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こそ勉wiki内検索 / 「amplify」で検索した結果

• amplify
  Amplify 3X　071120 amplifyはPCRやシークエンス用に作成したプライマーの性能を物理的性質に従ってシミュレーションするものです。 これによりダイマーのできやすさなどを調べることができます。 macOSXで走ります 入手 http //engels.genetics.wisc.edu/amplify/ のサイトで入手することができます。 解凍されたファイルを指示に従ってアプリケーションフォルダにコピーしてください ターゲット配列の入力 File→newをクリックすると、 のようなウィンドウ配列が現れます（ターゲット配列を入力するフォーム） ここに増やしたい配列をコピーします プライマー配列の入力 また、window→primer listをクリックすると のようなウィンドウ（デフォルトではたくさんのプライマー...
• マニュアル集
  ...clustal X amplify HMMER phyML phylip blast wget Mauve Latex clustal W 気が向いたら更新します DNasp
• PhyML
  phymlはDNAやアミノ酸配列のアライメントを使っていろいろなモデルで最尤treeをつくるソフトですよって コマンドラインでいけますよ ./phyml ①配列ファイル名 ②データタイプ ③配列のフォーマット ④データセット数 ⑤ブートストラップデータセットの数 ⑥置換モデル ⑦ts/tv比 ⑧invariable siteの割合 ⑨置換率のカテゴリーの数 ⑩ガンマ分布のshape parameter ⑪初期tree ⑫optimise topology⑬optimise branch lengths and rate parameters 例（DNA）./phyml seqs1 0 i 2 0 HKY 4.0 e 1 1.0 BIONJ y y 例（AA） ./phyml seqs2 1 i 1 0 JTT 0.0 4 1.0 BIONJ n n ①配列ファイル...
• perl1
  まずはファイルを開く事から始めましょう 適当にファイルを作ります seq1 aaaaaaaaaaaaaa seq2 bbbbbbbbbbbbbbbbb こんな感じので良いですので適当に作って”改行コードはUNIX”※で適当に名前をつけて保存して下さい ここではseq.fasとします （本来のfastaファイルでは、配列名の前に＞がつくんだけど、このwikiだと変な風になっちゃうのでのけといた） ※Windows,Macといったその他の改行コードではうまく読み込めません もちろん全角文字やスペースが入っていてもいけません んで、別なファイルを使ってperlのコードを書きます ここではopen.plとします 最初はよく分からないと思うのでとりあえずまねして書いて下さい use strict; use warnings; my (@arra...
• clustal X
  clustal X の使い方　　071120 clustal Wはアライメントを行うソフトです。 Wはコマンドラインで動くもので、Xはそれをインターフェィス化したものです。 バージョンが新しくなってかっこ良くなりました。 上であげたMEGAにclustal W が入っている上、clustal X単体では作成したtreeを見たり、 配列を編集したりする機能が劣るため、個人的にはMEGAやbioeditみたいな いろいろできるソフトを使えるようになった方が便利だと考えていますが、 とりあえずwindows環境が無いなどの理由で使い方を教えてくれという要請があったためマニュアルを作成しました。 つまりmac版の説明になります。 入手法 このサイトで入手できます http //bips.u-strasbg.fr/fr/Documentation/ClustalX...
• fastaファイルの処理
  fastaファイルの処理 open(FILE, filename.fas ) or die "$!"; while (my $line= FILE ){ chomp $line; push(@array,$line); } close (FILE); fastaファイルを読み込んだときは $array[0]=　 配列名 $array[1]=　DNA配列 $array[2]=　DNA配列 　　：　　　　： となっているので、何か解析をしたいときにはgrepを使ってDNA配列とそれ以外を分ける必要がある 下の例では正規表現をつかって前方が英数字と一致するもののみを抜き出し、seq配列に格納している my @seq=(); #配列の初期化 @seq=grep(/^¥w/,@array); または、ハッシュに配列名（キー）、DNA配列（値）とし...
• phylip
  phylip NJtreeを作る 基本的な流れ phylip file - [dnadist]- output file- [NEIGHBOUR]
• HMMER
  HMMER HMMERは、隠れマルコフモデルを使って目的の配列中に特定のドメイン構造があるかどうかを調べてくれるソフトです。 インストール、使い方などは至極簡単で、 基本はマニュアルに従えば良しです。 とりあえずマニュアルに従ってインストールします インストールできたら、用意するもの 実際にドメイン構造を調べたいアミノ酸配列のデータ（複数個でもOKだが、アミノ酸配列である事が必要。 fas形式でOK 改行コードはUNIX） ドメイン構造のシードファイル（同じくfas形式でOK 改行コードはUNIX） これらをhmmerフォルダの中のsrcフォルダに移動させます。 んで、ターミナルか何かで自分もsrcフォルダの中に移動します。 まずはシードファイルをもとにモデルをたてます。 hmmer-2.3.2/src yotako$ hmmbuild モデルの...
