IN2バグ

重大なバグ

ショップバグ

• 1.カードショップで「ひとつ下のパックより在庫数が多い」かつ、「在庫を全てかごに入れられる」パックを見つけ、かごに入れる。（ニューゲーム開始直後なら「Volume.4」がおすすめ）
• 2.Aボタンで決定したら間髪入れずに「十字ボタン下→Aボタン」と素早く押し、次のパックをかごに入れる。在庫数を超えてかごに入れられれば成功。

この時点で盛大にバグっており、同じ操作を続けると店の全在庫を同じ数だけ買えたりする。
レジで精算するとフリーズするが、しばらく待ってからリセットするとバグった状態でゲームを進められる。
また、バグの範囲は攻略フラグや所持カード・デッキにも及んでおり、いきなり闇ステージが解放されたり、カードの所持数がありえないことになっていたりする。

カード効果の処理ミス

フリータイミング罠発動不可

一部のフリータイミング罠が相手のバトルフェイズで発動できないため、《血の代償》《モンスターBOX》《強制脱出装置》等が使いにくくなっている。

リバース効果不発

《光の護封剣》《闇をかき消す光》の効果によるリバースではリバース効果が発動しない。

地砕き自爆バグ

《地砕き》で守備力0のモンスターを破壊しようとすると自分のモンスターが破壊されたり、空のモンスターゾーンが破壊されて墓地にバグカードが置かれたりする。

磁力の指輪ロックバグ

自分のモンスターに《磁力の指輪》が装備されていると、CPUは攻撃宣言を途中で中止するため、ロックが成立してしまう。

エクゾディアで引き分け

《天使の施し》のドローでエクゾディアが揃った場合、その後2枚捨てる際にパーツを捨ててしまうとエクゾディアの完成ムービーが暴発し、何故か引き分けになる。

戦闘ダメージ誘発効果の持ち主依存

戦闘ダメージを与えた際に発動する効果持ちのモンスターを《心変わり》等で奪われた場合、そのモンスターから戦闘ダメージを受けると自分が効果を発動するかどうかを選べる場合がある。
現象が確認されたカードは《霊滅術師　カイクウ》や《首領・ザルーグ》等。

野生リミッター解放

《野生解放》の効果がフィールド上にある全ての獣族・獣戦士族に適用されてしまう。

デッキ確認不可

《抹殺の使徒》《撲滅の使徒》の効果で相手のデッキを確認する処理が抜けている。

その他のバグ

トロフィーバグ

言語を「英語」に設定していずれかのトロフィーを表示させると、ステータスの勝利数がバグって変な数になる。