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研究用メモ書き - (2009/09/03 (木) 10:57:07) のソース
// 研究用メモ書き
[[備忘録]]に戻る
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#contents()
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*SCore7関係
**SCore7 Beta2の構築について
[[SCore7 Beta2構築記録]]
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**rootでもscout -gでセッションスタートできるようにする
セキュリティ的には危険だが，
/root/.rhosts
に許可するノードを記述しておく。
# cat /root/.rhosts
192.168.0.254
192.168.0.1
192.168.0.2
192.168.0.3
192.168.0.4
192.168.0.5
192.168.0.6
192.168.0.7
192.168.0.8
192.168.0.9
今回構築したPCクラスタは研究室のネットワーク内にあり，研究室外から直接PCクラスタに接続できないので上記の設定を行った。
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**SCore7 Beta1とBeta2の違いについて
[[公式ページ>>http://www.pccluster.org/index.html]]の[[更新履歴>>http://www-new.pccluster.org/downloads/score-7-beta2/RELEASE-NOTE.txt]]参照。
自分が導入してみた上で発生した違いとか問題は，
-Beta1がインストールされている状態でBeta2をインストールしようとすると競合が発生する（解決法は[[構築記録>>http://www11.atwiki.jp/foxeye/pages/36.html#id_af959c5f]]参照）
-pmx_ethernet_loader.koのソース修正・再コンパイルが必要無い
-xinetdの設定が変わった？詳しくは[[こちら>>http://www11.atwiki.jp/foxeye/pages/36.html#id_aa235204]]を参照
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**SCore7 Beta2でのHPLベンチマーク
***ATLASのインストール
&b(){ダウンロード}
[[公式ページ>>http://www.netlib.org/atlas/]]から落としてくる。
今回はatlas3.6.0.tgzを使用している。
&b(){CONFIG}
atlas3.6.0.tgzを解凍するとINSTALL.txt
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***HPLのインストール
&b(){ダウンロード}
&b(){設定}
[[SCore7 Beta2でHPL]]
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**SCore7 Beta2でのGAベンチマーク
***ga2k(ver1.4.2)
&bold(){ダウンロード}
[[同志社大学のページ>>http://mikilab.doshisha.ac.jp/dia/research/pdga/archives.html]]からソースをダウンロードしてくる。今回使用したファイルはga2k-1.4.2.tar.gzである。
&bold(){コンパイル}
上記のサイトに二通りのコンパイル方法が記述されているが，どちらの方法でもコンパイラエラーが発生するので修正する。
configureスクリプトを使用した場合は，MakefileのCXXの項目(76行目)を
CXX = mpicxx
とする。Makefile.linuxを使用している場合は，ファイル中のMPICCの項目(11行目)を
MPICC = mpicxx
とする。上記の修正を行ったあと，
./configure --enable-island-mpi
make
または，
make -f Makefile.linux mpi
でコンパイルを行うが，今度は
[scoreuser@scoreheadnode ga2k-1.4.2]$ make -f Makefile.linux mpi
mpicxx -o ga2k_mpi.o -c ga2k_mpi.cpp -Wall -O2 -funroll-loops
/opt/score/7.Beta.2/mpi/mpich2/x86_64-rhel5-linux2_6_gnu/include/mpi.h:1110 から include されたファイル中,
ga2k_mpi.cpp:58 から:
/opt/score/7.Beta.2/mpi/mpich2/x86_64-rhel5-linux2_6_gnu/include/mpicxx.h:26:2:
error: #error "SEEK_SET is #defined but must not be for the C++ binding of MPI"
/opt/score/7.Beta.2/mpi/mpich2/x86_64-rhel5-linux2_6_gnu/include/mpicxx.h:30:2:
error: #error "SEEK_CUR is #defined but must not be for the C++ binding of MPI"
/opt/score/7.Beta.2/mpi/mpich2/x86_64-rhel5-linux2_6_gnu/include/mpicxx.h:35:2:
error: #error "SEEK_END is #defined but must not be for the C++ binding of MPI"
make: *** [ga2k_mpi.o] エラー 1
[scoreuser@scoreheadnode ga2k-1.4.2]$
