シェープファイルの座標系が異なるため, 重ねると微妙にずれるのをなんとかしたい

エディタ機能のアジャストを使うと調整ができます.

手順
1.エディタツールバーから「エディタ」→「その他の編集ツール」→「アジャスト」を選ぶ.
2.新しくツールバーが表示されるので, [新しい移動リンク]ボタンを押し, ずれている点をクリックしていく.
3.数点対応付けてから,ツールバーの「アジャスト」→「アジャスト」を選ぶ.