| 話数 | 各編 | 最後に登場した切り札 | 備考 |
| 1～7 | 序章 | 《メガブレイズ・ドラゴン》（勇気） | 初めてのデッキを手に7人はDMサバイバルテーマパーク「デュエルランド」へ。ここからDMO-01 「時空編(ディメンジョン・ウォー)第1弾」とリンク。次々と相手を倒していく。 |
| 8～13 | ギアス編 | 《光器アルカーニャ》（希） | 秘密結社「サインズ」の使者、「ギアス」登場。デュエルランドの決闘者が操られる。最後は一番弱かったはずの希がギアスに勝つ。しかしギアスを倒した7人は、サインズに狙われる事に。 |
| 14～20 | 麻川編 | 《クリムゾン・ワイバーン》（勇気） | デュエルランドの奥深くへ。ここからDMO-02 「時空編 第2弾 天魔謀略（カオス・ミッション）」とリンク。それぞれが、新カードをゲット。勇気、工場内の決闘で新カードを「覚醒」。麻川を倒す。 |
| 21～27 | 覚醒編 | 《クリムゾン・ハンマー》（愛実） | 麻川との決闘の後、皆それぞれの町へ戻っていた。そこで勇気の前に現れる、謎の男「クロウ」。その後数人がカードを「覚醒」させる。クロウの正体はサインズの手先。君主、サングルが現れる。サングルは勇気の故郷の町をも狙っていた。 |
| 28～39 | サングル編 | 《聖霊王アルカディアス》（光莉） | 勇気達はサングルを追う。そこでなんと勇気の妹、「光莉」が決闘でサングルを倒す。ここからDMO-03 「時空編 第3弾 覇者集結（タイム・ファイト）」とリンク。 |
| 40～54 | シグナル4編 | 《超勇猛竜コーネリアス》（勇気） | ついにサインズの最高幹部、「シグナル4」が動き出す。さらに頭首「Dr.ハイド」が姿を現した。しかし最後はなんとか勇気達が勝利する。このシグナル4編からDMO-04 「時空編 第4弾 時空終末（エンプティ・エンド）」とリンク。 |
