SPring-8 ビームラインBL32XU Wikiki
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■ビームライン制御端末、解析用端末のアップデート (2019/04/04)

  1. ビームライン制御端末、解析用端末のOSがCentOS7になりました
  2. ベアドライブでのバックアップ用に裸族のお立ち台(USB3.0)を導入しました
  3. exFATフォーマットのディスクの読み書きに対応しました（Mac/Winで読み書きできます)

User-PCがCentOS 7になったことに伴い一部機能の変更がありました。
以下を参考に設定を変更してください。
コマンドはterminalを起動して打ち込んでください。

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GNOME Windowを画面端に移動させた時に勝手にタイル状に配置されるのを止める(Window snapping, edge-tiling)
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gsettings set org.gnome.shell.extensions.classic-overrides edge-tiling false

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GNOME Shellのパネルに日付を表示する方法
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gsettings set org.gnome.desktop.interface clock-show-date true

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GNOME Shellのパネルに秒を表示する方法
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gsettings set org.gnome.desktop.interface clock-show-seconds true

 

■KUMAのアップデート(2017/05/10)

  1. KUMA MultiCrystal tabの露光条件設定を変更しました
  2. 露光時間の上限をDoseにて設定するようにしました
  3. 使い方
    1. いつもどおり座標を登録
    2. 測定条件を登録
      1. Exp.Time. は各イメージを得るための露光時間
    3. "Dose for data collect[MGy]"を入力（NEW）
    4. Check -> Generate
    5. BSSから  ike.sch を読む
  4. 説明
    1. 各small wedge データを測定するDose limitをMGyで入力する
    2. 推奨値はGUIにも書いてあるとおり、Nativeなら10MGy上限、Phasingなら8MGy上限くらい（平田提案）
      1. よほどの低分解能データでなければ Dose 10 MGy以上になると如実に回折能は落ちる
      2. 露光時間をのばす(Doseを増やす)のは止めませんが、データ処理やデータ選定、ひいては電子密度の解釈で困るのは必至です。
      3. 15MGy以上で撮られたデータの処理・解析については自己責任でお願いします。
    3. Dose計算はLysozyme結晶(P43212)を利用(Crystal Density (g/cm^3)=1.26)→タンパク結晶であれば大きく外れない（重金属が含まれる場合には注意）
    4. 重原子を高い濃度で含む結晶についてはより少なめの数値を設定すべき
    5. データ収集を完了した時点でのDoseを入力していることになる
    6. Exp.Time.はユーザ入力値固定なので、これによりアッテネータの厚みが決まる

■BSS/Videosrv(2017/04/11)

  1. videosrv上で二次元スキャンの走査範囲の指定が可能になりました。
    1. BSSの[Centering]タブの[Snap/Scan]を押忍
    2. 出てきたウィジェット(Scan Utility)の[Scan]を押す
    3. ステップ幅を決める
    4. videosrv上で走査範囲の始点でマウスの右クリックー＞終点までドラッグ
    5. [Scan Utility]の[Load from video]を押す
    6. videosrv上にスキャン範囲が黄色のクロスで表示される
    • 注意：スキャン範囲はvideosrv上に表示されている黄色クロスnです
    • 事前にvideosrv上で範囲を決めても、[Scan Utility]上でステップなどを変えると走査範囲が変わります
    • [Scan Utility]の[Snap]タブは使えません（一枚取りは不可能）
  2. Auto Directoryモードが出来ました。
    1. BSSの[Setting] -> [Auto Directory Mode] -> [On]を選択
    2. トップディレクトリ(~/hoge)を指定してください。
    3. [Snap]を押すとトップディレクトリ(~/hoge)直下に[video]ディテクトリが自動生成され、そこにキャプチャ画像が保存されます。
    4. Scanディレクトリ・データディレクトリも自動で出来ます。

 

