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こそ勉wiki内検索 / 「DNAの複製」で検索した結果

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  • お勉強編
    ... DNAの構造, DNAの複製, DNA配列の決定法, テロメア, 電気泳動法, 転写, Two hybrid法, 特定の配列をノックアウトする方法, トランスポゾン, ハイブリッド形成法, ヒトゲノム, フットプリント法, 翻訳, レポーター遺伝子, 集団生物編, 集団生物編?, アカパンカビの遺伝, 遺伝的浮動?, Fstとは?, 近交弱勢?, CIB法, 性染色体, 突然変異, 染色体逆位, 付着X染色体, 分子進化の中立説, ヘテロザイゴシティ, 生化学編, 生化学編, カラムクロマトグラフィー, アフィニティークロマトグラフィー, SDS-PAGE, 高校の復習～, 高校レヴェル, 微分積分, 数列?,
  • DNasp
    DnaSP DnaSPはアライメントした配列に対してπやTajima s DやFstを計算してくれる便利な計算ソフトです。 なにげにコアレスセントシミュレーションなんかもできるやつです。 http //www.ub.es/dnasp/ でゲットできます。 windowsで走ります。
  • fastaファイルの処理
    fastaファイルの処理 open(FILE, filename.fas ) or die "$!"; while (my $line= FILE ){ chomp $line; push(@array,$line); } close (FILE); fastaファイルを読み込んだときは $array[0]=　 配列名 $array[1]=　DNA配列 $array[2]=　DNA配列 　　：　　　　： となっているので、何か解析をしたいときにはgrepを使ってDNA配列とそれ以外を分ける必要がある 下の例では正規表現をつかって前方が英数字と一致するもののみを抜き出し、seq配列に格納している my @seq=(); #配列の初期化 @seq=grep(/^¥w/,@array); または、ハッシュに配列名（キー）、DNA配列（値）とし...
  • PhyML
    phymlはDNAやアミノ酸配列のアライメントを使っていろいろなモデルで最尤treeをつくるソフトですよって コマンドラインでいけますよ ./phyml ①配列ファイル名 ②データタイプ ③配列のフォーマット ④データセット数 ⑤ブートストラップデータセットの数 ⑥置換モデル ⑦ts/tv比 ⑧invariable siteの割合 ⑨置換率のカテゴリーの数 ⑩ガンマ分布のshape parameter ⑪初期tree ⑫optimise topology⑬optimise branch lengths and rate parameters 例（DNA）./phyml seqs1 0 i 2 0 HKY 4.0 e 1 1.0 BIONJ y y 例（AA） ./phyml seqs2 1 i 1 0 JTT 0.0 4 1.0 BIONJ n n ①配列ファイル...
  • phylip
    phylip NJtreeを作る 基本的な流れ phylip file - [dnadist]- output file- [NEIGHBOUR]
  • マニュアル集
    各種ソフトの使い方をマニュアル化したものを置いておきます 基本的に作りっぱなしなので、アップデート等には対応しかねますのであしからず。 作った順番順 MEGA clustal X amplify HMMER phyML phylip blast wget Mauve Latex clustal W 気が向いたら更新します DNasp
  • clustal W
    クラスタル"W" Xではない。コマンドラインで走る方である。バージョンclustalw-2.1-macosxをもとにしている。 サイズの大きなファイルも読み込めるので重宝している。しかし、variableな領域においてはアライメントの精度は良くはないので、必ずアライメント後は目でチェックする事をお勧めする 読めるファイル→NBRF-PIR, EMBL-SWISSPROT, Pearson (Fasta), Clustal (*.aln), GCG-MSF (Pileup), GCG9-RSF and GDE flat file アライメントする ./clustalw2 -INFILE=アライメントしたい配列の名前 で一応プログラムは走る。配列はクラスタルの実行ファイルと同じフォルダに入れる. 配列中のA,T,G,C,Nの割合が75%を...
  • xargs
    コマンドが長すぎるとおこられるみたい。そのときはxargsを使いましょう [mv] find ./ -name "ファイルの名前" -print0 | xargs -0 -I {} mv {} ./ファイルの格納先 例；find ./ -name "10C2G3R0C0.001L100_1*.fas" -print0 | xargs -0 -I {} mv {} ./10C2G3R0C0.001L100 [rm] find . -name "ファイルの名前" -print0|xargs -0 rm 例；find . -name "1C2G2R0C0.01L100*B0.phy_phyml_lk.txt" -print0|xargs -0 rm
  • ブログ/2008年10月23日/作り替えてみた
    #blognavi それげな単語で検索すると、意外に上位にヒットしているみたいです。 てことは、さすがに何か困ったことがあって検索して、いざサイト見てみたら会員限定てのは、うーむ、感じが悪い。 ということで見てもいいように作り替えました。 毎日更新してたら、さすがに仕事してない人みたいなので 気が向いたら、てことにしといて下さい。 カテゴリ [このサイトについて] - trackback- 2008年10月23日 20 35 15 #blognavi
  • wget
    wgetでファイルを一括ダウンロード 今のマシン環境　mac OS10.5 wgetのバージョン　wget-1.10.2 http //ftp.gnu.org/gnu/wget/からソースをゲット フォルダを展開してそのフォルダ内に移動 ①./configure ②make ③make installでOK うまく行かない場合はsudoをつけてやってみて ④実行ファイルがsrcフォルダの中にあるから、新しいフォルダの中にコピーするなりそのまま使うなりする データのダウンロード NCBIからゲノムの情報を一括で取ってきたい場合とか wget オプション URL 基本的なコマンドはこちらhttp //bioinfo-goto.seesaa.net/article/1733498.htmlを参照されたし 拡張子を指定して（fna...
  • ブログ/2008年10月23日
    ブログ/2008年10月23日/作り替えてみた #blognavi
  • clustal X
    clustal X の使い方　　071120 clustal Wはアライメントを行うソフトです。 Wはコマンドラインで動くもので、Xはそれをインターフェィス化したものです。 バージョンが新しくなってかっこ良くなりました。 上であげたMEGAにclustal W が入っている上、clustal X単体では作成したtreeを見たり、 配列を編集したりする機能が劣るため、個人的にはMEGAやbioeditみたいな いろいろできるソフトを使えるようになった方が便利だと考えていますが、 とりあえずwindows環境が無いなどの理由で使い方を教えてくれという要請があったためマニュアルを作成しました。 つまりmac版の説明になります。 入手法 このサイトで入手できます http //bips.u-strasbg.fr/fr/Documentation/ClustalX...
  • amplify
    Amplify 3X　071120 amplifyはPCRやシークエンス用に作成したプライマーの性能を物理的性質に従ってシミュレーションするものです。 これによりダイマーのできやすさなどを調べることができます。 macOSXで走ります 入手 http //engels.genetics.wisc.edu/amplify/ のサイトで入手することができます。 解凍されたファイルを指示に従ってアプリケーションフォルダにコピーしてください ターゲット配列の入力 File→newをクリックすると、 のようなウィンドウ配列が現れます（ターゲット配列を入力するフォーム） ここに増やしたい配列をコピーします プライマー配列の入力 また、window→primer listをクリックすると のようなウィンドウ（デフォルトではたくさんのプライマー...
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