| 会計検査院 検査官会議 （院長） （検査官） |
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| 事務総局 （事務総長）（事務総局次長） |
官房 （総括審議官） （サイバーセキュリティ・情報化審議官） （審議官） |
総務課 人事課 調査課 会計課 法規課 上席検定調査官 上席企画調査官 厚生管理官 上席情報システム調査官 能力開発官 技術参事官 |
| 第一局 （局長） |
監理官 財務検査第一課 財務検査第二課 司法検査課 総務検査課 外務検査課 租税検査第一課 租税検査第二課 | |
| 第二局 （局長） |
監理官 厚生労働検査第一課 厚生労働検査第二課 厚生労働検査第三課 厚生労働検査第四課 上席検査官（医療機関担当） 防衛検査第一課 防衛検査第二課 防衛検査第三課 | |
| 第三局 （局長） |
監理官 国土交通検査第一課 国土交通検査第二課 国土交通検査第三課 国土交通検査第四課 国土交通検査第五課 環境検査課 上席検査官（道路担当） | |
| 第四局 （局長） |
監理官 文部科学検査第一課 文部科学検査第二課 上席調査官（文部科学担当） 農林水産検査第一課 農林水産検査第二課 農林水産検査第三課 農林水産第四課 | |
| 第五局 （局長） |
監理官 情報通信検査課 上席調査官（情報通信・郵政担当） 経済産業検査第一課 経済産業検査第二課 上席調査官（融資機関担当） 特別検査課 上席調査官（特別検査担当） | |
| （審議会等） | ||
| 会計検査院情報公開・個人情報保護審査会 |
