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ブログ/2008年10月23日
ブログ/2008年10月23日/作り替えてみた #blognavi
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(2008年10月23日) 作り替えてみた
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ブログ/2008年10月23日/作り替えてみた
#blognavi それげな単語で検索すると、意外に上位にヒットしているみたいです。 てことは、さすがに何か困ったことがあって検索して、いざサイト見てみたら会員限定てのは、うーむ、感じが悪い。 ということで見てもいいように作り替えました。 毎日更新してたら、さすがに仕事してない人みたいなので 気が向いたら、てことにしといて下さい。 カテゴリ [このサイトについて] - trackback- 2008年10月23日 20 35 15 #blognavi
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perl、、、ですか
バイオの研究するんだったらperlとか出来た方が良いよー とかそんな急に言われても・・・ という人用です。 perl0 まずはperlを走らそう perl1 初めにファイルを開こう perl2? 次に配列を読み込もう perl3? 目的に合わせて解析しよう perl4? 結果を書き出そう 参考にした本 結城浩 「新版Perl言語プログラミングレッスン入門編」ソフトバンククリエイティブ 2006年 水島洋 ら 「バイオインフォマティクスのためのPerl入門」オライリー・ジャパン 2002年
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初めに こんにちわ。こちらこそ勉wikiです。バイオインフォ？系の豆知識を中心にまとめています。このwikiはさかのぼることx年前、修士の院試を受ける時に作り始めました。んで、長い間放置していたのですが、最近作った分をまた公開し始めました。コンピューター音痴のくせにドライのラボに所属している管理人が悪戦苦闘しながら更新しています。ソフトをダウンロードしても長々と説明がしてあったり、そもそもマニュアルがコンピューターの知識がある人向けにしてあったりと、初心者に優しくないソフト共に対して「とにかく走らせるためにはどうしたらいいんじゃ」ということを中心に書いているつもりです。 注意。このページは管理人が自身の忘備録として作っています。従って説明が不十分であったり、時には間違っていたりすることがあります。あくまでも参考程度に使ってください。 コンテンツとだいたいの説明 ↓メインで更新し...
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clustal W
クラスタル"W" Xではない。コマンドラインで走る方である。バージョンclustalw-2.1-macosxをもとにしている。 サイズの大きなファイルも読み込めるので重宝している。しかし、variableな領域においてはアライメントの精度は良くはないので、必ずアライメント後は目でチェックする事をお勧めする 読めるファイル→NBRF-PIR, EMBL-SWISSPROT, Pearson (Fasta), Clustal (*.aln), GCG-MSF (Pileup), GCG9-RSF and GDE flat file アライメントする ./clustalw2 -INFILE=アライメントしたい配列の名前 で一応プログラムは走る。配列はクラスタルの実行ファイルと同じフォルダに入れる. 配列中のA,T,G,C,Nの割合が75%を...
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