上北線・紋別線
上野から綾部を結ぶ路線(上北線)と土岐から春日を結ぶ路線(紋別線)から成る。
かつて高梁－春日が紋別鉄道の保有だった頃の名残で系統上は上野－春日の系統がメイン、高速新線と併走する上野－綾部が補助的な扱いとなっている。上野－大東まで複々線が続き、遠近分離が図られている。
・想定ダイヤ
上野口を見ると特急、急行、準急、普通の4種別で構成されており、それぞれ10分サイクルとなっている。北斗口の普通列車は20分サイクルとなっている。
特急停車駅は上野、セントレア紋別、紋別、北斗、諏訪、春日で上野～北斗間では130km/h運転を行っている。
急行停車駅は上野、本羽田、射水、土岐、セントレア紋別、紋別、大東から北斗までの各駅で、土岐と大平下で特急を待避する。
準急停車駅は上野、本羽田、射水、土岐から綾部までの各駅で、射水で特急を待避する。
普通列車は上野－大東の緩行線と北斗－春日で運行されている。前者は射水、土岐で急行と対面接続、紋別で特急と接続(別ホーム)する。後者は北斗で当駅止まりの急行を受け、諏訪で特急と接続。板荷で特急を待避する。
上西線
上野から府中、浦安を結ぶ路線で府中から美祢鉄道線東村山までと沖縄交通線茅ヶ崎まで相互直通運転をしている。上野－北上間が複々線となっており、さらに緩行線は上野市内地下へ直通している。
120km/h車両と130km/h車両が混在しているため、速度種別ごとに運用が分かれている。
そのため急行と快速急行は上野口で15分等間隔となっているが府中着の時点で12分、18分と不等間隔となる。
各停も春日部で緩急接続をするため中津川－浦安間では15分サイクルでも6分、9分と不等間隔となっている。
急行停車駅は上野、中津川、春日部、北上、府中、府中からは美祢鉄道線の美祢、東村山に停車し、春日部で各駅停車と対面接続する。
快速急行停車駅は上野、府中、府中からは沖縄交通線の東村山、茅ヶ崎に停車する。また急行と快速急行は別々のホームに停車するので注意が必要である。
富士見線
上野からふじみ野を結ぶ路線。建設当初から高速運転が計画されており、全線に渡って160km/hでの走行が可能である。上野－射水は上北線、狭山－ふじみ野間は鹿屋線が緩行線の役割を担っているため富士見線は急行以下の種別が無いことが特徴である。特急は水色鉄道線日立まで直通運転をしている。
急行は7.5分間隔で運行されており停車駅は上野、本羽田、射水、鹿沼、狭山、北鎌倉、ふじみ野で、狭山で特急を待避する。
特急は15分間各で運行されており停車駅は上野、射水、ふじみ野、ふじみ野から水色鉄道線の日立に停車する。
鹿屋線・海峡線
紋別からふじみ野を結ぶ路線(鹿屋線)とふじみ野から茅原を結ぶ路線(海峡線)から成る。
元々紋別鉄道保有の路線であったが路線譲渡の際、大規模な線形改良を行ったため全線で140km/h走行が可能となっている。特急は海峡線に直通し東西地域を連絡する役割を担っている。
特急と普通列車のみの運行で特急は15分に2本、普通は1本となっている。
特急は紋別－ふじみ野間では9分、6分の不等間隔でふじみ野－茅原は7.5分間隔となっている。
停車駅は紋別、狭山、ふじみ野、五島、天急五島、茅原で潮美・鹿屋または土岐平・狭山で普通を追い越す。また海峡線内は特急のみの運行となっているため、最初から普通乗車券に特急料金上乗せされている。
豊田線・空港線
豊田から上野を結ぶ路線(豊田線)と上野から深谷、ふじみ野を結ぶ路線から成る。上野－弘前間は複々線化されており緩急分離運転がされている。
特急は上野－ふじみ野(富士)、豊田－深谷(深谷)、豊田－弘前(弘前)の3系統あり、富士は10分間隔、深谷と豊田は20分間隔での運転となっている。上野～弘前間は合わせて5分間隔での運転となっている。
急行は上野から阿賀野、阿賀野から鹿沼線の浦安まで直通運転をしている。通過駅は3駅と少なく、普通列車と所要時間に大差は無い。
急行線ではなく緩行線を走行するため途中東阿賀野で普通を追い越す。
普通は豊田－羽田空港、羽田空港－弘前間の２系統あり、どちらも10分間隔の運転となっている。
船上線・加賀線
上野－船橋の路線(船上線)と春日部－加賀－二和西、船橋新電研の路線(加賀線)から成る。
系統上は上野－船橋、上野－加賀、加賀－春日部、船橋－射水(美祢)の4系統が存在する。
二和西、船橋新電研、高柳間はデルタ線と成っているため上野－加賀の系統は上下方向が変化する。
急行は船橋－上野のノンストップで10分間隔で運行されている。途中入谷で普通を追い越す。
快速は船橋、柏、射水、西射水、西射水から美祢鉄道線美祢駅まで直通運転をしている。
準急は10分間隔の運行で加賀から新射水までの各駅と柏、高柳、船橋新電研、酒井根、入谷、不忍池、上野に停車する。途中北柏で普通を追い越す。通過駅は2駅しかない。
普通は上野－船橋新電研と射水－船橋、加賀－春日部の3系統があり、それぞれ20分間隔で運行されている。