とかエラーが出る。エラーを検索したところ下記のページがヒットした。
[[http://www.xlsoft.com/jp/products/intel/cluster/c_toolkit/ICT_FAQ_3.0.htm#_Toc149383962]]
includeファイルの順番がおかしいために発生するようである。stdio.hとかiostreamの前にmpi.hを配置しなければならないらしい。そこで問題が起きているga2k_mpi.cppの58行目付近を修正する。includeファイルが
#include <cstdio>
#include <cstdlib>
(中略)
using namespace std;
#include <mpi.h>
#include "ga2k_mpi.h"
#include "randring.h"
のように並んでいるので，下3行を上に移動させる。
#include <mpi.h>
#include "ga2k_mpi.h"
#include "randring.h"
#include <cstdio>
#include <cstdlib>
(中略)
using namespace std;
これでも，ga2k_mpi.hとga2k_main_mpi.cppで同様のエラーが発生する。これらもincludeファイルの順番を変える。まずga2k_mpi.hは，
#include <vector>
#include "ga2k.h"
#include <mpi.h>
と並んでいる分を，
#include <mpi.h>
#include "ga2k.h"
#include <vector>
と並び替える。mpi.hが一番最初になることに注意。ga2k_main_mpi.cppは，
#include <iostream>
(中略)
using namespace std;
#include "ga2k_mpi.h"
と並んでいる分を，
#include "ga2k_mpi.h"
#include <iostream>
(中略)
using namespace std;
と並び替える。
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*Windows HPC Server 2008関係
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*iptablesで自分が使用したルールのメモ
設定ファイルが保存される場所は
/etc/sysconfig/iptables
である。
**IPマスカレードがやりたい
eth1が外部、eth0がプライベートネットワークに接続されているホストを通して，
プライベートネットワーク上のホストから外部(インターネットとか)に接続させるときのルール。
要はIPマスカレードがしたいとき。
iptables -t nat -A POSTROUTING -o eth1 -j MASQUERADE
また，上記の設定を行っても
/proc/sys/net/ipv4/ip_forward
のファイルの値が0だとIPマスカレードを行ってくれないので，
/etc/sysctl.conf
の
net.ipv4.ip_forward = 0
を1に設定する。
その後，
sysctl -p
で設定を反映させる。
参考にしたページ
[[http://www.redhat.com/docs/manuals/enterprise/RHEL-4-Manual/ja/security-guide/s1-firewall-ipt-fwd.html]]
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**NISサーバでiptablesを起動させたらクライアントからNISサーバに接続できなくなった
portmapのポートが閉じられてしまうことが原因のようである。
iptables -A INPUT -p tcp -s! 192.168.0.0/24 --dport 111 -j DROP
iptables -A INPUT -p tcp -s 127.0.0.1 --dport 111 -j ACCEPT
とすればポートが開かれる。
参考にしたページ
[[http://www.redhat.com/docs/manuals/enterprise/RHEL-4-Manual/ja/security-guide/s1-server-port.html]]
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*NFS,DNS,NISサーバ・クライアントの設定で参考にしたページ
NFS
[[http://www.linux.or.jp/JF/JFdocs/NFS-HOWTO/index.html]]
DNS
[[http://www.miloweb.net/bind.html]]
NIS
[[http://www.linux.or.jp/JF/JFdocs/NIS-HOWTO/ypserv.html]]
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*リニアインダクションモータ(LIM)について
-リニア誘導モータともいう。
-誘導電動機の一種のリニアモータの一種。
-リニアモータの中でも駆動方式による分類でLIMに分けられている。LIMの他には以下のものがある。
--リニア同期モータ
--リニア直流モータ
--リニアステッピングモータ
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*＊web上の資料
-参考になりそうな文献など
--[[独立行政法人 工業所有権情報・研修館の電磁リニアモータに関する資料>>http://www.ryutu.inpit.go.jp/chart/H17/denki35/left.htm]]
-紹介・解説など
--[[山梨リニアファンクラブ内のリニアモータの原理の説明>>http://www.pref.yamanashi.jp/linear/technology/technology_t.html]]
---簡単な原理図やガイドなど
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