| 話名 | 主要新キャラクター | 出来事メモ |
| 主要新メカ | ||
| パート1 3番目襲来－いきなりの実戦 |
真希波・マリ・イラストリアス 加持リョウジ |
・目標、辺獄エリア突破 ・最後は自爆、蒸発 |
| ヱヴァンゲリヲン局地仕様仮設5号機 第3の使徒 |
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| パート2 3年ぶりの墓参り |
碇シンジ 碇ゲンドウ 綾波レイ |
・ゲンドウ「全ては心の中だ…今はそれでいい」 |
| パート3 7番目襲来－セカンド来日 |
葛城ミサト 式波・アスカ・ラングレー 鈴原トウジ 相田ケンスケ 冬月コウゾウ 赤木リツコ |
・TASK02実行中＝弐号機投下 ・一つ目はデコイ、二つ目を蹴撃 ・これが世界初の実戦用エヴァ！ ・加持も来日 ・人類補完の鍵を握る、ネブカドネザルの鍵 |
| 第7の使徒 ヱヴァンゲリヲン正規実用型2号機 ヱヴァンゲリヲン試作零号機 |
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| パート4 同棲生活開始 |
ペンペン 伊吹マヤ 渚カヲル |
・ペンペンに驚く役、交代 ・一人でやるしかないのよ、アスカ ・Mark.6の構造 ・月面でロンギヌスの槍を回収 ・カヲル「初めまして、お父さん」 |
| パート5 海洋生物研究所見学 |
・この中でしか生きられない、私と同じ ・台所に立つ男はモテる ・ミサトがNERVに入ったワケ | |
| パート6 8番目襲来－大障害物競争 |
日向マコト 青葉シゲル |
・NERV本部への命中確率、99.9999％ ・D-17発令 ・奇跡を起こすのよ、人の意志で ・手で受け止める作戦 ・エヴァンゲリオン大障害物競争 ・チョコマカ逃げ回るコア ・第8使徒の残骸で大洪水 ・ゲンドウ「よくやったな、シンジ」 ・ナナヒカリの寝室を訪ねるアスカ |
| 第8の使徒 ヱヴァンゲリヲン試験初号機 |
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| パート7 シンジの弁当ライフ |
洞木ヒカリ | ・アスカに弁当 ・レイに弁当 ・ミサトにも弁当 ・綾波欠席→LCL槽→食事の誘い |
| パート8 シンジの新たな出会い |
・繰り返される日常に感謝 ・バチカン条約、破棄しても良いのでは？ ・空から降ってきたフォース ・加持スイカ農場にて ・レイ、遠大なる食事会計画 | |
| アイキャッチ | ||
| 話名 | 主要新キャラクター | 出来事メモ |
| 主要新メカ | ||
| パート9 ヱヴァ4号機蒸発事故 |
・ヱヴァ4号機、蒸発 ・米国びびって参号機を日本へ空輸 ・ゼーレ密談「人類補完計画」 ・我らの望む真のヱヴァンゲリヲン →それがMark.6？遂に本物の神を造る気？ | |
| ヱヴァンゲリヲン正規実用型3号機 | ||
| パート10 ぽか波降臨 |
・2号機、封印 ・アスカとレイ、エレベーターにて ・レイ「碇君にぽかぽかしてほしい」 →アスカ「それって好きってことじゃん！」 | |
| パート11 3号機起動実験 |
・クダを巻くミサト ・ダミーシステム起動実験 ・3号機起動実験日＝エコヒイキの約束の日 →で、3号機のパイロットはアスカに ・トウジの妹、退院 ・誰かと話すって心地いいのね、知らなかった ・そっか、私、笑えるんだ →！！！？？？ | |
| パート12 9番目襲来－さようなら |
・松代大爆発 ・3号機、第9使徒認定 ・いいよ！アスカを殺すよりはいい！ ・ダミーシステム起動 ♪今日の日はさようなら ・参号機、捕食 | |
| 第9の使徒 試験初号機／ダミープラグモード |
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| パート13 決定的確執 |
・シンジ、籠城 ・耳を塞ぐと心も塞がる（精神世界） ・シンジ、登録抹消 ・シンジ、部屋を出る | |
| パート14 最凶の個体・10番目 前半戦 |
・4人目と5人目スタンバイ、時来る ・真希波、弐号機起動 ・初号機はダミーを拒絶 ・モード反転、裏コード『ザ・ビースト』 ・零号機、N2爆雷抱えて特攻 ・あと一歩、届かず… | |
| 第10の使徒 正規実用型2号機／ビーストモード |
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| パート15 最凶の個体・10番目 後半戦 |
・10番目、零号機捕食－融合 ・初号機活動限界、再起動 →10番目、為すすべなし ・「私は消えても、代わりはいるもの」を全否定 ♪翼を下さい ・形状制御のリミッターが消えている ・純粋に人の願いを叶える…ただそれだけのために ・引きずり出す、綾波を 「あの2人で初号機の覚醒は為った」 ・サードインパクトが始まる ED：Beautiful World-PLANiTb Acoustica Mix- | |
| 第10の使徒 第2形態 試験初号機／エンジェルハイロゥモード |
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| 予告編 | ・今度こそ、君を幸せにしてみせるよ | |
| EVANGELION Mark.06 |