■EIGER X 9Mを導入しました

  1. ディテクタの各種諸元はこちらをご覧ください。
  2. 現在BL32XUで利用可能な各種条件は下記のとおりです。
    1. ディテクタ半径：116.6 mm (Dimensions: 233.2 mm x 245.2 mm2)
    2. カメラ長：120 ～ 600 mm (波長１A使用時、最大分解能は1.33Aです)
    3. ディフラクションスキャン時最速条件：50Hz ( Gonio-Y speed: 500 um / sec)
    4. 最大データ取得周波数: 100Hz (0.01 sec / image)
    5. Shutterless data collectionのみ（Shutterありでのデータ取得不可)
  1. データプロセシングはXDS, DIALS, imosflm, HKL2000が利用可能です。詳しくはこちらをご覧ください(imosflm, HKL2000利用時はcbf形式への変換が必要です)。2017A以前に収集したデータをXDS+Neggia pluginで処理する場合は変換作業が必要です（同リンク参照）。
  2. データのダウンロードが終了する（”Eiger data downloaded”がポップアップする）まで次の測定は行わないでください。(2016Bより対応済み)
  3. 特に、実験をBSSで「STOP」した場合、データダウンロード終了まで必ず待ってください（5分程度）。(2016Bより対応済み)
  4. 同一ファイル名＆ディレクトリ名でのデータ収集・スキャンは行わないでください。(2016Bより対応済み)
  5. Diffraction Scanでディテクタのエッジ分解能が5A以下にならない（570mm＠1A)ようにしてください。Shikaが正しく処理できません。（2017Bより対応済み）
  6. SHIKAは見たい画像ファイルの存在する階層より一つより上の階層で立ち上げて下さい。
  7. 現在、データ収集時に「Download Failure」のメッセージが出ることがありますが、基本的には成功しているはずです。画像がきちんとダウンロードできているか確認の上実験を継続して下さい。(2016Bより対応済み)

 

■SPACEの大容量化の実現

  1. SPACEが大容量化され、一度に８パック入れられるようになりました。
  2. それに伴い、実操作が大幅に変更になりました。詳しくは担当者にお聞きください。
  3. GUIの動作が不安定なところがありますので、GUIの操作は一呼吸おいてからゆっくりと行ってください。
     

■波長変更手順の変更

BSSで波長変更を行うとX線の位置がズレると同時に十分な強度が得られません。下記の手順に従って実行してください。
(2016Bより対応済み)現在は，BSSを使用して波長変更を行って下さい．
旧手順：

  1. まず、KUMAのTuneタブの波長入力画面で波長を入力後、「Do tune」を押してください。
  2. ”Success・・・・”とメッセージが出るまで１０分程度お待ち下さい。
  3. KUMAチューンが終了したらBSSで測定を開始していただきますが、その際、Scheduleファイル内の波長を変更し忘れないようにしてください。
  4.  XAFS測定の場合もKUMAを用いてEdge波長に変更してから測定を開始してください。
     

■HKL2000 def.siteについて

2016/05/16 EIGER X 9M版(2016/05/16現在最新版)

def.site_EIGER9M

をDLしてください。

 

2015/04/10 MX225HS版(2015/09/26現在最新版)

http://www46.atwiki.jp/bl32xu?cmd=upload&act=open&pageid=1&file=def.site.150410

をDLしてください。

BrowserはFirefoxならばうまくDLできることは確認済

■トラブル対策

(SHIKAの結果が更新されない） 2016/9/27 追加

原因

  1. diffraction scanを行った場所でSHIKAを立ち上げている（SHIKAのバグ）
    →それよりも上のディレクトリで立ち上げなおして下さい
  2. バックグラウンドのプロセスが死んでいる
    →BSSのコンピュータでターミナルを開き，check_cheetah.shを実行．結果を確認し，startcheetah.shを実行後，再度diffraction scanを試して下さい
 

BSSに関すること

(クリックオンセンタリング等でサンプルが並進しない・ゴニオが動かない） 2015/11/26 追加

復旧手順

  1. KUMAを用いて、Φ軸をいろいろな角度に回転させつつ上下に並進させる
  2. ゴニオが動いたら、BSS PC上で

gonio_reset_xyz

を実行

(クリックオンセンタリングで並進が正しくない・上下に動かした時ピントもずれる） 2015/11/26 追加

復旧手順

　　BL担当者に連絡すること＞エアベアゴニオ復旧手順に従って作業あり

(スケジュールでのデータ収集実行をStopボタンで停止したが、BSSの操作ができない) 2015/04/21 追加

復旧手順

  1. BSSの[Job Message]で

BLMASTER --> SCS : I/get/bl_32in_sc_all/query
SCS --> BLMASTER : Rsrv/get/bl_32in_sc_all/active/

の行が出続けていないか確認して下さい。その場合、SPACEは何らかの作業中です。データ収集開始直後の場合はクリーニング中であると思われます。

  1. 右頭上のディスプレイのハッチ内監視カメラで、SPACEがクリーニングしていないか確認して下さい。
  2. もし、SPACEがクリーニング中であれば２ー３分ほどお待ち下さい。
  3. ２ー３分経過後もクリーニングが終了しない、もしくは、BSSの操作ができない場合、BL担当者までご連絡下さい。

(ADSC Q315r利用時、データ収集が始まらない)

