グランプリは1カップ5コースの得点を競い合うモードです。1人専用のモードとなります。
プレイヤーマシン以外に29台のマシンが出場、全30台のマシンで5コースのカップ戦を戦い、総合ポイントを争うモードです。
このモードでは、最終順位に応じて「F-ZERO チケット」を手にすることができます。
手に入れた「F-ZERO チケット」で、新しいパイロットマシンやカスタマイズパーツ等を買うことができます。
ゲームを始めた時はルビーカップ・サファイヤカップ・エメラルドカップの3カップ15コースしか走れないが、条件を満たすことで、ダイヤモンドカップとAXカップをプレイすることが出来るようになる。
| カップ名 | 第1戦 | 第2戦 | 第3戦 | 第4戦 | 第5戦 |
| ルビーカップ |
ミュートシティ ツイストロード |
ベガスパレス スプリットオーバル |
サンドオーシャン サーフェススライド |
ライトニング ループクロス |
エアロポリス マルチプレックス |
| サファイアカップ |
ビッグブルー ドリフトハイウェイ |
ポートタウン エアロダイブ |
グリーンプラント メビウスリング |
ポートタウン ロングパイプ |
ミュートシティ シリアルギャップ |
| エメラルドカップ |
ファイアーフィールド シリンダーノット |
グリーンプラント インターセクション |
ベガスパレス ダブルクランチ |
ライトニング ハーフパイプ |
ビッグブルー オーディール |
| ダイヤモンドカップ |
コスモターミナル トライデント |
サンドオーシャン ラテラルシフト |
ファイアーフィールド アンデュレーション |
エアロポリス ドラゴンスロープ |
ファントムロード スリムラインスリット |
| AXカップ |
エアロポリス スクリュードライブ |
アウタースペース メテオストリーム |
ポートタウン シリンダーウェーブ |
ライトニング サンダーロード |
グリーンプラント スパイラル |
↑コース名をクリックするとコースの詳細ページへリンクします(現在準備中)
※ソニックオーバルはグランプリコースから除外されています。
各コースを3周して完走したマシンにはポイントが与えられます。このポイントの5戦分のトータルポイントでグランプリの結果が決まります。
なお、グランプリで獲得できるポイントは以下の通り。
| 順位 | ポイント |
| 1位 | 100 |
| 2位 | 93 |
| 3位 | 87 |
| 4位 | 81 |
| 5位 | 76 |
| 6位 | 71 |
| 7位 | 66 |
| 8位 | 62 |
| 9位 | 58 |
| 10位 | 54 |
| 11位 | 50 |
| 12位 | 47 |
| 13位 | 44 |
|
14位 |
41 |
| 15位 | 38 |
| 16位 | 35 |
| 17位 | 33 |
| 18位 | 31 |
| 19位 | 29 |
| 20位 | 27 |
| 21位 | 25 |
| 22位 | 23 |
| 23位 | 22 |
| 24位 | 21 |
| 25位 | 20 |
| 26位 | 19 |
| 27位 | 18 |
| 28位 | 17 |
| 29位 | 16 |
| 30位 | 15 |
注意
オリジナルマシンでグランプリをプレイすると今までマスターグランプリ優勝時に入手したキャラクタームービーのうちどれか1つが消失してしまうので、オリジナルマシンでグランプリに挑む場合はそれを承知の上でお楽しみください。