時系列

２年生組（１のメンバー）が入学
日向がカムクライズルに改造される
希望ヶ峰学園史上最悪の事件勃発（カムクラ主犯で生徒会殺し合い）
学校側、事件を隠蔽、カムクラが消息不明に
ダンガンロンパ・ゼロの事件発生
妹様主導で人類史上最低最悪の事件勃発
希望ヶ峰学園が２年生を意思確認の上学園に幽閉
妹様がそれを逆手に取ってコロシアイと学級裁判を起こさせる（初代ダンガンロンパ本編）
２年生組の生き残り脱出
苗木達が未来機関に加入
苗木達、３年生組（今作のメンバー）が生き残ってることを発見
３年生組が「超高校級の絶望」と判明、未来機関から庇って希望矯正装置に入れる
妹様アルターがハッキング、モノクマによるコロシアイ修学旅行勃発（ダンガンロンパ２本編）