Tinkerコンパイル

「Tinkerコンパイル」の編集履歴（バックアップ）一覧に戻る

Tinkerコンパイル - (2011/02/04 (金) 12:38:22) のソース

* CygwinでTinkerをコンパイルする

http://dasher.wustl.edu/tinker/downloads/
から、tinker最新版(現在 tinker-5.1.09.tar.gz)をダウンロードし、/tmpに置く。

/tmpに移動して、
 tar zxvf tinker-5.1.07.tar.gz
 cd tinker
 cp mmff/*.[fi] source
 cp makefile/Makefile source
 cd source/
 rm *.c

Makefileの修正
注意点：precise.fは-ffast-mathオプションを付けてコンパイルしてはならない。

それを踏まえて、Cygwin/gfortran用に書き直したMakefileが下のファイル。

ktors.fの410行目でコンパイルエラーが出るので、次のように書き換える。
 旧       if (skipring.eq..true.) then
 新       if (skipring) then

Makeして実行。segmentation faultが出る…

-fbounds-checkを付けてコンパイルし、実行してみると
 At line 168 of file cluster.f
 Fortran runtime error: Array reference out of bounds for
 array 'kgrp', lower bound of dimension 1 exceeded (0 < 1)

cluster.fの168行を修正することで対処する。
 旧           call sort (size(i),kgrp(igrp(1,i)))
 新           if (size(i) > 1) then
                  call sort (size(i),kgrp(igrp(1,i)))
               end if

実行。今度は、
 At line 115 of file switch.f
 Fortran runtime error: Substring out of bounds:
 upper bound (6) of 'mode' exceeds string length (3)

サブルーチンswitchの引数を文字列ではなく整数に換えれば解決。

そのため、下の、trans_switch.rbをtinker/に置き、
 ruby trans_switch.rb source/*.f
とする。そして、source/switch.fで、modeの型をintegerに書き換える。あとは
 make
 make rename
で終了。

追記
環境によってはSegmentation faultが出て落ちるようだ。最適化オプションを-O2にしたら動くようになった。原因不明。

最終更新日：&date()
----