問題となると思われるのはホイールマウスの設定。/etc/X11/xorg.confにおいて、大体は以下のように変更すればいいはず。
Section "InputDevice" Identifier "Mouse1" Driver "mouse" Option "CorePointer" Option "Device" "/dev/input/mouse0" Option "Protocol" "IMPS/2" Option "Buttons" "5" Option "ZAxisMapping" "4 5" EndSection
なかなか上手くいかないときは、まずは、本家の設定ガイドの4章を確認する。特に"Device"と"Protocol"を確認するべき。あとXが起動しているのであれば、xevでマウスの動作がXに伝わっているかを確認できる。