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• 誰でも編集できると、みんながバラバラに作ってしまう可能性があるので一応の目安を作りたいと思います。

化合物名は、慣用名とIUPAC名のどちらでもいいですが、一覧にのせるときは慣用名のほうがいいのかなと思います。（英語表記はどうしよう）
化合物一覧はなるべく五十音順がいいなと思います。（詳しいことは知らないけど、化学事典の索引みたいな）
例）現時点でのテンプレのようなもの（メタミドホスの場合）

IUPAC系統名：ホスホルアミドチオ酸- O , S -ジメチル 英語名：methamidophos 化学式：C2H8NO2PS その１ 【ここにAA】 関連AA

• 一つの化合物にいくつもAAがある場合は一つのページに収めたほうがいいかもしれません。

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そのままだとズレるのでAAをきれいに表示するには

#asciiart(){} 

で{}内にAAをいれることでAAをきれいに表示できるみたいです。
編集ボタンのプラグイン->編集サポート->アスキーアートが安心で確実だと思います。
{}を含むAAの場合初めと終わりの{}を増やすと不具合を回避できるそうです。

#asciiart(){{{ここに{}を含むAA}}}

化合物同士でリンクがあったら楽しいと思ったので、関連AAの項目を作ってみました。 誘導体だとかあったら編集してください。

その他

一応このwikiは数式も表示できるようにしてあります。
TeX記述を$２つで囲むとできます。
たとえば、

&&-b \pm \sqrt{b^2 - 4ac} \over 2a&&

なら