  1. BSSメインウィンドウの左下のステータスバーに「(Admin)」の表示が出ていないか？
    1. もし出ていたら、10秒後にデータ収集をスタートします。
    2. データ収集終了後に、BSSのメニューバーから[Setting] -> [BSS Run Optin] -> [None]と選択してください。
  2. しばらく待っていたら、「Connection failed to ADSC XFORM server.」もしくは「」の表示が出力される。
    1. BSS-PCでterminalを開いて、startadscと打ち込んでEnterを押す

(結晶を見ているGUI：videosrvが不調な場合 or 再起動が必要と判断した場合）

復旧手順１-1

  1. videosrv(結晶の動画が表示されているウィンドウ）の右上の×マークにてウィンドウを閉じる
  2. （BSSからはvideosrvに接続できないよ、と叱られるが無視）
  3. BSSマシンのterminalを起動する（新規に起動するのが無難：他のPCstartvideosrvにログインしている端末だとおかしな挙動になる）
  4. startvideosrv　と打ち込んでEnterを押す
  5. BSSでタブを移動してみる（BSSからvideosrvへの接続が確立されるはず）
  6. videosrv起動直後は、とりあえず、現在選択中の倍率(x14)以外を一度選択して倍率変更を行ってください。
  7. それでも動かない又は頻繁に停止する場合、rebootvideosrvコマンドを実行する（videosrvのコンピュータ自体が再起動するので、数分間待つ）。PC起動後、１0ー15分待ってから、手順4へ。

（Diffraction scanなど測定中、BSSは動いている（スライドバーは動いている）のに測定が終了しない・途中で測定が止まる）

（BSSメイン窓のスライドバーがいったりきたりしたまま長時間終了しない）

(BSSメインウィンドウの[Job messages]タブに[MX225HS is found to be still in sequential collection]が出続けるにもかかわらず、イメージが増えない)

復旧手順2-1

  1. （Diffraction Scan 中なら) Diffraction Scan GUI のSTOPボタンを押す
  2. BSSのメインウィンドウ（一番大きいGUI）に移動
  3. STOPボタンを押してみる
  4. しばらく待ってダメなら手順２へ

復旧手順２-2

  1. 復旧手順１がダメな場合
  2. BSSマシンのterminalを起動する
  3. killall bss　と打ち込んでEnterを押す
  4. １～２分まつ（BSS関連のプログラムが終了する）
  5. デスクトップからBSSアイコンをダブルクリックしてBSSを再起動する
  6. 途中ロボットとの通信について聞かれるので必ず通信するようにする

復旧手順2-3

  1. ごくまれにデスクトップアイコンのダブルクリックからの起動がうまくいかないことがあるので以下で対処する
  2. BSSマシンのterminalを起動する
  3. BSS_startup.sh　と入力してEnterを押す

復旧手順2-4 (CCDでイメージが撮れない場合）

  1. 復旧手順２を使った場合、ごくまれに検出器サーバーの再起動に失敗している場合があるので以下で対処する
  2. BSSマシンのterminalを起動する
  3. startmarccdと入力してEnterを押す
  4. 回折像の測定をやり直してできることを確認する

 

データ収集開始時に”Connection failed to MAR CCD server.”もしくは”Error : Pipe broken, Can not receive message from MAR CCD server.”が出力される

復旧手順

  1. BSSマシンのterminalを起動する
  2. killall bss　と打ち込んでEnterを押す
  3. １～２分まつ（BSS関連のプログラムが終了する）
  4. BSSマシンのterminalを起動する
  5. startmarccdと入力してEnterを押す
  6. デスクトップからBSSアイコンをダブルクリックしてBSSを再起動する
  7. 途中ロボットとの通信について聞かれるので必ず通信するようにする
  8. 回折像の測定をやり直してできることを確認する

 

コンピュータの使用に関すること

(bssのマシンと、右隣のupc4との間の画面の行き来ができなくなったとき）

復旧手順1

  1. Scroll Lockが押されていると、行き来が停止します（synergyの仕様）。
    upc4のキーボードのScroll Lockを押して見てください。

(bssマシンまたは右隣のupc4で意図どおりのキー入力ができなったとき，またはマウス操作の挙動がおかしいとき）

復旧手順1

  1. Ctrl, Alt (右左両方）などのキーを，適当に叩いてみる。それでも直らなければ以下の手順へ
  2. 操作可能な別のPC (upc1,upc2,upc3のいずれか)へ移動する。
  3. ターミナルを開き、kill_synergyコマンドを実行する。
  4. この時点でupc4（bssマシンの右隣）が操作可能な状態に戻っていなければ、担当者に連絡する。
  5. upc4（bssマシンの右隣）で、ターミナルを開き、restart_synergys.shコマンドを実行
  6. bssマシンで、start_synergyc_asuser.shコマンドを実行
最終更新：2019年04月19日 22:47