| 大項目 | 小項目 | 説明 |
| キャラ育成 | キャラ育成 | ストーリーで離脱するキャラまたは追放したキャラのキャラレベル、技レベルは離脱後にリセットされる。 |
| ストーリークリア後も鍵キャラであるメンバーは別れることができず、極限育成ミスすると修正ができない。 | ||
| アイテム回収 | B-ランス | 9章 星の使徒研究所2F 宝箱から入手可能。ジェネシスとの試合勝利後に入手不可となる。 |
| B-トライアングル | 9章 星の使徒研究所3F エイリア石の部屋 宝箱から入手可能。ジェネシスとの試合勝利後に入手不可となる。 | |
| 売却 | 売却 | 一点物アイテム（装備品、秘伝書等）を誤って売却すると、入手不可となる。 装備品や秘伝書はトレード機能などを使っての増産はできない。 |
| 技上書き | 技上書き | 一点物秘伝書を使用してキャラに習得させ、習得させた全てのキャラに別の技を上書きしてしまうと、その技を再度習得することができない。 ただし、別ソフトで秘伝書を使用してそのキャラをトレードで貰い技伝授をすることによって、ミスをカバーすることは可能。（スキルは技伝授の対象外であるため、スキルについてはこの方法を使えない。） |
| 秘伝書使用キャラ追放 | 秘伝書使用キャラ追放 | 一点物秘伝書を使用してキャラに習得させ、習得させた全てのキャラと別れるまたはトレードしてしまうと、その技を再度習得することができない。 ただし、別ソフトで秘伝書を使用してそのキャラをトレードで貰い技伝授をすることによって、ミスをカバーすることは可能。（スキルは技伝授の対象外であるため、スキルについてはこの方法を使えない。） |
