| No. | ボーナス名 | DP | 倍化 | 詳しい条件・備考・倍率 |
| 001 | クリアボーナス | 8 | ○ | クリア回数が倍率 |
| 002 | レベルボーナス | 4 | ○ | デュエリストレベルが倍率 |
| 003 | チャレンジボーナス | 4 | ○ | 達成済みチャレンジが倍率 |
| 004 | 敗北 | × | デュエルに敗北した | |
| 005 | 引き分けボーナス | × | デュエルに引き分けた | |
| 006 | ターン数ボーナス | 2 | ○ | ターン数が倍率 |
| 007 | タッグ勝利ボーナス | 200 | × | タッグデュエルで勝利した |
| 008 | 通信デュエル勝利ボーナス | × | 通信対戦で勝利した ※下記注意 | |
| 009 | マッチ勝利ボーナス | 50 | × | マッチ戦で勝利した |
| 010 | レベルアップボーナス | 500 | × | レベルアップした |
| 011 | デュエリストボーナス | 100 | × | 相手のデッキレベルが倍率 タッグデュエルの場合相手2人の平均（端数切り捨て） |
| 012 | エクゾディア勝利 | 100 | × | 封印されしエクゾディアのカード効果で勝利した |
| 013 | ウィジャ盤勝利 | 200 | × | ウィジャ盤のカード効果で勝利した |
| 014 | デッキ切れ勝利 | 50 | × | 相手のデッキ切れで勝利した |
| 015 | カウントダウン勝利 | 100 | × | 終焉のカウントダウンの効果で勝利した |
| 016 | ラストバトル勝利 | 100 | × | ラストバトル！のカード効果で勝利した |
| 017 | ヴェノミナーガ勝利 | 100 | × | 毒蛇神ヴェノミナーガのカード効果で勝利した |
| 018 | エクゾディオス勝利 | 100 | × | 究極封印神エクゾディオスのカード効果で勝利した |
| 019 | 早期決着ボーナス | 20 | × | 5ターン以内に勝利した |
| 020 | 逆転勝利ボーナス | 20 | × | 勝利ターン開始時に相手よりもLPが低かった |
| 021 | 相手ターン勝利ボーナス | 50 | × | 相手ターン中に勝利した |
| 022 | パートナー勝利ボーナス | 100 | × | タッグデュエルにおいてパートナーがトドメを刺した |
| 023 | LPギリギリボーナス | 50 | × | LP1000以下で勝利 |
| 024 | LP超ギリギリボーナス | 200 | × | LP100以下で勝利 ※023と自動的に同時取得 |
| 025 | ノーダメージボーナス | 50 | × | （コストを含めて）LPが一度も減らなかった |
| 026 | LP20000オーバーボーナス | 50 | × | LPが20000を超えた |
| 027 | コナミ・ボーナス | 573 | × | 勝利時にLPが5730 ※下記注意 |
| 028 | デッキギリギリボーナス | 50 | × | 勝利時のデッキ枚数が5枚以下だった |
| 029 | デッキ超ギリギリボーナス | 200 | × | 勝利時のデッキ枚数が0枚だった |
| 030 | 魔法カード使用ボーナス | 2 | ○ | 魔法カードを使用した |
| 031 | 罠カード使用ボーナス | ○ | 罠カードを使用した回数が?回以上 | |
| 032 | 魔法カード未使用ボーナス | 150 | × | 魔法カードを使用しなかった |
| 033 | 罠カード未使用ボーナス | 150 | × | 罠カードを使用しなかった |
| 034 | 融合召喚ボーナス | 10 | ○ | 融合召喚をした |
| 035 | 儀式召喚ボーナス | 10 | ○ | 儀式召喚をした |
| 036 | アドバンス召喚ボーナス | 10 | ○ | アドバンス召喚をした |
| 037 | シンクロ召喚ボーナス | ○ | シンクロ召喚をした | |
| 038 | 特殊召喚未使用ボーナス | 200 | × | 特殊召喚を使わなかった 相手のカード効果で特殊召喚させられた場合も不可 |
| 039 | チェーンボーナス | ○ | 3チェーン以上した | |
| 040 | 最大攻撃力ボーナス | 1 | ○ | 攻撃力50につき1DP。最大攻撃力は65535 （表示はそれ以上反映されるが…） |
| 041 | 最大ダメージボーナス | 1 | ○ | 一度に与えたダメージ量が3000以上。ダメージ量250につき1DP 最大ダメージは65535まで。それ以上はボーナスに反映されない |
| 042 | LP差ボーナス | 1 | ○ | （ターン開始時に?）相手の方がポイント以上LPが多い時があった LP250につき1DP |
| 043 | 最大反射ダメージボーナス | ○ | 一度の反射で与えたダメージ量が？以上 ダメージ量50につき1DP? | |
| 044 | LPジャストボーナス | 200 | × | 相手LPがちょうど0になるようにダメージを与えた |
| 045 | 戦闘ダメージ限定ボーナス | 30 | × | 戦闘によるダメージしか与えなかった |
| 046 | 効果ダメージ限定ボーナス | 20 | × | カードの効果によるダメージしか与えなかった |
| 047 | 戦闘破壊ボーナス | 4 | ○ | 相手のコントロールするモンスターを戦闘によって？体以上破壊した |
| 048 | 返り討ちボーナス | ○ | 相手のコントロールするモンスターを戦闘で返り討ち破壊した | |
| 049 | 効果破壊ボーナス | ○ | 相手のコントロールするモンスターを効果によって？体以上破壊した | |
| 050 | 除外ボーナス | 4 | ○ | 相手のカードを？枚以上除外した |
| 051 | 手札破壊ボーナス | 4 | ○ | 相手の手札を？枚以上捨てさせた |
| 052 | デッキ破壊ボーナス | ○ | 相手のデッキのカードを？枚以上減らした | |
| 053 | 手札戻しボーナス | 4 | ○ | ？枚以上のカードを相手の手札に戻した |
| 054 | キーカード破壊ボーナス | 30 | ○ | 相手のキーカードを効果で破壊または除外した モンスターの場合コントロールを奪った場合も含められる。 |
| 055 | ラッキーボーナス | 111 | ○ | コイントスを1回以上成功させた |
| 056 | 魔力カウンターボーナス | ○ | 魔力カウンターを使用した | |
| 057 | ユニオンボーナス | 6 | ○ | ユニオンモンスターを装備した回数が？回以上 |
| 058 | LVモンスターボーナス | ○ | LVモンスターのLVアップによる特殊召喚を成功させた | |
| 059 | ポジション移動ボーナス | ○ | モンスターゾーンを移動する効果を使用した | |
| 060 | デュアルボーナス | ○ | デュアルモンスターのデュアル召喚を成功させた | |
| 061 | エーリアンボーナス | ○ | Aカウンターを計上した（除去使用は不要） | |
| 062 | 宝玉獣ボーナス | ○ | 宝玉獣を魔法・罠ゾーンに置いた | |
| 063 | 同名カードボーナス | 50 | × | 自分フィールド上に同じ名前のモンスターを3体召喚した （トークンは除く） |
| 064 | モンスターゾーン全使用ボーナス | 100 | × | 自分フィールド上にモンスターが5体同時に存在した |
| 065 | モンスターゾーン全封鎖ボーナス | 200 | × | 相手フィールド上のモンスターゾーンをすべて封鎖した |
| 066 | 初項目ボーナス | 50 | ○ | 初めて達成したボーナスがあった |
