー...
• wget
  wgetでファイルを一括ダウンロード 今のマシン環境　mac OS10.5 wgetのバージョン　wget-1.10.2 http //ftp.gnu.org/gnu/wget/からソースをゲット フォルダを展開してそのフォルダ内に移動 ①./configure ②make ③make installでOK うまく行かない場合はsudoをつけてやってみて ④実行ファイルがsrcフォルダの中にあるから、新しいフォルダの中にコピーするなりそのまま使うなりする データのダウンロード NCBIからゲノムの情報を一括で取ってきたい場合とか wget オプション URL 基本的なコマンドはこちらhttp //bioinfo-goto.seesaa.net/article/1733498.htmlを参照されたし 拡張子を指定して（fna...
• xargs
  コマンドが長すぎるとおこられるみたい。そのときはxargsを使いましょう [mv] find ./ -name "ファイルの名前" -print0 | xargs -0 -I {} mv {} ./ファイルの格納先 例；find ./ -name "10C2G3R0C0.001L100_1*.fas" -print0 | xargs -0 -I {} mv {} ./10C2G3R0C0.001L100 [rm] find . -name "ファイルの名前" -print0|xargs -0 rm 例；find . -name "1C2G2R0C0.01L100*B0.phy_phyml_lk.txt" -print0|xargs -0 rm
• perl0
  まずは走らせることから始めましょ 注意：macでの話をします。 ①アプリケーションフォルダの中にターミナルってあるからそれを立ち上げる。やる気があるならdocにターミナルのアイコンを移動してショートカットを作成する ②メモ帳（私は耳かきエディットを使っています。http //www.mimikaki.net/よりフリーでダウンロードできます）を立ち上げる。 ③メモ帳にとりあえず use strict; use warnings; print "hello,perl¥n"; と書く。コピペしてもよいが、¥をバックスペースにかえること。 んで、hello.plという名前を付けてコンピュータのどこでもいいから保存。心配ならホームディレクトリに保存するよろし。 ④ターミナルを使ってhello.plファイルのあるところまで移動する。 ホームディレクト...
• PhyML
  phymlはDNAやアミノ酸配列のアライメントを使っていろいろなモデルで最尤treeをつくるソフトですよって コマンドラインでいけますよ ./phyml ①配列ファイル名 ②データタイプ ③配列のフォーマット ④データセット数 ⑤ブートストラップデータセットの数 ⑥置換モデル ⑦ts/tv比 ⑧invariable siteの割合 ⑨置換率のカテゴリーの数 ⑩ガンマ分布のshape parameter ⑪初期tree ⑫optimise topology⑬optimise branch lengths and rate parameters 例（DNA）./phyml seqs1 0 i 2 0 HKY 4.0 e 1 1.0 BIONJ y y 例（AA） ./phyml seqs2 1 i 1 0 JTT 0.0 4 1.0 BIONJ n n ①配列ファイル...
• Latex
  Latexなんてきらいよ！ macなのでtexshopをインストール 論文リストをipaperソフトでつくってbib形式でエクスポート ※ipaperで作ると　Abc, D. E.としたい所がAbc, D.E.となったりミドルネームが抜けたりするので訂正 bibの名前をlatexの文中の\bibliography{bibの名前}の所に入れる bibをbibtexモードでコンパイル メインファイルをLatexモードでコンパイル もしうまくいかないようならauxファイルを消してもう一回コンパイル ２、３回繰り返さないと変更が反映されない場合が多い %は”以降の分を表示させない”という意味を持っているので、文中に％を表示させたいときは\%とエスケープをつける
• amplify
  Amplify 3X　071120 amplifyはPCRやシークエンス用に作成したプライマーの性能を物理的性質に従ってシミュレーションするものです。 これによりダイマーのできやすさなどを調べることができます。 macOSXで走ります 入手 http //engels.genetics.wisc.edu/amplify/ のサイトで入手することができます。 解凍されたファイルを指示に従ってアプリケーションフォルダにコピーしてください ターゲット配列の入力 File→newをクリックすると、 のようなウィンドウ配列が現れます（ターゲット配列を入力するフォーム） ここに増やしたい配列をコピーします プライマー配列の入力 また、window→primer listをクリックすると のようなウィンドウ（デフォルトではたくさんのプライマー...
• MEGA
  MEGA3の使い方 現在MEGA4が出ています。 http //evolgen.biol.metro-u.ac.jp/MEGA/ のサイト（開発者によるサイト）により詳しい使い方が紹介されていますので参照されたし。 追記：2011.10.29最近はもっと新しいバージョンがでていますのでそちらをどうぞ 管理人作マニュアル 配列の取り込み、アライメント、アライメントした配列の編集 MEGA3man1.pdf アライメントした配列のグルーピング、ドメイン指定 MEGA3man2.pdf 系統樹の作成など MEGA3man3.pdf
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