2007-10-30:Rを使ってみましょう - BioEoS::環境解析学研究室::

統計パッケージR（アール）とGRASSを組み合わせて使うことができます．
Rを使うことで，より統計的な解析をすることができます．

そこで，今日はRを使ってみましょう．
（Windows版もありますので，一度使ってみてください．今回はGRASSと連動させるため，Linux版を使い

ます）

1．Rを使ってみましょう

xtermやktermはうまく日本語表示できないので，日本語表示できるターミナル「mlterm」を使います．

mlterm &

「mlterm」が起動したら，まず，自分のホームディレクトリに移動してください．
そして，新しいディレクトリを作成します．
というのは，Rは自動でログが保存されるので，Rを起動させる場所には注意が必要だからです．

cd
mkdir R_test
cd R_test

ではRを起動してみましょう．

R　（←大文字です）

Rのコマンド形式はオブジェクト型ですが，GRASSなどとは書式が多少異なります．
例えば，

height = 140

と言ったように入力するのが一般的ですが，Rではイコール（=）の代わりに大小記号とハイフン（<-）が

使われます．

1.1 数値を入力してみましょう．

height <- c(148,160,159,153,151,140)
weight <- c(41,49,45,43,42,29)

（じつは，「c(41,49,45,43,42,29) -> weight」という書き方もできます）

入力したデータのリストを取ってみましょう．
コマンドは文の最後に( )をつけ，変数と区別します．

ls()
objects()

↑のどちらも同じ結果になります．

1.2 平均値を計算してみましょう

mean(height)

すると，「151.8333」と表示されると思います．

1.3 Rの終了方法

Rの終了方法はGRASSなどと異なり「q()」です．（「exit」を入力すると，エラーメッセージが表示され

ます）

q()

と入力すると，

Save workspace image? [y/n/c] :

と表示されます．
ここで，保存したい場合は「y」，保存しない場合は「n」と入力して終わってください．
キャンセルする場合は「c」を入力すればOKです．

自動保存されたログを見ることができます．
リストを取ってみると，「.RData」と「.Rhistory」というデータがあると思います．
「.Rhistory」をlessで見てみると，Rで入力したコマンドなどが表示されていることがわかります．

1.4 標準偏差を計算してみましょう

再びRを起動させてみてください．
標準偏差（Standard Deviation）を計算するためには「sd()」を使います．

sd(height)

すると，「7.413951」と表示されたと思います．

1.5 ヒストグラムを描きましょう

ヒストグラムを描くコマンドは「hist()」です．

hist(height)

では，こうしてみたらどうでしょう？

hist(height,breaks=2)

ヘルプを見るためには「help()」を使います．

help(hist)

ヘルプを終わらせるためには「q」を入力します．

また，WebブラウザにRのマニュアルを表示させることも可能です．

help.start()

1.6 デモを見てみましょう

Rにはたくさんのデモデータがあります．デモを見るためには「demo()」を入力します．

demo()

Rでは日本語を表示することができます．
なので，

demo(Japanese)

他にも，いろいろな画像を見ることができます．
カッコ内の「Japanese」を「graphics」や「image」にしてみて，確認してみてください．

2．Windows版Rのインストール

Windows版のRはCRANからダウンロードできます．

1. 「Download and Install R」の「Windows(95 and later)」をクリック
2. 「base」をクリック
3. R-2.6.0-win32.exeの右側にある「mirror near you」をクリック
4. Japanの好きなサイトをクリックしてダウンロード
5. exeファイルを実行してインストール

2.1 Windows版Rの設定

Rを起動すると，コンソールが1つ立ち上がった状態になっています．
R自体は日本語対応ですが，フォントが日本語に対応していませんので，まずフォントを変えます．

1. ツールバーの「編集」をクリック
2. GUIプリファレンスをクリック
3. フォントを「MS Gothic」もしくは「MS Mincho」に変える
4. 「Apply（実行）」をクリック

2.2 Windows版Rのデモ

Windows版のRもLinux版のRと中身は同じです．
例えば，Imageのデモを見てみることにしましょう．

demo(image)

すると，

Type <Return> to start :

と表示されるので，Enter（Return）キーを押して，スタートさせてください．
立ち上がるコンソールをクリックすると，画像が表示されます．

例えば↑のような画像を見ることができます．

今日はここまでです．
お疲れ様でした．

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