• ファイル読み込み
  ふつうのファイルの読みこみ open(FILE, test_1.fas ) or die "$!"; while (my $line= FILE ){ chomp $line;　 push(@array,$line); } close (FILE); １行目　open(FILE, ファイル名を入れる ) or die "$!"; ３行目　改行を取り除く。不必要な際は取り除いても良い forループを用いたファイルのオープン for($i=0;$i 1000;$i++) { $str="test_$i.fas"; open(FILE, $str) or die "$!"; while (my $line= FILE ){ push(@array,$line); } close (FILE); 処...
• perl0
  まずは走らせることから始めましょ 注意：macでの話をします。 ①アプリケーションフォルダの中にターミナルってあるからそれを立ち上げる。やる気があるならdocにターミナルのアイコンを移動してショートカットを作成する ②メモ帳（私は耳かきエディットを使っています。http //www.mimikaki.net/よりフリーでダウンロードできます）を立ち上げる。 ③メモ帳にとりあえず use strict; use warnings; print "hello,perl¥n"; と書く。コピペしてもよいが、¥をバックスペースにかえること。 んで、hello.plという名前を付けてコンピュータのどこでもいいから保存。心配ならホームディレクトリに保存するよろし。 ④ターミナルを使ってhello.plファイルのあるところまで移動する。 ホームディレクト...
• xargs
  コマンドが長すぎるとおこられるみたい。そのときはxargsを使いましょう [mv] find ./ -name "ファイルの名前" -print0 | xargs -0 -I {} mv {} ./ファイルの格納先 例；find ./ -name "10C2G3R0C0.001L100_1*.fas" -print0 | xargs -0 -I {} mv {} ./10C2G3R0C0.001L100 [rm] find . -name "ファイルの名前" -print0|xargs -0 rm 例；find . -name "1C2G2R0C0.01L100*B0.phy_phyml_lk.txt" -print0|xargs -0 rm
• フォルダの中を一気に読み込む
  フォルダの中を一気に読み込む wgetなんかで大量の種のゲノムを取り込んだときに、genomesフォルダの中にどんなフォルダやファイルがあるかわからない時に、とりあえず一括で処理するコマンド 例： あるフォルダの中に大量のフォルダまたはファイルがあるとき、フォルダ中のファイルの一覧を取得する。 @folder_list = (); opendir(DIR,"genomes"); while (defined($dir = readdir(DIR))){ unless($dir eq . || $dir eq .. || $dir eq .DS_Store ){ push(@folder_list, $dir); } } closedir(DIR); この場合、genomesフォルダの中にある., .., .DS_Store以外のすべての...
• clustal W
  クラスタル"W" Xではない。コマンドラインで走る方である。バージョンclustalw-2.1-macosxをもとにしている。 サイズの大きなファイルも読み込めるので重宝している。しかし、variableな領域においてはアライメントの精度は良くはないので、必ずアライメント後は目でチェックする事をお勧めする 読めるファイル→NBRF-PIR, EMBL-SWISSPROT, Pearson (Fasta), Clustal (*.aln), GCG-MSF (Pileup), GCG9-RSF and GDE flat file アライメントする ./clustalw2 -INFILE=アライメントしたい配列の名前 で一応プログラムは走る。配列はクラスタルの実行ファイルと同じフォルダに入れる. 配列中のA,T,G,C,Nの割合が75%を...
• Latex
  Latexなんてきらいよ！ macなのでtexshopをインストール 論文リストをipaperソフトでつくってbib形式でエクスポート ※ipaperで作ると　Abc, D. E.としたい所がAbc, D.E.となったりミドルネームが抜けたりするので訂正 bibの名前をlatexの文中の\bibliography{bibの名前}の所に入れる bibをbibtexモードでコンパイル メインファイルをLatexモードでコンパイル もしうまくいかないようならauxファイルを消してもう一回コンパイル ２、３回繰り返さないと変更が反映されない場合が多い %は”以降の分を表示させない”という意味を持っているので、文中に％を表示させたいときは\%とエスケープをつける
• ゲノム解析の手順
  ゲノム解析の手順 ※ごめん、まだ編集中。文章がわかりにくい ゲノム配列、unigene,ESTなどの配列のセットから自分の調べたい配列のみを選んで取ってくる手順 １　似たものを探す 既知の配列をクエリーにして、配列のセットに対してtblast nを行い、相同性の高い配列を得る。 このとき、”Evalueが一定値（10の-10乗とか）以下”、などの基準を設け、配列のセットの中からクエリー配列に似た配列のみを集める。 ２　目的以外の遺伝子をふるい落とす tblast nによる相同性検索だけでは、得たい遺伝子に似た配列を持つが、実際には得たい遺伝子とは異なる遺伝子が含まれている可能性がある。従ってこれらをふるい落とす手順が必要になる。 １で得られた”クエリー配列に相同性を持つ配列のセット”に対して、１つ１つblast Pでデータベース上に登録されている全ての遺伝子...
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