CF_setting - Geist

マウス設定

ＣＦはマウスレートは125Hz(8ms)以上にすると波打ちつまり照準を
横にまっすぐ動かそうとすると上下にゆらゆらと動く現象が発生して
しまいます。これではAIMが困難なのでマウスレートチェンジャーで
125Hzに変更しましょう。
usbmrs11.exe

しかしながら500Hzデフォのマウスが当たり前の今日、125Hzだと遅くてつらいのが現実です。個人的に250Hzあたりがそんなに波打ちもひどくなく反応もそこそこでバランスが取れてると思います。
またはマウスのドライバ側で変更できるものはそこで変更できますが
マウスレートを変更できないものもあるようです。。。
【IKARIは1000(実際500)Hz)で固定されてしまう】
ちなみにIE3.0は初期設定125Hzだと思うよ。

fps固定

ニコニコ動画でも検証されてましたがフレームレートが高いとはしごを上るのが遅かったりジャンプするときにひっかかったりします。またfpsの数値によってマウスセンシが変わってしまうのでGSDMovieplayerというソフトを使って固定しましょう。

GSD-MoviePlayer
(GSD-BBS readerも固定できますがCFが落ちやすくなるみたいです
。検証はしてないです。)

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Ramdisk

32bit版Windows管理外のメモリをRAMディスクとして使って(4G以上)
CF(ゲーム)の起動を高速化
Gavotte Ramdisk まとめWIKI

ramdiskでCF起動確認しました
レジストリ追加なので不具合出たら削除で大丈夫だと思います
紹介サイトのご指摘通りboot.iniは解る人以外は触らないほうが
良いと思います。