| 番号 | 曲名 | 補足 | 順位 |
| - | add'ua | オープニングテーマ 歌：村瀬由衣 |
|
| 3 | 悪徳商人を成敗せよ | ステージ1 | |
| 4 | 密書を運べ | ステージ2 | |
| 5 | 捕虜を助け出せ | ステージ3 | |
| 14 | 危機 | ボス戦 | |
| 8 | 邪教卍教の御神体 | ステージ4 | |
| 9 | 南蛮海賊の来襲 | ステージ5 | |
| - | aminina -天誅組曲- | 未使用曲 歌：村瀬由衣 |
|
| 10 | 姫の大病 | ステージ6 | 初代PS287位 |
| 11 | 鬼の城 | ステージ7 | |
| 12 | 闇の城へ | ステージ8 | |
| - | 悠遠 | エンディング | |
| サントラ未収録曲(仮曲名) | |||
| 1 | タイトル画面 | ||
| 2 | キャラクター選択 | ||
| 13 | 忍術指南 | チュートリアル | |
| - | あらすじ(悪徳商人を成敗せよ) | ||
| - | あらすじ(密書を運べ) | ||
| - | あらすじ(捕虜を助け出せ) | ||
| - | あらすじ(邪教卍教の御神体) | ||
| - | あらすじ(南蛮海賊の来襲) | ||
| 15 | バルマー戦 | ||
| - | あらすじ(姫の大病) | ||
| - | あらすじ(闇の城へ) | ||
| 17 | 冥王戦 | ||
| 18 | 忍務失敗 | ||
| 19 | 任務評価 | リザルト | |
| 忍凱旋追加曲(仮曲名) | |||
| 6 | 関所を越えろ | 追加ステージ | |
| 7 | 悪の奉行を討伐せよ | 追加ステージ | |
| - | あらすじ(関所を越えろ) | ||
| - | あらすじ(悪の奉行を討伐せよ) | ||
| - | 鬼陰登場 | ||
| 16 | 鬼陰戦 | 第14回954位 | |
*1 天誅参 サウンドトラック ライナーノートより
